서울행정법원-2016-구합-73764(2018.06.15)

조심-2016-서-1530(2016.04.04)

부당행위계산부인을 하며 시가를 업종별 평균 부가가치율에 의해 산정한 것은 위법함

원고 회사가 대표자인 원고 개인에게 공급한 거래와 관련해 부당행위계산부인을 하고 시가를 의류제조업 평균 부가가치율을 이용하여 산정하였으나, 의류제조업 평균 부가가치율은 특정 의류의 처분가액을 산정함에 한계가 있음

법인세법 제52조 부당행위계산의 부인

2018누54578 종합소득세 부과처분 등 취소

김AA 외 1명

○○세무서장 외 5

2018. 11. 29.

2019. 1. 31.

1. 원고들과 피고 ○○세무서장의 항소를 모두 기각한다.

2. 원고 김AA과 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 원고가 부담하고, 원고 주식회사 BBBB와 피고 ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 피고가 부담하며, 원고 주식회사 BBBB와 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장 사이의 항소비용은 위 원고가 부담한다.

1. 청구취지

가. 원고 김AA

피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장이 원고 김AA에 대하여 한 별지1 목록 순번 1 내지 3 기재 각 종합소득세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

나. 원고 주식회사 BBBB

피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장이 원고 주식회사 BBBB(이하 '원고 BBBB'라 한다)에 대하여 한 별지1 목록 순번 4 내지 9 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2015. 8. 17. 원고 BBBB에 대하여 한 별지3 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 김AA

제1심 판결 중 위 원고에 관한 부분을 취소한다. 위 원고의 청구취지 기재와 같은 판결

나. 원고 BBBB

제1심 판결 중 위 원고와 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 관한 부분을 취소한다. 위 원고의 위 피고들에 대한 청구취지 기재와 같은 판결

다. 피고 ○○세무서장

제1심 판결 중 피고 ○○세무서장에 관한 부분을 취소한다. 원고 BBBB의 위 피고에 대한 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결서 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

・ 제1심 판결서 이유 5쪽 8, 9쪽의 "부인되어야 하고 공급한 의류의 가액을 적정한 시가에 따라 다시 산출한 후" 부분을 아래와 같이 고친다.

『부인되어야 하고 공급한 의류의 가액을 '원부자재 비용, 임가공 비용 및 기타 가공비용을 합산한 금액에 개발비(위 합계액의 10%)'를 더한 금액을 매입액으로 보아 '매입액 ÷ (1 - 업종별 평균 부가가치율)'의 공식을 적용하여 다시 산출한 후』

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장, 피고들의 주장, 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심 판결서 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

・ 6쪽 표 아래 6줄부터 7쪽 5줄까지를 아래와 같이 고친다.

『이 사건 각 사업장은 원부자재업체로부터 원부자재를 공급받은 다음, 의류 임가공업체에 작업을 의뢰하여, 의류 임가공업체로부터 직접 의류를 공급받는 거래를 한 것일 뿐, 원고 회사가 임가공업체로부터 의류를 공급받아 이를 다시 이 사건 각 사업장으로 공급하는 형태의 A, B거래는 존재하지 아니하였다. 원고 회사의 본점 소재지로 되어 있는 건물(서울 동대문구 CCC 00, 이하 'K 빌딩'이라고 한다)은 원고 김AA이 원고 회사의 설립 이전부터 운영해온 개인사업장 'DD'의 물류창고이자 '본사'사무실로 사용해오던 곳으로서, 피고들이 A, B거래가 존재한다는 근거로 삼은 이 사건 전산자료 상의 '본사'나 문답서에 기재된 이 사건 각 사업장이나 원고 회사의 직원들이 진술하고 있는 '본사'는 원고 회사(본점)가 아니라 위 'DD'의 '본사'(K 빌딩 사무실)를 의미하는 것이다. 의류 임가공업체들은 이 사건 각 사업장으로 의류를 직접 배송하였으나, 일부 의류의 경우 위 각 사업장의 의류 보관장소가 협소한 관계로 K 빌딩 지하1층에 위치한 'DD'의 물류창고에 의류를 임시로 보관하였다가 이 사건 각 사업장으로 배송하는 경우가 있었을 뿐, 원고 회사(본점)가 개인사업장에 의류를 실제로 공급하였거나 법인사업장에 의류를 '직매장반출'하였다고 볼 수는 없다. 따라서 원고 회사(본점)가 주체가 되어 이루어진 A, B거래는 존재하지 않았다고 할 것이므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 B거래와 관련하여 원고 회사에 대하여 이루어진 부가가치세 부과처분(제5부과처분)은 모두 취소되어야 한다(이하 '이 사건 ①주장'이라 한다).』

