1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1978. 2. 2. 설립되어 화물차운수업을 영위하는 영리법인으로, 2010. 2. 22. A이 보유한 비상장법인인 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)의 주식 240,000주 중 30,000주를 1주당 11,000원에 매수하였다

(이하 ‘이 사건 주식거래’라고 한다). 나.

피고는, 원고와 A은 모두 B의 주주이고, 이 사건 주식거래 당시 A이 B의 비상임감사로 재직하고 있어 구 법인세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조 및 구 법인세법 시행령(2010. 3. 9. 대통령령 제22073호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제87조 제1항 제7호의 특수관계자에 해당하고, 매수금액 또한 구 법인세법 시행령 제89조의 시가에 해당하는 1주당 매매사례가액인 9,700원을 1,300원씩 초과하였으며, 이는 구 법인세법 시행령 제88조에서 규정하고 있는 부당행위계산 부인대상 유형에 해당한다는 이유로, 2013. 8. 1. 원고가 A에게 초과지급한 39,000,000원{= 30,000주 × (11,000원 - 9,700원)}을 익금산입하고 이를 A에 대한 소득(기타소득)으로 소득처분토록 하는 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 원고에게 하였다.

다. 이에 원고는 불복하여 2013. 10. 15. 감사원에 심사청구를 제기하여 2014. 7. 22. 감사원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제9호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 1 A은 대전지역의 향토기업인 주식회사 C의 실질적인 지배주주 회장이었던 자로, 원고는 물론 모기업인 우성사료의 계열회사와는 자금이나 사업상 어떠한 거래나 이해관계도 없고,...