[1] 비영리법인인 한국방송공사의 법인세 납부의무의 범위

[2] 한국방송공사가 해당 사업연도에 지출한 전체 손금 중 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만을 광고업에 소요된 손금으로 볼 수 없다고 한 사례

[3] 한국방송공사에 대한 각 사업연도의 법인세 과세표준을 추계조사방법에 의하여 산정할 수밖에 없다고 한 사례

[1] 한국방송공사는 고유 목적 사업으로서의 방송업을 영위하고 있는 것과 함께 광고업도 영위하고 있다고 보아야 할 것인바, 한국방송공사가 영위하는 방송업은 무상의 용역 제공이므로 그 자체로 수익사업으로 볼 수 없으나, 한국방송공사가 영위하는 광고업은 수익사업임이 명백하므로, 한국방송공사는 수익사업에서 발생한 소득금액에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.

[2] 한국방송공사가 운영하고 있는 채널 중 2TV와 2라디오에서도 시사물, 교양물 등 공익성 있는 프로그램을 방송하고 있다는 점, 2TV와 2라디오에서 하루종일 상업광고 방송만을 송출하는 것도 아니라는 점, 1TV 등에서 행하는 협찬물 고지 방송도 광고 방송으로 보아야 하는 점, 한국방송공사의 수신료 수입과 광고료 수입이 별도의 계정으로 구분 관리되지 않고 수신료 수입과 광고료 수입이 혼재되어 관리되고 있다는 점, 프로그램의 제작에 있어서도 수신료 수입과 광고료 수입 전체를 재원으로 하여 제작비가 지출되고, 인력 운용에 있어서도 각 채널별로 소속 직원이 특정되어 있는 것이 아니라 전체적으로 통괄하여 관리되고 있다는 점, 따라서 특정 직원이 특정 방송장비로 교양 방송의 송출에 관여하기도 하고 광고 방송의 송출에 관여하기도 한다는 점, 2TV와 2라디오의 운영에 소요되는 비용 중에도 방송업을 위하여 소요된 비용과 광고업을 위하여 소요된 비용이 혼재하고 있다는 점 등을 종합하면, 한국방송공사의 사업을 채널별로 분류하여 2TV와 2라디오의 운영만이 수익사업으로서의 광고업이고 2TV와 2라디오를 제외한 다른 채널의 운영은 비영리사업으로서의 방송업이라고 보는 것은 타당하지 않고, 따라서 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만을 광고업에 소요된 손금으로 볼 수 없다고 한 사례.

[3] 수익사업과 비영리사업을 겸영하고 있는 한국방송공사가 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 각각 별개의 회계에 따라 구분하여 경리하지 아니하였고 각 사업연도에 한국방송공사에게 발생한 전체 손금 중 광고업과 관련된 손금만을 특정하여 계산하는 것도 불가능하므로 한국방송공사에 대한 각 사업연도의 법인세 과세표준은 추계조사방법에 의하여 산정할 수밖에 없다고 한 사례.

[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호 ( 현행 제2조 , 제3조 제2항 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 [2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호 (현행 제2조 , 제3조 제2항 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 [3] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제32조 제3항 (현행 제66조 제3항 참조), 제62조 (현행 제112조 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제2조 제4항 (현행 법인세법 제113조 제1항 참조), 제93조 제1항 제1호 (현행 제104조 제1항 제1호 참조)

[1] 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결(공2000상, 796)

한국방송공사 (소송대리인 법무법인 소명 담당변호사 경수근)

영등포세무서장 (소송대리인 변호사 권은민)

2004. 6. 25.

1. 피고가 2004. 3. 16. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 법인세 및 농어촌특별세 6,796,652,070원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다(피고가 2004. 3. 16. 원고에 대하여 부과처분한 법인세는 6,729,735,880원이나, 원고는 위 부과처분 이외에 피고가 2001. 9. 1.자로 한 1998 사업연도 법인세증액경정처분 중 감액되지 않고 잔존하는 66,916,190원도 취소되어야 한다는 이유로, 2001. 9. 1.자 1998 사업연도 법인세 66,916,190원을 위 2004. 3. 16.자 부과처분에 포함시켜 그 취소를 구하고 있는바, 뒤에서 보는 바와 같이 원고에 대한 1998 사업연도 법인세부과처분은 과세표준 산정의 위법을 이유로 그 전부가 취소되어야 하고, 정당한 법인세액은 추계조사방법에 의하여 재산정되어야 하므로 이 사건에 있어서 취소되어야 할 법인세액을 원고가 청구하는 바와 같이 본다).

