1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 8. 12. 특수관계자인 B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다)가 발행한 신주 23,514,000주를 117,570,000,000원(1주당 액면가 5,000원)에 인수(이하 ‘1차 신주인수행위’라 한다)하고, 2000. 4. 25. B이 발행한 신주 8,505,577주를 42,527,885,000원(1주당 액면가 5,000원)에 인수(이하 ‘2차 신주인수행위’라 한다)하여 합계 160,097,885,000원을 B에 출자하고, 이를 투자유가증권으로 회계처리하여 두었다가, 2000. 6. 7. 투자유가증권감액손실 등으로 회계처리하고 위 신주인수가액 전액을 손금에 산입하여 2000사업년도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 피고는 1, 2차 신주인수행위는 유상증자의 형식을 빌려 원고가 B에 위 신주인수가액 전액을 무상으로 지원한 것으로서 부당행위계산부인의 대상이 된다고 판단하고, 위 금액에 대한 인정이자를 익금산입하고, 그 지급이자를 손금불산입하는 것을 전제로 2000사업연도에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 산출한 다음, 원고에 대하여 2006. 3. 27. 2000사업연도 법인세 107,655,269,890원의 부과처분을 하였다.

다. 원고가 이에 불복하여 2006. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하자, 조세심판원은 2009. 3. 24. 위 1, 2차 신주인수행위는 업무무관가지급금의 지급행위로 볼 것이 아니라, ‘특수관계자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우’로 보아야 한다는 이유로, 2006. 3. 29.자 2000사업연도 법인세 107,655,269,890원의 부과처분은 그 신주인수가액 전액을 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상금액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였다. 라.

이에 피고는 조세심판결정에 따라 1, 2차...