1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 10, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 이를 인정할 수 있다. 가.

원고는 의료기, 이화학기기 제조업, 과학기기, 확경측정기기 등의 제조 판매업 등을 영위하기 위하여 1999. 1. 14. 부천 오정구 B을 본점 소재지로 하여 설립된 회사로, 2009. 2. 23. 본점 소재지를 강릉시 C건물 208호로 이전하였다.

나. 원고는 2007년도 제1기에 주식회사 대한바이오링크(이하 ‘대한바이오링크’라고 한다)에 공급가액 20,500,000원의 매출세금계산서를 발행하였고, 2008년도 제1기부터 2009년도 제2기까지 기간 중 주식회사 D(이하 ‘D’이라고 한다)으로부터 공급가액 합계 1,488,150,000원 상당의 매입세금계산서를 수취하고, E 주식회사(이하 ‘E’라고 한다)에 공급가액 합계 1,444,900,000원 상당의 매출세금계산서를 교부한 후(이하 D 및 E 관련 세금계산서를 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다), 이를 근거로 각 해당 부가가치세와 법인세를 신고납부하였다.

다. 중부지방국세청장은 2011. 7. 27.부터 같은 해 10. 4.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 2007년도 제1기에 대한바이오링크에 대한 매출 20,500,000원을 누락하여 신고하고, 2008년부터 2009년까지 D으로부터 재화의 공급 없이 매입세금계산서를 수취하고, E에 재화를 공급하지 아니하고 매출세금계산서를 교부한 것을 확인한 후 피고에게 이를 통보하였다. 라.

이에 따라 피고는 2011. 11. 1.과 같은 해 12. 1. 원고에게 아래와 같은 부가가치세 및 법인세를 각 부과하였다

아래 2007년 제1기분 부가가치세 및 2007사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 '이 사건...