1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호 : 주식회사 E)는 2006. 5. 15. F(변경 전 명칭 : G산업단지, 이하 ‘이 사건 산업단지’라 한다) 개발 및 분양사업 등을 위해 설립된 특수목적법인이다.

나. 원고는 2006. 5. 30. 대구광역시장으로부터 이 사건 산업단지 개발 및 조성사업의 사업시행자로 지정되어 2016. 5. 30.경까지 위 사업을 수행하였다.

다. 원고는 위 산업단지 개발사업을 수행하면서 이 사건 산업단지 내에 대구동구B지상건물 60,132.675㎡(H 1차아파트), C지상건물 126,250.16㎡(H 2차아파트), D지상건물 273,692.306㎡(H 3차아파트)를 신축하였다

(이하 ‘이 사건 각 아파트’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 각 아파트를 신축한 후 피고에게 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지특법’이라 한다) 제78조 제2항을 근거로 이 사건 각 아파트가 ‘산업단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산’이라며 이 사건 각 아파트에 대한 각 지방세 감면신청을 하였다.

이에 대하여 피고는 아래와 같이 취득세 및 교육세를 감면하고 농어촌특별세만을 부과하는 내용의 취득세감면(비과세)확인서 겸 납부고지서를 각 발급하였다.

순번 아파트 명칭 감면신청서 접수일 확인서 등 고지일 취득세 및 교육세 농어촌특별세 1 H 1차 아파트 2012. 10. 16. 2012. 10. 16. 0원 212,461,440원 2 H 2차 아파트 2013. 6. 7. 2013. 6. 7. 0원 283,609,950원 3 H 3차 아파트 2013. 12. 26. 2013. 12. 26. 0원 687,011,100원

마. 그 후 행정안전부는 2014. 7.경 아래와 같은 이유로 ‘산업단지 조성 사업시행자가 산업단지 내에 신축한 아파트는 구 지특법 제78조 제2항에 따른 취득세 감면 대상에 해당하지 아니한다’고 유권해석하였다.

산업단지 관련 취득세 등의...