1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 12. 30. 설립되어 레이저 응용장비의 개발 및 제조업 등을 영위해온 회사이다.

나. 중부지방국세청장은 2013. 3. 25.부터 2013. 5. 23.까지 원고에 대하여 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 특수관계법인인 주식회사 레비아텍(부산) 외 7개 법인 주식회사 레비아텍(청주), 이오테크닉스 소주(중국), 이오테크닉스 천진(중국), 이오테크닉스 미국, 이오테크닉스 대만, 이오테크닉스 싱가폴, Powerlase Photonics Ltd(영국) (이하 ‘이 사건 특수관계인’이라 한다)에게 2008년부터 2012년까지 PCB driller 등 제조용 기계(이하 ‘이 사건 장비’라 한다)를 판매하면서 발생한 매출채권(이하‘ 이 사건 매출채권’이라 한다)의 회수를 지연한 것이 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 보아 그 지연회수 기간에 대한 인정이자 합계 3,910,172,818원(2008 사업연도 465,768,686원, 2009 사업연도 913,507,798원, 2010 사업연도 686,704,602원, 2011 사업연도 863,206,187원, 2012 사업연도 980,985,544원)을 각 회계연도에 익금산입하고, 위 매출채권 상당액이 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하는 것으로 보아 그 지급이자 상당액 3,290,730,723원(2008 사업연도 529,354,383원, 2009 사업연도 582,672,059원, 2010 사업연도 510,385,048원, 2011 사업연도 691,251,390원, 2012 사업연도 977,067,843)을 각 회계연도에 손금불산입하도록 하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2013. 6. 3. 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세 608,899,700원(가산세 포함, 이하 같다), 2009 사업연도 법인세 876,596,060원, 2010 사업연도 법인세 751,984,980원, 2011 사업연도 법인세 39,403,170원, 2012 사업연도 법인세 887,603,560원으로 경정하여 고지하였다. 라.

원고는 위 법인세 부과처분 중 이...