1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 인정사실

가. 원고 교회를 대표한 D는 2011. 7.경 LH공사가 공급하는 의정부시 E를 매수하고 이곳에 교회건물을 신축하기 위하여 2013. 5. 6. ‘F’를 운영하는 피고에게 건축설계 및 건축허가, 착공신고 등 건축관련 민원 업무를 포괄적으로 위임하였고, 이를 위해 피고와 사이에 ‘건축물의 설계 표준계약서’를 작성하고 피고에게 건축관련 민원업무를 포괄적으로 위임하는 내용의 대리인 위임장을 작성, 교부하였다.

나. 위 계약에 따라 피고는 교회신축을 위한 설계를 마치고 의정부시에 건축허가신청를 하면서 신청서에 건축주 명의를 원고 교회가 아닌 D로 기재하였고, 이에 따라 2013. 8. 19. 의정부시로부터 D를 건축주로 하는 건축허가 결정이 내려졌으며, 이어서 착공신고를 하여 2013. 10. 11. 의정부시로부터 D를 건축주로 하는 착공신고필증이 교부되었다.

다. 한편 지방세특례제한법은 제50조 제1항에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다”고 규정하고 있다. 라.

2014. 6.경 신축된 교회건물에 대한 준공이 완료되자, D는 교회건물에 대한 소유권보존등기절차를 진행하면서 건축물대장 상에 소유자가 원고 교회 명의가 아닌 D 개인 명의로 등록되어 있어서 종교단체가 종교 목적에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 주어지는 비과세혜택을 받지 못하고 개인소유 재산으로 인정되어 취득세로 47,068,200원을 납부해야 한다는 사실을 알게 되었다.

마. D는 취득세를 납부하고 2014. 6. 26. 교회건물에 관하여 D 명의로 소유권보존등기를 마쳤으며, 이어서 2014. 7. 16. 원고 교회 앞으로 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1...