・ 10쪽 11줄 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『나아가 '장부 또는 그 밖의 증명서류'에 해당되는 과세자료인 이 사건 전산자료를 근거로 이루어진 위와 같은 방식의 매출원가 산정은 '추계조사' 방식에 의한 것으로 볼 수 없으므로 원고들이 주장하는 것과 같은 '부분추계' 내지 혼합과세의 위법은 존재하지 아니한다.』

나. A, B거래가 존재하였는지 여부(이 사건 ①주장에 관한 판단)

갑 제15, 18 내지 24, 38 내지 43, 49, 54, 63 내지 65호증, 을 제11, 18 내지 23, 31호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고들의 주장과 같이 원고 회사(본점)와 구별되는 개인사업장 중 DD의 '본사'가 존재하였다고 인정하기 어렵고, 원고 회사(본점)가 원부자재 업체로부터 원단과 부자재를 구입하여 임가공업체에 가공을 의뢰하여 완성된 의류를 공급받는 A거래와, 공급받은 위 의류를 생산원가에 이 사건 각 사업장에 공급하는 B거래가 존재하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고들의 이 사건 ①주장은 이유 없다.

1) 원고들은 이 법원에 이르러 원고 회사(본점)와 구별되는 원고 김AA의 개인사업장 중 DD의 '본사'가 존재한다고 주장하고 있다. 그러나 원고들이 제출한 각 증거들에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 의하면 원고 회사 본점과 구별되는 'DD 본사'가 별도로 존재한다고 볼 수 없다.

① 원고들이 원고 회사(본점)가 아닌 'DD 본사'의 직원이라고 주장하고 있는 직원들도 원고 회사(본점)의 직원들과 같은 서식으로 동일한 근로조건과 소속 등이 기재된 근로계약서를 작성하였다(특히 근로계약서의 명칭이 'DD, ㈜BBBB 연봉계약서'로 되어 있고, 원고 회사(본점)의 직원들의 경우와 마찬가지로 소속이 "본사"라고만 기재되어 있다). 위 직원들의 금융거래내역을 보더라도 원고 김AA 개인으로부터 뿐만 아니라 원고 회사(본점)로부터 급여나 퇴직금을 지급받은 것으로 되어 있다. 또한 위 직원들은 원고 회사의 본점 사무실과 같은 빌딩(K 빌딩)에 소재한 사무실이나 원고 회사의 본점 사무실에서 근무하였던 것으로 보인다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고 회사의 본점과 별도로 'DD 본사'의 직원이 존재하거나 별도의 사무실이 존재하였다고 보기는 어렵다.

② 원고들과 거래하였던 것으로 보이는 임가공업체와 원부자재업체의 각 대표자들은 'DD'과 거래하였을 뿐, 원고 회사와 거래한 적이 없다는 취지의 확인서를 작성하여 제출한 바 있다. 그러나 위 확인서들의 기재만으로 위 업체들이 원고 김AA이 사내이사로서 대표로 근무하고 있는 원고 회사와 거래한 적이 없다고 단정할 것은 아니다. 또한 일부 확인서(갑 제19호증의 3, 4)의 경우, 위 각 업체들의 대표가 아닌 원고 김AA이 작성한 것에 불과하다.

나아가 원부자재업체들의 대표들은 그 확인서(갑 제65호증의 1 내지 4)에서 'DD'과 거래하였다고 하면서도 원부자재의 대금을 거래의 당사자인 'DD'이 아니라 원고 회사의 법인 통장에서 지급받았고, 세금계산서 역시 원고 회사를 수취인으로 하여 발행하였다고 밝히고 있기도 하다.

③ 원고들이 사용한 ITC 전산프로그램에 의하면 "본사"의 매장코드(00000)가 "DD"의 매장코드(001)와 별도로 부여되어 있는데, 위 "본사" 이외에 원고 회사(본점)를 지칭할 만한 매장코드는 별도로 존재하지 않고, 위 "본사"의 주소는 K 빌딩(지하 1층)으로 되어 있다. 또한 이 사건 과세기간 동안 위 ITC 전산프로그램의 월 사용료를 원고 회사 본점이 납부하여 온 것으로 보인다. 따라서 위 ITC 전산프로그램에서의 "본사"는 원고 회사의 본점을 의미하는 것으로 보인다.