1. 처분의 경위

가. 원고의 법인세 신고

원고는 당초 1998 사업연도의 소득에 대한 법인세과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어서 텔레비전 방송 수신료(이하 '수신료'라고만 한다)를 수입금액에 포함시켜 수입금액을780,680,632,736원으로 하고, 과세표준을 20,187,711,739원으로 하여, 산출세액(부담세액)을 0원으로 신고하였다.

나. 피고의 법인세증액경정처분

피고는 2001.경 실시된 원고에 대한 세무조사 결과에 따라 2001. 9. 1. 1996 사업연도 분에 대하여는 원고의 수신료 수입을 익금에서 제외시키고, 원고의 1996 사업연도 소득금액을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 구분하여 새로운 과세표준과 세액을 산출한 후 그에 따라 원고의 1996 사업연도 법인세를 16,425,842,070원으로 증액하는 경정처분(이하 '이 사건 1996 처분'이라고 한다)을 하였고, 1997 사업연도 이후 분에 대하여는 당초 원고의 신고와 같이 원고의 소득금액을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 구분하지 않고, 수신료 수입을 익금에 포함시킨 채 개별 항목의 손금 불산입 또는 부당행위 계산부인 등에 따라 증액경정처분을 하여 2001. 9. 1. 1998 사업연도 법인세를 9,582,414,780원(농어촌특별세 포함, 이하 같다)으로 증액경정하였다.

다. 피고의 일부감액경정처분

한편, 원고는 2001. 11. 29. 국세청장을 상대로 위 2001. 9. 1.자 1998 사업연도 법인세부과처분에 대한 심사청구를 제기하였고, 국세청장이 2002. 7. 25. 원고의 심사청구를 일부 인용하는 결정을 함에 따라, 피고는 2002. 9. 10. 1998 사업연도 법인세를 66,916,195원(=법인세 66,434,560원 ＋ 농어촌특별세 481,635원)으로 감액경정하였다.

라. 피고의 법인세증액재경정처분

그 후 피고는 1998 사업연도분에 대하여도 위 2001. 9. 1.자 1996 사업연도 법인세부과처분과 마찬가지로 원고의 수신료 수입을 익금에서 제외시키고, 원고의 1998 사업연도 소득금액을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 구분하여 새로운 과세표준과 세액을 산출한 후, 2004. 3. 16. 1998 사업연도 법인세를 6,729,735,880원으로 재차 증액경정하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없거나 명백하게 다투지 아니하므로 자백한 것으로 보는 사실, 갑 제1, 3, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

(1) 절차적인 부분의 위법 주장

(가) 피고는 2001. 9. 1. 이미 원고의 1998 사업연도 법인세에 대한 징수결정을 하였음에도 불구하고 징수결정 즉시 납세고지하지 않고, 2004. 3. 16.에야 비로소 납세고지한 것은 국세징수법 제10조 에 위배되어 위법하고, 납기일로부터 불과 15일 전에 납세고지를 함으로써 원고로 하여금 과세 전 적부심사청구의 기회를 박탈한 것은 위법하다.

(나) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 납세고지서에 과세표준 및 세액의 계산명세서를 첨부하지 않았으므로 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 실체적인 부분의 위법 주장

(가) 과세표준 산정의 위법

① 원고는 법인세법상으로 광고업이라는 수익사업 하나만을 영위할 뿐 달리 비영리사업을 영위하고 있지 아니하므로 해당 사업연도에 발생한 원고의 손금 전부가 법인세법상의 손금으로 인정되어야 함에도, 원고가 수익사업과 비영리사업을 겸영하고 있음을 전제로 해당 사업연도에 발생한 전체 손금 중 수익사업에 해당하는 손금만을 법인세법상의 손금으로 인정하여 1998 사업연도의 과세표준을 산정한 것은 위법하다.

② 법인세법상으로 수익사업인 광고업만을 영위할 뿐인 원고는 법인세법이 정하는 구분경리의무를 부담하지 않고 있고, 실제로도 구분경리를 하지 아니하였음에도, 원고에게 구분경리의무가 있다는 전제하에 경영관리 참고자료에 불과한 원가보고서를 구분경리의무를 이행한 자료로 보고, 이에 근거하여 원고가 운영하는 16개의 채널 중 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만을 수익사업에 해당하는 손금으로 본 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 가산세는 법인세법에 규정된 신고·납부 등의 의무를 위반한 경우에 한하여 부과되는 행정상의 제재인바, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 법인세법에 규정된 의무를 해태한 바가 없는 원고에게 가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 판 단

(1) 절차적인 부분의 위법 주장에 관한 판단

(가) 납세고지 시기의 하자 주장에 관한 판단

① 관계 법령

국세기본법

제81조의10 (과세 전 적부심사) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지 내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 '과세 전 적부심사'라 한다)를 청구할 수 있다. (단서 생략)

1. 제81조의7의 규정에 의한 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 기타 대통령령이 정하는 과세예고통지

국세징수법

제10조 (납세고지서의 발부시기) 납세고지서와 납액통지서는 다음 각 호의 시기에 발부하여야 한다.

