대법원2012두2986 (2015.06.23)

조심2010서2413 (2010.09.20)

시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액 산정은 시행령 산식의 취지에 반하는 것이므로 위법함

이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'이 되어야 함

종합부동산세법 제9조세율 및 세액

2015누1368 종합부동산세부과처분등취소

AA조합 외

AA세무서장 외

대법원2012두2986(2015.06.23)

2015. 10. 14.

2015. 11. 25.

1. 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된주식회사 GG의 주위적 청구 부분을 각하한다.

2. 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된AA조합，BB조합중앙회, CC기금，DD공사, EE 주식회사, FF 주식회사의 각 청구 및 환송 후 당심에서 추가된주식회사 GG의 예비적 청구에 따라,AA세무서장，BB세무서장, CC세무서장，DD세무서장，EE세무서장, FF세무서장，GG세무서장이 해당 AA조합 외에 대하여 한 별지 3 이 사건 처분목록의 순번 1, 3, 11，13, 17, 26, 27 기재 각 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 별지 4 정당세액 목록기재 각 종합부동산세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 별지 3 이 사건 처분목록의 순번 2, 4 내지 10, 12, 14 내지 16, 18 내지 25 기재 해당 AA조합 외에 대한HH세무서장，BB세무서장，II세무서장，JJ세무 서장, KK세무서장, LL 세무서장, MM세무서장，NN세무서장，OO세무서 장, PP세무서장, GG세무서장，QQ세무서장의 각 항소를 각 기각한다.

4 소송총비용은 AA세무서장 외가 부담한다.

1. 청구취지

가. 원고 주식회사 GG

1)GG세무서장이주식회사 GG에 대하여 한 별지 3 이 사건 처분 목록의 순번 22 기재 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 별지 4 정당세액 목록 기재 종합부동산세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분을 취소한다.

2) 주위적으로,GG세무서장이 2010. 2. 23.주식회사 GG에 대하여 한 경정거부처분을 취소한다.

예비적으로， GG세무서장이 2014. 5. 21.주식회사 GG에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 13,854,733,850원, 농어촌특별세 2,770,946,750원 부과처분(별지 3 이 사건 처분목록의 순번 27 기재 처분) 중 종합부동산세 2,998,836,660 원，농어촌특별세 599,767,340원 부분을 취소한다(2015. 10. 13.자 청구취지 변경신청서상 주위적 청구 중 "2009. 11. 16.자 부과처분 은 "2010. 2. 23.자 경정거부처분 의 착오기재로 보인다.주식회사 GG는 당초 2010. 2. 23.자 경정거부처분을 다투다가 환송 후 당심에 이르러 주위적으로 위 경정거부처분의 취소를 구하되 경정대상과 취소범위를 의 증액경정처분에 따라 변경하고，예비적으로 의 2014. 5. 21.자 증액경정처분의 일부 취소를 구하는 것으로 청구를 교환적으로 변경하였다).

나. 나머지 AA조합 외

AA세무서장 외가 위 AA조합 외에 대하여 한 별지 3 이 사건 처분목록 기재 각 2009년도 종 합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 별지 4 정당세액 목록 기재 각 종합부동산세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분을 각 취소한다(다만,AA조합, BB조합중앙회 , CC기금, DD공사, EE 주식회사, FF 주식회사는 원래 2009. 11. 16.자 부과처분을 다투다가 당심에 이르러 해당 AA세무서장 외의 증액경정처 분에 따라 위와 같이 청구를 교환적으로 변경하였고,주식회사 HH은행，주식회 사 II은행, JJ은행，주식회사 KK, LL은행은 당심에 이르러 해당 AA세무서장 외의 감액경정처분에 따라 위와 같이 청구취지를 감축하였다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. AA조합 외의 청구를 모두 기각한다.

1. 처분의 경위

가. AA세무서장 외는 별지 1 당초 처분목록의 순번 1 내지 26 기재 각 처분일에 해당 AA조합 외에게 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과하였고나주식회사 GG 는 2009. 12.경GG세무서장에게 종합부동산세 13,864,378,380원, 농어촌특별세 2,772,875,670원을 신고납부한 후 2010. 2. 12. 위 에게 세액을 과납하였다는 이유로 경정청구를 하였으나 위 은 2010. 2. 23. 위 에게 경정할 사유가 없음을 통지하였다(같은 목록 순번 27).