④ 나아가 아래에서 보는 것과 같이, 원고 김AA과 원고 회사 본점이나 이 사건 각 사업장에서 근무하였던 직원들도 피고 ○○세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 원고 회사 본점의 역할과 그에 따른 거래 방식과 관련하여 진술하고 있을 뿐, 개인사업장 DD과 별도로 'DD'의 '본사'가 존재함을 전제로 진술하지는 않고 있다.

2) 원고 김AA과 원고 회사 본점에 근무한 것으로 보이는 이CC 차장 및 개인사업장 DD의 의류판매직원 박DD, 법인사업장 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 피고 ○○세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 아래와 같은 취지로 진술하였다.

■ 원고 김UU의 진술

○ ㈜BBBB에서 제조한 의류는 전부 제품판매를 위해 ㈜BBBB 지점사업장 및 제가 운영하는 개인사업장 DD, WWWW에 공급되고, ㈜BBBB 지점사업장 및 DD, WWWW에서는 100% ㈜BBBB 본사에서 제조한 의류를 매입한 후 도매업자 및 일반소비자에게 판매한다. 본점에서 사입하는 것이 대부분이고 지점사업장에서 사입하는 경우도 간혹 있다.

○ ㈜BBBB에서 제조한 의류는 전부 제품판매를 위해 ㈜BBBB 지점사업장 및 제가 운영하는 개인사업장 DD, WWWW에 공급되고, ㈜BBBB 지점사업장 및 DD, WWWW에서는 100% ㈜BBBB 본사에서 제조한 의류를 매입한 후 도매업자 및 일반소비자에게 판매한다. 본점에서 사입하는 것이 대부분이고 지점사업장에서 사입하는 경우도 간혹 있다.

○ 제가 디자이너와 회의를 할 때 디자이너가 작성한 생산작업지시서를 보고받는다. 이를 승인하면, 디자이너가 원부자재업체에 발주서를 팩스로 송부한다. 디자이너가 발주서를 송부하고 지출결의서를 작성하여 저에게 갖다주면 제가 정리해서 전체 지출결의서 금액을 현금으로 디자이너실장 또는 이CC 차장에게 지급한다. 디자이너들이 원단 및 부자재업체에 방문해서 대금을 선지급하면, 원부자재업체가 당일 물건을 본사로 가져다준다.

○ 이 사건 전산자료 중 본사입고 파일은 이CC 차장이 입력, 관리하여 왔고, ITC 프로그램은 2008

년경부터 사용하여 왔다. 그 외에 법인사업장, 개인사업장별로 판매일보, 거래명세표를 작성한다. 매일 원고 회사 본점으로 제출되는데, 며칠간 보관하다가 파기한다.

○ 임가공공장에서 ㈜BBBB 본사로 물량이 이동된 후 각 지점 등에 판매되기까지의 과정에서, 2011~2013년에는 매출이 100이라면 생산원가는 65~70, 인건비 및 판매관리비 등 제경비 25 정도여서 실제 마진은 5% 정도이다.

■ 이CC의 진술

○ 임가공공장에서 본사로 입고되는 물품 수령 후 지점판매장에 출고하는 업무를 주로 담당하였다.

○ 원단과 부자재를 디자인실에서 원부자재업체에 발주하면 원부자재가 본사로 도착한다. 담당디자

이너가 발주한 대로 제대로 도착했는지 검수를 한다. 원부자재가 도착해서 검수가 되면 제가 임가공업체 사장에게 전화를 해서 원단 등을 가져가 달라고 연락한다. 제가 임가공업체에서 상품이 언제 생산되는지 수시로 체크하고 빨리 제작되도록 독려하기도 한다. 임가공 공장에서 상품이 완성되면 본사로 상품이 도착한다. 그런 다음에 상품을 ㈜BBBB 지점사업장 및 DD 등 판매장으로 운송한다.

○ ㈜BBBB 디자인실에서 처음 여성의류를 제작할 경우 임가공업체에 생산작업지시서를 작성, 제공한다. 임가공업체에서는 원부자재를 ㈜BBBB 본사에서 찾으러 오면서 생산작업지시서를 받아보고, 디자인실에서 생산작업지시서 내용을 임가공업체에게 구체적으로 설명해 준다. 이후 물건이 잘 팔리면 재차 임가공을 요청하는데, 종전에 생산작업지시서를 이미 제공하였으므로, 새로이 생산작업지시서를 작성하지는 않고 제가 노트에 기재해서 임가공공장의 생산현황을 관리한다.

○ 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 전산파일은 위 기간 동안 BBBB 본사로 입고된 의류가 BBBB 지점 및 DD, WWWW 등에 출고한 내역을 보여주는 자료이고, 그 세부내용으로 출고일자, 입고된 판매장, 개별상품별 출고수량, 입고단가 등이 기재되어 있다.