2. 납부기한이 일정하지 아니한 경우에는 징수결정 즉시

② 판 단

과세 전 적부심사청구는 세무조사 결과 통지를 받은 날부터 20일 이내에 하면 되는 것이므로 피고가 납기일인 2004. 3. 31.부터 15일 정도를 남긴 2004. 3. 16. 납세고지를 하였다고 하여 원고의 과세 전 적부심사청구권을 박탈하였다고 볼 수는 없다.

또한, 납세고지서의 발부 시기에 관한 국세징수법 제10조의 규정은 훈시규정이므로 위 조항에서 정하고 있는 발부 시기 이후에 발부된 고지서도 그 효력에는 영향이 없으므로(국세징수법기본통칙 10 참조), 원고 주장과 같이 2001. 9. 1. 징수결정을 한 피고가 2004. 3. 16.에 납세고지를 하였다고 하여 이 사건 처분이 위법하게 되는 것은 아니라고 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 계산명세 미첨부 주장에 관한 판단

① 관계 법령

국세징수법

제9조 (납세의 고지) ① 세무서장 또는 시장·군수가 국세를 징수하고자 할 때에는 납세자에게 그 국세의 과세연도·세목·세액 및 그 산출근거·납부기한과 납부장소를 명시한 고지서를 발부하여야 한다.

법인세법

제70조 (과세표준과 세액의 통지) 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제53조 또는 제66조의 규정에 의하여 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 당해 내국법인에게 통지하여야 한다.

법인세법시행령

제109조 (과세표준과 세액의 통지) ① 납세지 관할 세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다.

② 판 단

법인세와 같이 과세기간별로 그 귀속연도에 발생한 총소득에 대하여 과세하는 세목에 있어서는 납세고지서에 귀속연도와 그 귀속연도의 과세표준, 세액의 산출근거 등을 명시하여 고지하면 족하고, 사업연도에 속하는 익금과 손금 등 세액산출의 실질적 근거와 경로, 경위나 근거 법령, 증액 또는 감액의 사유까지 기재할 필요는 없다( 대법원 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 등 참조).

갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 과세연도, 세목, 세액, 세액산출근거(과세귀속연도, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세, 각종 공제세액, 고지세액) 등을 명시한 법정의 납세고지서에 의하여 부과·고지한 사실을 인정할 수 있는바, 위 관계 법령에서 요구하는 법인세액의 계산명세는 위 각 납세고지서에 기재된 정도로 충분하다 봄이 타당하고, 이와 달리 납세고지서에 사업연도에 속하는 익금과 손금 등 세액산출의 실질적 근거와 경로, 경위나 근거 법령, 증액경정의 법적 근거와 사유 등을 기재하지 않았다고 하여 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 실체적인 부분의 위법 주장에 관한 판단

(가) 과세표준 산정 위법 주장에 관한 판단

① 관계 법령

법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)

제1조 (납세의무) ① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 '내국법인'이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립 목적 및 그와 유사한 설립 목적을 가진 법인(이하 '비영리내국법인'이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업 목적에 불구하고 다음 각 호의 수익사업 또는 수입(이하 '수익사업'이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 농업·수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기·가스 및 수도사업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수·창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산·임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것 (제2호 내지 제7호 생략)

법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위) ① 법 제1조 제1항 제1호에서 '대통령령이 정하는'이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 '한국표준산업분류표'라 한다)에 의한 사업 중 수익이 발생하는 것으로 하되, 다음 각 호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다. (각 호 생략)