" 나. AA세무서장 외는 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항，제14조 제3항，제6항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항，제2항 소정의 '주택분 또는 종합・별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합・별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'을 종합부동 산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것，이하 같다) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령에서 정한 산식(이하 '이 사건 시행규칙 산식'이라 한다)에 따라 '(공시지가 - 과세기준금액) x 종합부동산세 공정시장가액비 율 x 재산세 공정시장가액비율 x 재산세 표준세율'의 방법으로 계산하여 공제되는 재 산세액을 산정하였다. 그 세액 산출내역은 별지 3 이 사건 처분목록 중 각 처분내용란 기재와 같다(아래 AA세무서장 외의 증액경정 및 감액경정을 반영한 내역이다).", 다. 이후 별지 2 경정 처분목록 기재 각 처분일에 해당 AA세무서장 외는 해당 AA조합 외에게 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세의 감액 및 증액경정처분을 각 경정・고지하였다[이하 별지 3 이 사건 처분목록 기재와 같이AA조합, BB조합중앙회, CC기금, DD공사，EE 주식회사, 주식회사 GG(순번 27), 디에 스디삼호 주식회사에 대하여는 위 각 최종 증액경정처분 중 남아있는 세액 부분을, 나 머지 AA조합 외(주식회사 GG에 대한 순번 22 기재 처분 포함)에 대하여는 2009. 11. 16.자 처분 중 남아있는 세액 부분을 통틀어 비사건 각 처분1이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1，2호증，을 제5, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기 재，변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중주식회사 GG의 주위적 청구 부분의 적법 여부

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 살펴본다.

과세처분이 있은 후 증액경정처분이 있는 경우 당초 처분은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로 원칙적으로 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조)，납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어 져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다고 할 것이다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조).

위 법리에 비추어 살피건대,GG세무서장이주식회사 GG가 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고납부한 것에 대하여 2014. 5. 21. 증액경정 하는 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고,주식회사 GG는 당심에서 위 증액경정 처분의 취소를 구하는 예비적 청구를 추가하였으므로,주식회사 GG의 주위적 청구 부분은 이미 소멸한 처분을 대상으로 한 것이거나 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부가. AA조합 외의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과하면 이중과세로서 위법하다. 그래서 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항，제2항은 종합부동산세액을 산정함 에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제 하도록 규정하고 있다.

그런데 AA세무서장 외는 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제 하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 따라서 이 사건 각 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

"2) 재정경제부는 2003. 9. 3.부동산 보유세제 어떻게 달라지나라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 견해를 공식적으로 밝힌 바가 있다. 그럼에도 AA세무서장 외가 재산세액을 일부 공제하지 않은채 종합부동산세를 부과하는 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.",나. 관계법령

별지 6 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관계법령 개정의 경위와 취지

2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328 호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준의 세 부담이 될 수 있게 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었으므로, 2005. 12. 31. 법 률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도 를 도입하였고，다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에 관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항，제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세 법 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과 세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 70으로 각각 정하고 있고, 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제187조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제138 조 제1호는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.

한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 이에 구 종합부동산세법 시 행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 무택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하 '종전 시행령 산식'이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.

"그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5 조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을주택 등의 재산 세로 부과된 세액의 합계액 x 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세 율로 계산한 재산세 상당액 수 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산 한 재산세 상당액'의 산식(이하 '이 사건 시행령 산식'이라 한다)에 의하도록 변경하였 는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금 액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따 라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것이다.", "이러한 지방세법, 종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된주택 등 과세기준금액 을 초과하는 분' 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등의 과세표준'으로 변경되었다고 하더라도，과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로，공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소・변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.",2) 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) ×재산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 <공시가격 - 과세기준금액) x 종합부동산세 공정 시장가액 비율' 의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 '공시가격 - 과세기준금액| 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 '(공시가격 - 과세기준금액) ×종합부동산세 공정시장가액비율'보다 적거나 같은 '(공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공정시장가액비율' 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.

"이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공 시가격 - 과세기준금액) x 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 ×재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은(공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공 정시장가액비율 x 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다.",한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처 분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행 정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어떤 행정 처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유 만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적 법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대 하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여 야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 수는 없다.

3) 이 사건 각 처분의 적법 여부

따라서 AA세무서장 외가 이 사건 각 처분에 관하여 이 사건 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 이 사건 시행령 산식의 취지에 반하는 것이고, 적법한 산출 방법에 따라 정당한 세액을 계산하면, 별지 4 정당세액 목록 기재와 같으므로 (별지 5 산출내역 목록의 각 정당세액란 기재 참조，10원 미만 버림). 따라서 이 사건 각 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된주식회사 GG의 주위적 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고,AA조합，BB조합 중앙회，CC기금, DD공사，EE 주식회사，FF 주식회사에 대하여는 환송 후 당심에서 교환적으로 변경된 청구에 따라,주식회사 GG에 대하여는 환송 후 당심에서 추가된 예비적 청구에 따라 이 사건 각 처분 중 위 정당세액 을 초과하는 부분을 취소하며，나머지 AA조합 외의 청구 및주식회사 GG의 별지 3 이 사건 처분목록의 순번 22 기재 처분의 취소를 구하는 청구를 인용한 제1심 판결 은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 그에 대한HH세무서장, BB세무서장, II세무서장, JJ세무서장，KK세무서장, LL 세무서장，MM세무서장, NN세무서장，OO세무서장，PP세무서장，GG세무서장, QQ세무서장의 각 항소는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.