법인세 부과처분 취소

조감법 규정의 공장입지기준면적을 초과하는지 여부를 판정함에 있어 매매계약체결시의 도시계획상용도(자연녹지)를 기준으로 판정할 것인지 아니면 소유권 이전등기시의 용도(일반주거지역)를 기준으로 판정할 것인지에 대하여 매매계약체결시를 기준으로 판정함으로써 이 사건 법인세 부과처분은 부당하다고 본 사례

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 1995. 6. 16. 원고에 대하여 한 법인세 금128,817,430원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

1. 인정되는 사실관계(이 사건 부과처분의 경위 등) 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1 내지 6호증, 을제3 내지 12호증의 기재와 당원의 ㅇㅇ시장에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.

가. 원고는 건축자재, 철구조물 등의 제조 및 판매업을 사업목적으로한 회사로서, ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 232의 2 대 8,677㎡(이하 이 사건 대지라 한다) 중 8,677분의 7,024.1 지분과 그 지상 건물 1,168.486㎡를 소유하면서 이를 공장부지 및 건물로 사용하여 왔는데, 원고가 사업을 확장하면서 공장을 증축하려 하였으나 위 토지가 도시계획상 자연녹지로 지정되어 있어 공장증축이 불가능하게 되자 공장을 충남 논산시 연무읍 고내리 1096의 6 대 14,469㎡로 이전하기로 하였다.

나. 원고는 위 공장이전계획에 따라 1991. 3. 22. 위 기존공장의 대지 및 건물을 소외 ㅇㅇ주식회사에게 매도하고 1991. 7. 1. 중도금을 수령하였으며 1993. 1. 21. 위 소외회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐준 다음, 매매잔금은 같은 달 26. 수령하였다.

다. 한편 이 사건 대지는 그 일대가 토지구획정리사업지구에 포함되면서 1991. 7. 6. ㅇㅇ시장에 의하여 도시계획상 자연녹지지역에서 일반거주지역으로 용도지역이 변경되었다.

라. 원고는 1993. 6. 피고에게 대도시 공장의 지방 이전의 경우 발생하는 양도소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 면제를 규정한 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제42조 제2항에 따라 면세를 받고자 세액면제 신청을 하였으나, 피고는 위 공장의 재무부령에 의한 공장입지기준면적은 3,672.416㎡이므로 이 사건 대지의 원고 소유 지분 중 이를 초과한 3,351.684㎡(7,024.1 - 3,672.416) 부분에 대하여는 위 법시행령(1993. 5. 27. 대통령령 제13897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조 제6항에 의하여 위 법 제42조의 적용이 배제되어 면세되지 않는다는 이유로 1995. 6. 16. 위 초과면적에 대하여 주문 기재 법인세(특벌부가세) 부과처분을 하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, 원고가 이 사건 대지를 소외회사에게 매도하고 중도금을 수령할 당시만 하더라도 이 사건 대지는 도시계획상 자연녹지였기 때문에, 자연녹지를 공장입지기준면적의 산정에서 제외하도록 하는 구 지방세법시행령 및 시행규칙의 관련 규정에 따라 이 사건 대지 중에는 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 없었는데 그 후 소유권이전등기를 넘겨주기 전 1991. 7. 6. 이 사건 대지의 도시계획상 용도지역이 일반주거지역으로 변경되는 바람에 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 생기게 된 것으로서, 이러한 경우 특별부가세의 면제가 배제되는 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 있는가 여부는 토지를 매도한 날을 기준으로 판정하여야 할 것이고 이전등기를 넘겨준 날을 기준으로 판정할 것이 아님에도 불구하고, 원고가 이전등기 당시의 이 사건 대지의 용도를 기준으로 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 있다는 이유로 특별부가세를 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는 특별부가세 면제요건의 해당 여부를 판정하는 기준시기는 양도일 즉 대금청산일이고 다만 대금청산 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 이전등기일을 기준으로 판정하여야 할 것이므로 소유권이전등기일을 기준으로 이 사건 대지에 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 있는지 여부를 판정하여 그 초과분에 대하여 특별부가세를 부과한 피고의 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관련법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법 제42조 제2항 : 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

(2) 구 조세감면규제법시행령 제36조 제6항 : 구 공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제42조를 적용하지 아니한다.

(3) 구 조세감면규제법시행규칙(1992. 6. 22. 재무부령 제1886호로 개정되기 전의 것) 제13조의 2 제1호 : 영 제36조 제6항에서 재무부령이 정하는 공장입지기준면적 이라 함은 다음 각호의 면적을 말한다. 1.제조공장의 경우에는 지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호의 공장입지기준면적

(4) 구 지방세법시행령(1992. 6. 11. 대통령령 제13660호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4 제3항 제6호 : 공장용 건축물의 부속토지로서 내무부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 토지부분

(5) 구 지방세법시행규칙(1986. 12. 31. 내무부령 제452호로 개정된 것) 제46조의 5 : 영 제84조의 4 제3항 제6호에서 내무부령으로 정하는 공장입지기준면적 이라 함은 별표4의 공장입지기준면적을 말한다.

(6) 위 시행규칙 별표4 : 공장입지기준면적에는 도시계획상의 녹지지역, 활주로, 철로 등의 면적은 제외한다.

다. 판단

(1) 결국 이 사건에 있어서 원,피고 사이의 쟁점은, 원고의 기존 공장 대지인 이 사건 대지가 구 조세감면규제법시행령 제36조 제6항에서 규정하는 공장입지기준면적을 초과하는지 여부를 판정함에 있어 매매계약체결시의 도시계획상 용도(자연녹지)를 기준으로 판정할 것인지 아니면 소유권이전등기시의 용도(일반주거지역)를 기준으로 판정할 것인지 여부에 있다.

(2) 살피건대, 구 조세감면규제법시행령 제36조 제6항이 공장입지기준면적을 초과하는 부분에 대하여 특별부가세의 면제 규정(구 조세감면규제법 제42조 제2항)을 배제하도록 하고 있는 취지가 공장입지기준면적을 초과하는 과다한 공장부지를 보유한 기업에게 그 기준면적 초과분 부지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여서까지 면세하는 것은 기업의 투기적 공장부지 과다보유행위를 유발하여 토지의 효율적인 이용을 해할 우려가 있으므로 이를 방지하려는 데에 있는 점, 이 사건의 경우 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 대지를 매도하고 중도금을 수령할 당시만 하더라도 용도지역이 자연녹지로 지정되어 있어서 공장입지기준면적을 초과하는 부분이 없었는데, 그 후 그 일대가 택지로 개발되기 시작하면서 토지구획정리사업지구에 포함되어 원고의 의사나 귀책사유와는 상관없이 ㅇㅇ시장에 의하여 일반주거지역으로 변경됨에 따라 공장입지기준면적을 초과하는 부분에 생기게 된 것이고, 이러한 용도지역 변경 당시 원고는 이미 이 사건 대지를 매도하고 중도금까지 수령한 상태여서 용도 변경에 따른 지가 상승 등의 투기적 이익을 원고가 추가로 얻게된 것도 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 대지가 공장입지기준면적을 초과하는지 여부는 매매계약체결시를 기준으로 판정함으로써 이 사건 대지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 법인세(특별부가세)를 부과하지 않는 것이 타당하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 주문 기재 법인세 부과처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.