② 판 단

㉮ 해당 사업연도에 발생한 원고의 손금 전부를 손금으로 인정하여야 한다는 주장에 관한 판단

방송법상 광고방송과 일반방송은 구분하여 행하여져야 하고{ 구 방송법(2000. 1. 12. 법률 제6139호로 폐지) 제35조 제1항 } 그 시간과 순서 등이 일정한 규제를 받고 있으므로 광고업과 방송업은 개념상 구분할 수 있는 것이고, 비영리법인의 수익사업이 법인의 고유 목적에 기여하는 것인지 여부는 법인세 납세의무의 요건이라고 볼 수 없으므로 원고는 고유 목적 사업으로서의 방송업을 영위하고 있는 것과 함께 광고업도 영위하고 있다고 보아야 할 것인바, 원고가 영위하는 방송업은 무상의 용역 제공이므로 그 자체로 원고의 수익사업으로 볼 수 없으나, 원고가 영위하는 광고업은 관계 법령에 비추어 볼 때 수익사업임이 명백하므로, 원고는 수익사업에서 발생한 소득금액에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다( 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 참조).

그렇다면 원고는 해당 사업연도에 발생한 전체 익금 중 수익사업에 속하는 익금의 총액(광고료 수입, 전파료 수입, 교향악단 수입 등)에서 해당 사업연도에 발생한 전체 손금 중 수익사업에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 법인세를 납부할 의무가 있으므로, 원고가 광고업이라는 수익사업 하나만을 영위하는 것을 전제로 수신료를 제외한 당해 사업연도의 익금 총액에서 당해 사업연도에 발생한 모든 손금을 공제하여 과세표준을 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

㉯ 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만을 손금으로 인정한 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

피고는 원고가 작성한 원가보고서를 토대로 하여 원고가 운영하고 있는 16개 채널 중 상업광고 방송을 실시하고 있는 2TV와 2라디오의 운영을 수익사업인 광고업으로, 2TV와 2라디오를 제외한 나머지 채널의 운영을 비영리사업인 방송업으로 분류한 후, 원고의 1998 사업연도의 전체 손금 중 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만이 광고업과 관련된 손금이라고 보고 원고의 1998 사업연도의 법인세 과세표준을 산정하였다.

그러나 2TV와 2라디오에서도 시사물, 교양물 등 공익성 있는 프로그램을 방송하고 있다는 점, 2TV와 2라디오에서 하루종일 상업광고 방송만을 송출하는 것도 아니라는 점, 1TV 등에서 행하는 협찬물 고지 방송도 광고 방송으로 보아야 하는 점, 원고의 수신료 수입과 광고료 수입이 별도의 계정으로 구분 관리되지 않고 수신료 수입과 광고료 수입이 혼재되어 관리되고 있다는 점, 프로그램의 제작에 있어서도 수신료 수입과 광고료 수입 전체를 재원으로 하여 제작비가 지출되고, 인력 운용에 있어서도 각 채널별로 소속 직원이 특정되어 있는 것이 아니라 전체적으로 통괄하여 관리되고 있다는 점, 따라서 특정 직원이 특정 방송장비로 교양 방송의 송출에 관여하기도 하고 광고 방송의 송출에 관여하기도 한다는 점, 2TV와 2라디오의 운영에 소요되는 비용 중에도 방송업을 위하여 소요된 비용과 광고업을 위하여 소요된 비용이 혼재하고 있다는 점 등을 종합하면, 원고의 사업을 채널별로 분류하여 2TV와 2라디오의 운영만이 수익사업으로서의 광고업이고 2TV와 2라디오를 제외한 다른 채널의 운영은 비영리사업으로서의 방송업이라고 보는 것은 타당하지 않고, 따라서 2TV와 2라디오의 운영에 소요된 비용만을 광고업에 소요된 손금이라고 본 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 가산세 부과의 위법 여부에 관한 판단

가산세의 부과에 있어서 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 않고, 다만 납세의무자에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는바( 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결 참조), 비영리법인인 원고가 비영리사업 이외에 수익사업을 겸영하는 경우 법인세법상 수익사업에 관련된 익금과 손금만으로 과세표준을 산정하여 법인세를 신고·납부하여야 할 의무가 있음에도 원고는 이를 해태하였고, 달리 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 인정할 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 처분은 과세표준 산정에 오류가 있으므로 위법하다.

3. 정당한 법인세액의 계산

가. 관계 법령

법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)

제32조 (결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다

제62조 (장부의 비치·기장) 납세의무 있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며 장부와 관계 있는 중요한 증빙서류를 비치·보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제1조 제1항 제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다.

법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위) ④ 비영리 내국법인이 법 제1조 제1항 각 호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 '비영리사업'이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

제93조 (과세표준의 추계결정) ① 법 제32조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때

② 법 제32조 제3항 단서의 규정에 의한 추계조사결정 또는 갱정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1에 의한다.

