원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조는 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 제1항에서 “내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고, 제2항에서는 “제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등(이하 ‘포합주식 등’이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 ‘당해 포합주식 등의 취득가액’을 가산한 금액으로 한다”고 규정하고 있다.

2. 원심은, ① 원고의 대표이사인 C과 그의 처 F이 2008. 5. 2. D, E로부터 B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다) 발행주식 전부를 취득한 사실, ② 그 후 원고가 2008. 5. 27. B과 흡수합병계약을 체결하고 2008. 7. 11. 합병등기를 마친 사실, ③ 한편 C은 위 주식대금으로 D에게 2007. 12. 18.부터 2008. 3. 14.까지 4회에 걸쳐 합계 33억 원을 지급한 사실 등을 인정한 다음, C과 F이 취득한 B 발행주식은 구 법인세법 제80조 제2항 소정의 ‘포합주식’에 해당하므로, 위 주식의 취득가액인 33억 원을 합병대가의 총합계액에 포함하여 이 사건 합병에 의한 청산소득금액을 계산한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.

나아가 원심은, 원고의 다음과 같은 주장, 즉 이 사건 합병의 실질은 원고가 B 소유의 공장 건물 등을 매수 또는 인수한 것에 불과하고 B은 그 결과 해산하게 되었다고 보아야 하므로, 이...