○ 전산자료에 따르면, 2013년에는 본사에 보관되어 있는 107,464개의 의류 중 DD 매장으로 42,878개, 동대문 매장으로 30,586개, QQQ 매장으로 7,437개, ZZZ 매장으로 20,325개, 대치점 매장으로 2,558개, PPP 매장으로 3,679개가 출고되었다.

■ 박DD의 진술

○ 2009. 4.부터 DD 매장에서 손님들에게 의류를 판매하는 업무(매니저)를 담당하고 있다.

○ 상품은 본사에서 본사 차량으로 물류담당자인 이CC 차장이 공급하는데, 상품과 함께 출고장을 교부받아 출고장대로 상품이 DD 판매장에 입고되었는지 수량을 확인한다. 소비자 및 도매업 자로부터 판매대금을 현금, 카드 또는 계좌로 수령하고 일일 판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 매일 결산한 판매대금을 판매 익일 사장님 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, DD에서 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다.

○ 저는 매일 판매기록을 결산한 후 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그램에 입력

한다. DD 같은 지점판매장의 경우 매일 판매기록을 지점담당자(매니저)가 ITC 전산프로그램에 입력한다. 저는 재고기록은 열람만 할 수 있고, 지점판매장의 매일 판매기록은 제가 입력권한이 있어 입력했다. 식대, 운송료, 수선비 등 매장 운영에 소요되는 비용은 하루에 10만 원이 약간 넘는 정도인데, 이것도 전산에 입력한다.

■ 김EE의 진술

○ 2010년부터 2014. 8.까지 ㈜BBBB 동대문지점 매니저로 근무하였다.

○ 상품은 본사에서 본사 차량으로 물류담당자인 이CC 차장이 가지고 온다. 이CC 차장이 물건

을 가지고 오면서 출고장도 함께 가지고 온다. 김UU은 출고장을 받아 상품이 제대로 입고되었는지 수량을 체크한다. 저는 대부분 도매업자로부터 현금 또는 계좌로 판매대금을 수령하고 일일판매대금을 ITC 전산프로그램 및 판매일보에 기재한다. 김UU은 매일 결산한 판매대금을 모아서 판매 익일 사장님 또는 이CC 차장에게 지급한다. 매일 판매대금을 정산해서 줄 때 판매매출일보 및 거래명세표, 지출한 식대, 운송비 등에 대한 영수증도 함께 준다.

○ 저는 매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보를 작성하고, 동일한 내용을 ITC 전산프로그램에

입력하였고, 재고현황 역시 위 ITC 전산프로그램에 모두 입력하였다.

○ 판매일보에 일일매출액을 집계하여 작성한 후 이를 ITC 전산프로그램에 입력하였다. 두 개는 동

일한 내용이다.

원고 김AA 등의 위 각 진술에서 "본사"는 "DD" 또는 "DD 판매장"과 명백히 구별되는 개념으로 사용되고 있고, 위 각 진술의 취지에 따르면 이는 원고 회사 본점을 가리키는 것으로 볼 수밖에 없다. 한편 위 각 진술에 따르면, 원고 회사 본점 디자인실에서 원부자재업체에 발주를 한 후 원고 김AA으로부터 지출을 승인받아 대금을 지급하고 원부자재를 공급받아 이를 검수하였으며, 그 후 임가공업체가 원고 회사 본점으로 원부자재를 가지러 올 때 원고 회사 본점 디자인실에서 의류에 대한 생산작업지시서를 교부하면서 구체적인 작업지시를 하였고, 임가공업체가 의류제작을 완료하여 원고 회사 본점으로 납품하면 원고 회사 본점 차량으로 각 법인사업장과 개인사업장에 이를 공급한 것으로 보인다. 또한 이 사건 각 사업장에서는 원고 회사 본점으로부터 의류를 공급받을 때 출고장을 교부받아 공급수량 및 상태 등을 검수한 것으로 보이고, 이 사건 각 사업장별로 판매일보를 작성하여 매출관리를 한 것으로 보인다. 그렇다면 원고 회사의 본점은 임가공업체로부터 완성된 의류를 공급받아 이를 이 사건 각 사업장으로 공급하는데 있어 핵심적인 역할을 했던 것으로 보이고, 단지 K 빌딩에 소재한 물류창고에서 완성된 의류를 보관하다가 이 사건 각 사업장으로 의류를 배송하는 역할에 그친 것이 아니다.

