대법원-2012-두-23563 (2015.07.09)

조심2010서2413 (2010.09.20)

시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액 산정은 시행령 산식의 취지에 반하는 것이므로 위법함

이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'이 되어야 함

종합부동산세법 제9조세율 및 세액

2015누1436 경정거부처분취소

AA주식회사

AA세무서장

환송 판 결

대법원2012두23563(2015.07.09)

2015. 10. 14.

2015. 11. 25.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. AA세무서장이 2010. 4. 14. AA주식회사에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 0,000백만원 및 농어촌특별세 000백만원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 AA세무서장이 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. AA주식회사는 2009. 12. 15. AA세무서장에게 2009. 6. 1. 현재 00시 00구 000동 000-00외 00필지 토지 0,000㎡, 건물 0,000㎡ 및 00시 0구 00동 000-000 외 000필지 0,000,000㎡를 소유하고 있어 종합부동산세 납세의무자에 해당함에 따라 구 종합부동 산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조, 제14조 및 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 등에 의하여 2009년도 종합부동산세 0,000백만원 및 농어촌특별세 0,000백만원을 자진 신고・납부하였다.

나. AA주식회사는 위와 같이 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령에서 정한 산식(이하 '이 사건 시행규칙 산식'이라 한다)에 따라 '과세기준금액 초과분 공시지가 ×종합부동산세 공정시장 가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율'의 방법으로 계산하여 공제되는 재산세액을 산정하였다.

다. AA주식회사는 2010. 2. 26. AA세무서장에 대하여 아래 제2의 가항 기재와 같은 이유로 위 나 항의 재산세 공제방식이 잘못되었고 정당한 재산세액 공제에 따른 세액은 종합부동산 세 0,000백만원, 농어촌특별세 0,000백만원이라고 주장하면서 2009년도 종합부동산세 0,000백만원 및 농어촌특별세 000백만원의 감액경정청구를 하였다. 그러나 AA세무서장은 2010. 4.14. AA주식회사에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증，을 3호증(가자번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

" 1) 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항，제6항 및 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항，제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동 산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복 부과하는 이중과세의 문제를 조정하고 있다. 그런데 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항이 정한주택분 또는 종합'별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종 합・별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'을 시행규칙 산식에서 정한과세기준금액 초과분 공시지가 x 종합부동산세 공정 시장가액 비율 X 재산세 공정시장가액비율 x 재산세 표준비율'이라고 해석할 경우에는 종합부동산세와 재산세가 이중으로 과세되는 결과가 초래되어 이중과세금지의 원칙에 반하고, 이러한 이중과세의 문제를 조정하지 않는다면 조세법률주의와 재산권보장의 원칙 및 법률의 합헌적 해석원칙에 위반된다. 따라서 이 사건 시행규칙 산식을 전제로 한 이 사건 처 분은 위법하다.", 2) 재정경제부는 2003, 9. 3. '부동산 보유세제 어떻게 달라지나?'라는 제목의 설명 자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 견해를 공식적으 로 밝힌 바가 있다. 그럼에도 AA세무서장이 AA주식회사의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

나. 관계법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 관계법령 개정의 경위와 취지

2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고，2005. 1. 5. 법률 제7328 호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준의 세 부담이 될 수 있게 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었으므로, 2005. 12. 31. 법 률 제7843호로 개정된 지방세법，2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에 관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로，제2항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과 세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 70으로 각각 정하고 있고, 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제187조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제138조 제1호는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택 의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.

" 한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세 대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국 내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유 하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조 세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같 이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 이에 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 X 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하종전 시행령 산식'이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.", "그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하이 사건 시행령 산식' 이라 한다)에 의하도록 변경하였는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 급한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것이다.",이러한 지방세법，종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위 와 취지 등에 비추어 보면，종전 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등 과세기준금액 을 초과하는 분'이 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 주택 등의 과세표준'으로 변 경되었다고 하더라도，과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재 산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하 더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소・변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.

" 2) 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산 되고，같은 부분에 대한 종합부동산세액은'(공시가격 - 과세기준금액 ) x 종합부동산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 '공시가격 - 과세기준금액' 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분，즉 '(공시가격 - 과세기준금액) X 종합부동산세 공정사장가액비율'보다 적거나 같은 '(공시가격 - 과세기준금액) X 재산세 공정시장가액비율' 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.",이러한 점을 종합하여 볼 때，이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) X 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 ×재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) x 재산세 공정시장가액비율 x 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다.

그리고 구 종합부동산세법 제16조 제3항과 구 종합부동산세법 시행령 제8조 제2항 은 종합부동산세 신고를 위한 절차적인 사항을 정하도록 시행규칙에 위임하였을 뿐 종

합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정과 관련한 실체적인 내용을 정하도록 위임 한 것이 아니므로, 시행규칙 제5조 제2항이 종합부동산세 신고를 위한 서식을 마련하 면서 그 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령에서 잘못된 산식인 이 사건 시행규칙 산식을 기재하고 있다 하더라도, 이는 일반국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다고 보아야 한다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).

앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행 령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는

이유만으로 이 사건 처분이 적법하다고 볼 수는 없다.

3) 이 사건 처분의 적법 여부

" 결국 적법한 산출 방법에 따라 AA주식회사가 부담하여야 할 2009년도 종합부동산세를 계산하면, 별지 1 산출내역 2. 정당세액의 '납부할 세액'란 기재와 같으므로, AA주식회사가 당초 신고・납부한 2009년도 종합부동산세 0,000백만원 및 농어촌특별세 0,000백만원 중 종합부동산세 0,000백만원(10원 미만 버림) 및 그에 따른 농어촌특별세액 0,000백만원(위000백만원 X 농어촌특별세율 20%, 10원 미만 버림)을 초과하는 부분(종합부동산세 0,000백만원 및 농어촌특별세 000백만원)은 감액 경정되어야 한다. 따라서 AA주식회사의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위 초과 하는 부분을 감액 경정하여 달라는 AA주식회사의 경정청구는 정당하고，위 경정청구를 거부 한 AA세무서장의 이 사건 처분은 위법하다.",3. 결론

그렇다면 AA주식회사의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 AA주식회사의 항소를 받아들여 이를 취소하고 AA주식회사의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.