1. 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 그 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. 이 경우에 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

나. 원고의 구분경리의무

앞서 본 바와 같이 수익사업과 비영리사업을 겸영하고 있는 원고는 관계 법령에 의하여 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 각각 별개의 회계에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

그런데 원고가 구분경리의무를 실제로 이행하였는지에 관하여 보건대, 피고는 원고가 작성하여 보관 중인 원가보고서(을 제2호증)가 법인세법이 정한 구분경리의무를 이행한 장부이므로 원고가 구분경리의무를 실제로 이행하였다고 주장한다.

그러나 원가보고서는 법인세 과세표준의 산정을 위하여 국세기본법, 법인세법 등 관계 법령이 납세자에게 작성을 요구하고 있는 서류가 아니라는 점, 원가보고서는 원고가 영위하는 수익사업과 비영리사업별로 자산, 부채 및 손익을 구분하여 기장하지 않고, 단지 원고가 송출하는 방송프로그램의 장르별, 채널별, 프로그램별로 제작원가와 지출액만을 분석해 놓았을 뿐이라는 점, 구분경리에 의한 과세자료에는 영업비용과 영업 외 비용 모두가 기재되어야 하나, 원가보고서는 방송사업비와 판매관리비 등 영업비용만을 기재하고 있을 뿐, 영업 외 비용은 분석대상에서 제외하고 있다는 점, 원가보고서는 영업비용만을 분류하고 있을 뿐 자산 및 부채에 대하여는 기재하고 있지 아니하므로 원가보고서만으로는 전기의 결손 여부 및 결손액 등에 대한 확인이 불가능하다는 점, 원가보고서는 원고가 내부적인 경영관리 참고자료로 작성한 것이므로 그 작성의 목적상 구분경리장부라고 보기 힘들다는 점, 원가보고서는 1996 사업연도부터 2000 사업연도까지만 작성되었고, 그 이후에는 작성되지 아니하였다는 점 등을 종합하면, 원가보고서는 구분경리의무를 이행한 장부라고 볼 수 없고, 원고가 원가보고서를 작성하였다는 사실만으로 원고가 구분경리의무를 이행하였다고 볼 수는 없다.

다. 원고가 구분경리의무를 이행하지 아니한 경우 정당한 법인세의 산정방법

납세자가 세법이 정하는 장부를 작성하지 않아 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에는 추계조사의 방법에 의하여 과세되어야 하나, 납세자가 세법이 정하는 장부를 작성하지 아니하였다고 하더라도 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 추계조사의 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정하여서는 아니된다( 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 참조).

따라서 원고가 세법이 정하는 구분경리장부를 작성하지 않았다고 하더라도 그 외의 다른 증빙서류에 의하여 1998 사업연도에 발생한 전체 손금 중 광고업에 관련된 손금만을 특정하여 계산하는 것이 가능한지에 관하여 보건대, 원가보고서에 의해서는 1998 사업연도에 원고에게 발생한 전체 손금에서 광고업과 관련된 손금만을 특정하여 계산하는 것이 불가능하고, 그 외 다른 증빙서류에 의하여도 위 각 사업연도에 원고에게 발생한 전체 손금 중 광고업과 관련된 손금만을 특정하여 계산하는 것이 불가능하다.

그렇다면 원고에 대한 1998 사업연도의 법인세 과세표준은 추계조사방법에 의하여 산정할 수밖에 없다.

라. 공통 손금의 배분

공통 손금의 배분은 원고가 수익사업과 비영리사업별로 구분경리를 하고 있음을 전제로 수익사업과 비영리사업에 공통되는 손금을 어떻게 수익사업과 비영리사업에 배분할 것인가의 문제인데, 원고가 수익사업과 비영리사업별로 구분경리를 하지 않아 각 사업연도에 원고에게 발생한 전체 손금에서 광고업과 관련된 손금만을 특정하여 계산하는 것이 불가능한 이 사건에 있어서 추계조사방법에 의한 과세가 이루어진다면 공통손금의 배분에 대하여는 더 나아가 판단할 필요가 없다.

4. 이 사건 처분과 2001. 9. 1.자 1998 사업연도 법인세증액경정처분의 전부 취소 여부

과세처분 취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 하는 것이지만, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다.

이 사건에 있어서, 당사자들이 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도 원고에게 적법하게 부과될 1998 사업연도의 정당한 법인세액을 산출할 수 없다.

따라서 이 법원으로서는 위법한 이 사건 처분과 2001. 9. 1.자 1998 사업연도 법인세증액경정처분의 전부를 취소할 수밖에 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.