3) ITC 전산프로그램에 저장되어 있던 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고파일에는 출고매장 란에 "본사"라고 기재되어 있고, 출고구분 란에 '본사출고'라고 기재되어 있으며, 일자별로 이 사건 각 사업장에 출고된 상품내역이 상세하게 기재되어 있다. 원고들은 ITC 전산프로그램을 DD이 '본사'로서 운영하였다고 주장하나, DD 사업장의 매니저였던 박DD은 ITC 전산프로그램 중 DD 판매장과 관련된 내용만을 입력할 수 있을 뿐이었다.

4) 원고 회사(본점)가 2011년 제1기~2013년 제2기 귀속 부가가치세 예정신고를 하면서 제출한 매입, 매출세금계산서 합계표를 살펴보면, 원고 회사는 위 과세기간 동안 원부자재업체들로부터 원단과 부자재를, 임가공업체들로부터 완성된 의류를 각 공급(매입)받았고, 이 사건 각 사업장에 상당한 액수의 의류 등 재화를 공급(매출)하였던 것으로 보인다. 또한 법인사업장 중 동대문점은 2012년 1기 부가가치세 예정신고를 하면서 공급가액 00,000,000원, 세액 0,000,000원으로 하여 원고 회사 본점과의 매입거래를 신고하였다. 따라서 원고 회사 본점과 이 사건 각 사업장 사이에 의류공급거래가 존재하지 않았다는 원고들의 주장은 납득하기 어렵다.

5) 또한 원고들은 이 사건 각 사업장이 직접 임가공업체와 거래를 한 것이라고 하면서도, 이 사건 각 사업장이 임가공업체로부터 세금계산서를 발급받아 이를 신고한 내역 등 이를 증명할 만한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 한편 원고들이 제출하고 있는 각 금융거래내역 등에는 원고 김AA은 물론 각 직원들의 개인계좌 등에서 입출금된 임금, 퇴직금 등의 내역이 혼재되어 있어 임가공업체와 이 사건 각 사업장 사이의 직접 거래가 있었음을 인정하기에 부족하다.

다. B거래 관련 매출누락액 산정의 적법 여부(이 사건 ②, ③, ④주장에 관한 판단)

1) 매출누락액 산정에 있어서 중복 출고된 상품이 있는지(이 사건 ②주장 관련)

갑 제11, 18, 50호증, 을 제10, 17, 22, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 볼 때, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품이 포함되어 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고들의 이 사건 ②주장은 이유 없다.

가) 피고들이 B거래 관련 매출누락액 산정의 증거자료로 활용한 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 각 사업연도별 본사출고 파일에는 이월상품 또는 재출고상품이 있음을 알 수 있는 기재가 전혀 없다.

나) 개인사업장 중 DD의 의류판매직원인 박DD은 세무조사 당시 '일부 손님에게 판매되지 않은 물건은 DD 사업장 뒤 창고에 보관하고 있으며, 가급적 재고상품은 할인을 많이 해서라도 판매하려고 한다.'라고 진술하였고, 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 세무조사 당시 '매일 입고되는 물량을 ITC 전산프로그램에 입력하고 있고, 재고현황도 ITC 전산프로그램을 통해 입력, 관리하고 있다.'라고 진술하였다. 이에 의하면 이 사건 각 사업장별로 재고상품을 각자의 창고에 보관하면서 전산으로 관리하고 있었던 것으로 보이는바, 이 사건 각 사업장의 재고상품을 모두 본점으로 입고한 후 다시 출고하였다는 원고들의 주장은 선뜻 믿기 어렵다.

다) 나아가 원고들은 이 법원에 이르러 이 사건 전산자료 중 2011년부터 2013년까지의 본사출고 파일에는 원고들이 보유하고 있는 자료와는 달리 '입고 구분'이 되어 있지 않은데, 실제로 출고되는 상품들은 '입고 구분'에 따라 '매장 입고'와 '거래처 입고'로 구별할 수 있으며, '매장 입고'의 경우 이 사건 각 사업장에서 판매되지 않은 이월상품과 재출고상품 등 중복 출고된 상품을 의미한다고 주장한다. 그러나 이는 이월상품이나 재출고상품 등은 각 사업장 창고에서 보관하고 가급적 할인을 하여서라도 이를 소진하려 하였다고 하고 있고, 전산상으로 각 사업장 재고현황을 별도로 입력, 관리하였다는 위 김UU, 박DD의 진술과 배치될 뿐만 아니라, 위와 같은 주장이 사실이라고 하더라도 정확히 이 사건 전산자료 중 본사출고 파일 중에 어떠한 상품이 중복 출고된 상품에 해당하는지를 증명할만한 객관적인 자료가 제출되지 아니하여 중복 출고된 상품과 아닌 상품을 정확히 구별하는 것도 불가능하다.

