1. 원고의 주위적 청구와 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 6. 1. 산업자원부장관(2008. 2. 29. 법률 제8867호로 정부조직법이 개정되어 ‘지식경제부장관’으로, 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 정부조직법이 개정되어 ‘산업통상자원부장관’으로 변경되었다. 이하 편의상 모두 ‘산업통상자원부장관’이라 한다)과 사이에 “원고가 2006. 6. 1.부터 2010. 5. 31.까지 B 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행하고 산업통상자원부장관은 원고에게 기술개발사업비를 지급한다.”는 내용의 부품소재기술개발사업 협약을 체결하면서(이하 ‘이 사건 협약’이라 하고, 원고가 이 사건 협약에 따라 수행할 과제를 ‘이 사건 사업과제’라 한다), ‘원고는 부품소재기술개발사업 관계 법령 및 규정을 준수하여야 하고 만약 원고가 이를 위반하였을 경우에는 산업통상자원부장관은 부품소재기술개발사업운영요령 제35조에 따라 원고를 제재하고 원고로부터 정부출연금을 환수할 수 있다.’는 약정을 하였다.

나. 원고는 이 사건 협약에 따라 산업자원부장관으로부터 총 1,108,654,000원의 정부출연금(이하 ‘이 사건 정부출연금’이라 한다)을 지급받아 이 사건 사업기한 내에 이 사건 사업과제의 수행을 마쳤다.

피고는 2010. 8. 23. 원고에게 이 사건 사업과제의 수행에 성공하였음을 통보하였다.

다. 감사원은 이 사건 사업에 관하여 감사를 실시하여 원고가 이 사건 정부출연금 중 49,141,555원을 이 사건 사업과제 수행과 무관한 용도로 사용한 것을 적발하였다.

그러자 피고는 2013. 5. 9. ‘원고가 이 사건 정부출연금 중 49,141,555원을 이 사건 사업과제 수행과 무관한 용도로 사용하여 횡령하였다.’는 이유로 원고에게 위 49,141,555원을 환수하는 처분을 하였다

이하 ‘종전 처분’이라...