1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분 경위

가. 원고는 1970. 2. 17. 서울 도봉구 B 대 622.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’)를 협의분할에 의한 재산상속으로 취득하여 1999. 3. 29. 그 지상에 상가 임대 목적으로 지하 1층, 지상 3층, 연면적 892.64㎡의 제2종 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’) 신축을 위한 건축허가를 받았는데, 2005. 12.경 인테리어 공사를 제외하고 95%의 공정률로 완공이 임박한 단계였으나 인접지인 C 소재 건물(이하 ‘이 사건 분쟁 건물’)이 이 사건 토지 약 3.5평을 침범하고 있어 그 철거 등이 지연된 상태에서 일부 주차장 설치 등을 마무리하지 못한 채 건축물 사용승인을 받지 못하였다.

나. 원고는 2005. 12. 이후로 이 사건 건물의 임대를 시도하였으나, 2007. 10. 23. 주식회사 남주알엠디에게 위 건물 3층 사무실을 2개월간 임대한 외에는 건축물 사용승인 미비 등 문제로 원만한 임대 진행에 어려움을 겪자 2010. 7. 12. 이 사건 건물 철거와 건축허가 취소 등을 조건으로 D, E에게 이 사건 토지와 건물 일체를 매매대금 4,200,000,000원에 매도하였고, 2010. 10. 31. 피고에게 위 토지 및 건물에 관한 양도소득세로 1,261,938,398원을 신고ㆍ납부하였다가 이 사건 토지가 소득세법령상 ‘주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지’로서 사업용 토지에 해당한다고 주장하며 장기보유 특별공제액을 적용하여 산출한 양도소득세 감액 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2012. 7. 10. 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제의 적용을 배제하고 2010년 귀속 양도소득세로 447,119,130원을 부과하는 경정ㆍ고지처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다. 라.

원고가 2012. 10. 12. 이에 불복하여 심판청구를 하자, 조세심판원은 2013. 6. 10. 피고에게 이 사건...