2) 부분추계의 위법 등이 있는지 여부(이 사건 ③주장 관련)

가) 관련 법리

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방식이 아니다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 참조). 법인세나 부가가치세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서는 장부 기타 증명서류를 기초로 하여 실지조사의 방법에 의하는 것이 원칙이고, 추계조사의 방법은 납세자가 제출한 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 그 밖에 다른 방법으로도 실지조사를 위한 과세자료를 얻을 수 없는 경우에 예외적으로 허용된다고 할 것이다. 한편, 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증명서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로, 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 추계과세를 할 수 있고, 설령 납세자가 비치, 기장한 장부나 증명서류 중 일부에 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 참조).

나) 부분 추계인지 여부

앞서 본 처분의 경위에 갑 제32호증, 을 제16, 20호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고들이 세무조사 당시 확보한 이 사건 전산자료에는 원고 회사의 매출액 및 입ㆍ출고 현황, 이 사건 각 사업장의 판매내역 등이 구체적으로 기재되어 있는 사실, 피고들은 이 사건 전산자료 중 사업연도별 본사출고 파일에 기재된 상품 중 원가계산서가 존재하는 상품(전체 상품코드 중 89%)의 경우 원가계산서(을 제16호증)에 기재된 '단가[공장도가 O= ① 원부자재 비용 + ② 임가공 비용 + ③ 기타 가공비용 + ④ 개발비(①+②+③ 금액의 10%) M]'를 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정하였고, 나머지 원가계산서가 존재하지 않는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우 나머지 상품의 개당 생산비용이 평균적으로 본사출고 파일에 기재된 입고단가의 55%에 해당하는 금액인 점에 착안하여 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정한 사실, 원가계산서가 존재하는 상품의 경우 개당 생산비용의 입고단가 대비 비율로 최소 값은 30%인 사실을 인정할 수 있다. 이 사건 전산자료와 원가계산서는 업무과정에서 계속적, 반복적으로 작성되어 온 것으로 그 정확성 및 신뢰성이 담보된다고 할 것이므로 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 장부나 증명서류 등에 해당한다. 한편 피고가 일부 상품은 원가계산서를 기초로 하여, 원가계산서가 없는 일부 상품은 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 기초로 하여 각 매출액을 산정하였다. 그렇다면 피고는 실지조사에 의한 기초 자료를 토대로 하여 매출액을 추인한 것이라 할 것인바, 이는 모두 실지조사 방식에 따른 매출액의 산정에 해당한다. 따라서 위 매출액 산정 중 원가계산서를 기초로 매출액을 산정한 것은 실지조사에, 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 기초로 매출액을 산정한 것은 추계조사에 해당함을 전제로 하여 그와 같은 매출액 산정이 실지조사와 추계조사를 혼합하여 위법하다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다[또한 일반적인 부분추계의 경우 매출액 실지조사로 산정한 매출액과 추계조사로 산정한 매출액이 서로 중복 가산될 위험이 있어 위법하다 할 것이나, 이 사건의 경우 매출액이 중복될 위험이 없다. 나아가 전체 상품코드 중 11%에 해당하는 상품의 원가계산서가 누락되었다는 사정만으로 곧바로 장부나 증명서류 등의 중요부분이 미비되거나 허위로 기재되어 있는 관계로 신뢰성이 없어 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증명서류가 없는 경우에 해당하여 추계조사를 할 수 있는 경우에 해당한다고 단정할 수도 없다].

