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주문
1. 피고가 2010. 7. 1. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 21,963,670원 중 2,614,385원 및 제2기...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 강원 영월지역에 소재하는 일정 두수 이상의 한우사육 축산 농민들을 조합원으로 하여 2008. 4. 11.경 설립되어 농업경영의 합리화로 농업생산성의 향상 및 조합원의 소득증대를 도모함을 목적으로 농ㆍ축산업의 경영, 축산물의 가공 및 판매, 음식점 경영업 및 요식업 등의 사업을 영위하는 법인이다.
나. 원고는 2009. 4.경부터 2011. 6.경까지 강원 영월읍 방절리 238-5에 있는 건물에서 1층은 조합원들이 직접 사육ㆍ도축한 한우의 정육과 부산물들을 판매하는 정육매장을, 2층은 고객들이 음식 부재료를 구입하여 직접 가져온 정육을 조리하여 먹을 수 있는 식당을 운영하였다.
다. 원고는 피고에게 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였는데, 피고는 2010. 7. 1. 원고에 대하여, 2009년 제1기 부가가치세와 관련하여서는 원고가 주식회사 녹색도시로부터 수취한 매입세금계산서상 100,000,000원을 매입세액에서 불공제하고, 1층 정육매장의 매출 중 일부 고객이 2층 식당을 이용한 부분에 해당하는 매출액 76,209,424원을 과세 매출로 경정하고 의제 매입세액 공제하여 부가가치세 21,963,670원[이 중 원고의 1층 정육매장의 매출 중 일부 고객이 2층 식당을 이용한 부분에 해당하는 매출액을 과세 매출로 경정함으로써 부과된 부가가치세는 2,614,385원{= 과세 매출 누락분의 공급가액 69,281,294원(76,209,424원 ÷ 1.1)에 대한 부가가치세 6,928,129원 - 과세 매출 증가에 따른 의제매입세액 4,313,744원(76,209,424원 × 공제율 6/106)}]을, 2009년 제2기 부가가치세와 관련하여서는 1층 정육매장의 매출 중 일부 고객이 2층 식당을 이용한 부분에 해당하는 매출액 368,353,800원을 과세 매출로 경정하고 의제 매입세액 공제하여 부가가치세 12,743...