다) 매출액 산정이 적법한 것인지 여부

피고들은, 원가계산서가 없는 상품(전체 상품코드 중 11%)의 경우 해당 입고단가의 50%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 매출액을 산정한 것은 합리적인 계산 방법이고, 그렇지 않다고 하더라도 원가계산서상 드러난 "생산비용÷입고단가×100"의 최소 값인 30%에 해당하는 금액을 개당 생산비용으로 보아 산정된 매출액을 토대로 산출되는 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있을 것이므로, 위 산출세액을 초과하는 과세처분만을 취소하여야 할 것이라는 취지로 주장하고 있다. 먼저, 생산원가를 입고단가의 50% 금액으로 보아 매출액을 산정한 것이 타당한지에 관하여 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 입고단가는 원고 김AA이 이 사건 각 사업장에서 판매할 때의 예상 판매가를 정한 것인데, 이를 정하기 위한 일관되고 합리적인 기준은 없어 보이는 점, ② 상품별로 그 생산원가가 입고단가의 50% 미만인 경우도 있고, 그 반대인 경우도 있다는 것이고, 상품별 특성에 따라 그 생산원가와 입고단가의 상관관계가 다양하게 나타날 수도 있는 점, ③ 원가계산서가 존재하지 않아 실제 생산원가를 알 수 없는 상품들의 실제 생산원가가 모두 해당 입고단가의 50% 미만일 가능성도 배제하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들의 위 매출액 산정이 실제 생산원가에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가, 피고들은 입고단가의 30%를 개당생산비용(생산원가)로 보고, 이를 기준으로 산출한 매출액을 기초로 산정한 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있다고 하나, 피고들의 주장에 의하더라도 원가계산서가 존재하는 상품에 한하여 입고단가 대비 생산원가의 최저비율이 30%에 해당한다는 것일 뿐이어서, 원가계산서가 존재하지 않는 상품의 경우에는 그 비율이 30% 미만일 가능성을 배제할 수 없다. 따라서 입고단가 대비 30%의 금액을 이 부분 상품의 생산원가로 삼아 매출액을 산정한다고 하여 그것이 정당세액의 범위 내에 있다고 단정할 수도 없다. 원고 회사의 B거래 관련 매출액 산정은 피고들이 주장하는 어느 방법으로 산출하든 위법을 면할 수 없다.

라) 소결론

원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분(제4부과처분 중 일부)과 원고 회사 본점에 대한 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분(제5부과처분)은 그 매출액 산정에 잘못이 있어 위법하다.

3) 부당행위계산 부인과 관련한 시가 산정의 위법 여부(이 사건 ④주장 관련)

법인세법 제52조 제1항은, 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 '부당행위계산'이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은, 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 '시가'라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은, 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호는, 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 의한다고 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 제62조 제2항은, 상품, 제품, 서화, 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다고 규정하고 있으며, 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 제2항 제1호는, 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가를 함에 있어, 상품ㆍ제품ㆍ반제품ㆍ재공품ㆍ원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액에 의하고, 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, B-1거래와 관련하여 원고 회사의 대표자로서 원고 회사와 특수관계에 있는 원고 김AA이 운영하는 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 의류를 생산원가에 공급받음으로써 원고 회사의 소득을 부당하게 감소시킨 행위를 부인하고 원고 회사가 위 거래로 얻은 정당한 소득금액을 계산함에 있어, 먼저 개인사업장이 원고 회사 본점으로부터 공급받은 의류의 시가를 기준으로 계산하여야 하고, 그 시가가 불분명한 경우에는 위 의류를 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 계산하여야 하며, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 계산하여야 함을 알 수 있다. 피고들은 법인세법 제52조에 따라 원고 회사 본점이 개인사업장에 의류를 생산원가로 공급한 B-1거래를 부인한 다음, 위 의류의 시가가 불분명하다고 보아 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 기준으로 원고 회사의 정당한 소득금액을 산정하기로 하고, 이 사건 전산자료와 원가계산서 등에서 확인되는 개당생산비용과 원가계산서가 없는 경우 입고단가를 기준으로 산정한 개당생산비용을 생산원가로 본 후 이에 의류제조업 업종 평균 부가가치율(2011년 33.1%, 2012년 35.27%, 2013년 35.49%)을 적용하여 산출한 값을 위 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 보아 원고 회사에 대하여 법인세 부과처분(제4부과처분 중 일부)을 하였다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 전산자료 중 본사출고자료의 입고단가를 기준으로 한 개당생산비용과 그에 따른 매출액 산정이 위법한 이상, 피고들이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고 회사의 정당한 소득금액을 산정함에 있어 위와 같이 산정방법에 잘못이 있는 개당 생산비용(매출원가)을 기준으로 업종평균 부가가치율을 적용하여 의류를 처분할 때 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 산정한 것은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

4) 소결론

원고 회사에 대한 법인세 부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분[제4부과처분 중 일부(가산세 포함)]과 부가가치세 부과처분 중 B거래에 관련된 부분[제5부과처분(가산세 포함)]은 모두 취소되어야 한다. 그런데 피고들은 원고 회사에 대하여 부과한 법인세인 제4부과처분 중 B-1거래에 관련된 부분을 제외한 나머지 C-2거래에 관련된 부분의 세액을 산출하지 못하고 있으므로, 원고 회사에 대한 법인세 부과처분[제4부과처분(가산세 포함)]은 그 전체가 취소될 수밖에 없다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 참조).

라. C거래 관련 매출누락액 산정의 적법 여부(이 사건 ⑤주장에 관한 판단)

피고들이 C거래와 관련하여 이 사건 전산자료상 확인되는 이 사건 각 사업장의 매출액과 신고 매출액을 비교하여 매출누락액을 산출해 낸 다음 원고 김AA에게 종합소득세 및 부가가치세를, 원고 회사에 법인세를 각 부과한 사실은 앞서 본 바와 같다. 갑 제18호증, 을 제12, 22, 23, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 사정, 즉 ① 이 사건 전산자료 중 이 사건 각 사업장의 판매내역에는 신용카드매출과 현금매출이 구분되어 있는데, 신용카드매출내역은 국세청 자료와도 그 내용이 일치하고 있는 점, ② 개인사업장 중 DD의 의류판매직원인 박DD과 법인사업장 중 동대문점의 의류판매직원인 김UU은 세무조사 당시 '매일 판매기록을 결산한 후 일일 매출일보에 기재하고, 같은 내용을 ITC 전산프로그램에 입력한다.'라고 진술한 점 등에 비추어, 그 정확성과 신뢰성이 담보되는 장부 또는 증빙서류에 해당하는 과세자료인 이 사건 전산자료에 근거하여 이루어진 원고들의 C거래 관련 매출누락액 산정에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 사건 ⑤주장은 이유 없다.

바. 이 사건 부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세 부분의 위법 여부

1) 제4, 5부과처분에 포함된 가산세 부분

제4, 5부과처분(가산세 포함)은 모두 위법하여 취소되어야 함은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 제4, 5부과처분 중 부당무신고 및 부당과소신고가산세에 대한 원고들의 이 부분 주장에 관하여는 별도로 판단하지 아니한다.

2) 제1 내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 가산세 부분

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 '부정행위'라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급・ 공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은, 법 제26조의2 제1항 제1호에서 '대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위'란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항은, 사기나 그 밖의 부정한 행위란 '이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득・ 수익・ 행위・ 거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작(제5호), 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)'로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제1호는, '부정행위'로 소득세, 법인세, 상속세・ 증여세, 증권거래세 및 종합부동산세의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우에는 가산세를 부과한다고 규정하고 있다. 갑 제31호증, 을 제11, 15, 25, 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면

인정되는 아래의 사실에 의하면, 원고들은 C거래와 관련하여 부정행위로 원고 김AA의 종합소득세와 이 사건 각 사업장의 부가가치세의 각 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고하였다고 할 것이므로, 이에 대하여 피고들이 부당무신고 및 부당과소신고가산세를 부과한 것은 적법하다. 따라서 C거래와 관련한 제1 내지 3, 6 내지 9부과처분에 포함된 부당무신고 및 부당과소신고가산세가 위법하다는 원고들의 이 사건 ⑥주장은 이유 없다.

① 원고 김AA은 세무조사 당시 '이 사건 각 사업장에서 작성한 판매일보, 거래명세표를 며칠간만 보관하다가 모두 파기하였다.'라고 진술하였다.

② 원고들이 이 사건 전산자료와 별도로 이중장부(을 제15호증)를 작성하고 여기에 위 전산자료상의 실제 매출액보다 과소한 금액을 기재하여 이를 근거로 과세신고를 하였다. 원고 김AA이 물류관리프로그램 운용업체인 ITC에 2015. 5. 26. 및 2015. 6. 3. 두 차례에 걸쳐 연락을 하여 ITC 전산프로그램 서버에 저장된 원고 회사의 판매데이터, 입출고 데이터, 재고현황 등 전산자료 일체의 삭제를 요청하였고, 이에 ITC가 위 전산자료를 삭제하기도 하였다.

③ 원고 김AA이 C거래와 관련하여 이 사건 과세기간 중 매출액을 과소신고하여 원고 김AA의 종합소득세, 이 사건 각 사업장의 부가가치세 및 원고 회사의 법인세를 포탈하였다는 내용의 조세범처벌법 위반의 점, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(조세)의 점으로 기소되었고, 제1심(서울동부지방법원 2016고합000) 및 그 항소심(서울고등법원 2017노000)에서 유죄판결을 선고받았다(현재 대법원 2017도000호로 상고심 계속 중이다).

3. 결론

원고 김AA의 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 하고, 원고 회사의 피고 ○○세무서장에 대한 청구는 이유 있어 인용하여야 하며, 원고 회사의 피고 ○○세무서장, ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들과 피고 ○○세무서장의 항소를 모두 기각한다.