조심2018서2259 (2018.07.18)

'비상장 중소기업의 대주주'가 양도한 주식에 대해서도 양도소득세율 20%가 적용됨

주권 비상장주식의 경우에도 구 소득세법 제156조 제4항의 요건을 충족하면 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 정한 '대주주'로서, 같은 호 다.목에 따라 양도소득세율 20%의 적용을 받는다고 봄이 타당함

구 소득세법 제104조(양도소득세의 세율)

구 소득세법 시행령 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위)

2018구단72997 양도소득세경정거부처분취소

주○○

aa세무서장

2019. 4. 24.

2019. 5. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2018. 1. 17. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 338,370,500원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 주권 비상장 중소기업인 주식회사 bbbb(이하 '이 사건 회사'라 한다)의 주주로서, 2016. 8. 5. 그 보유주식 70,800주(총발행 주식 132,000주 중 53.70%, 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 cc생명과학 주식회사에 37억 5,900만 원에 양도하였다.

나. 원고는 2016. 10. 31. 이 사건 주식의 양도가 '대주주가 양도하는 중소기업 주식'에 해당함을 전제로, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다.목에서 정한 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 676,741,000원을 신고하고 이를 분할하여 모두 납부하였다.

다. 원고는 2017. 12. 27. '구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 나.목에 따른 10%세율의 적용이 배제되는 '대주주'는 '주권상장법인'의 대주주를 의미하는 것인데, 이 사건 주식은 비상장 중소기업 주식으로 원고는 주권상장법인의 대주주가 아니므로 이 사건 주식의 양도에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 정한 10%의 세율이 적용되어야 한다'고 주장하면서, 이미 납부한 2016년 귀속 양도소득세 중 338,370,500원의 감액을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2018. 1. 22. '비상장 중소기업의 대주주'가 양도한 주식에 대해서도 구소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목의 적용이 배제되어 같은 호 다.목에서 정한 20%의 세율이 적용된다'는 이유로 원고에 대하여 양도소득세 경정거부처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 7. 18. 기각결정을 받았다.

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목은 '대주주'가 아닌 자가 양도하는 중소기업의 주식에 대해서는 10%의 양도소득세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 위 '대주주'의 범위에 대하여 같은 법 제94조 제1항 제3호 가.목은 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 '주권상장법인'이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주"라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언을 그대로 해석하면 '대주주'는 ① 주권상장법인의 주식일 것과 ② 대통령령이 정하는 대주주일 것이라는 두 가지 요건을 모두 충족하여야 하므로, '대주주'는 주권상장법인의 주식을 보유한 주주 중에서 대통령령이 정하는 기준 이상의 주식을 보유한 주주를 의미하는 것으로 보아야 한다. 따라서 주권 비상장주식의 경우는 '대주주'에 해당하지 않으므로, 주권 비상장주식인 이 사건 주식을 양도한 원고에게는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 내린 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

아래와 같은 관련 법령의 문언 및 체계, 입법 취지와 개정 연혁 등에 비추어 보면, 주권 비상장주식의 경우에도 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 특별히 표시하는 경우 외에는 같다) 제157조 제4항의 요건을 충족하면 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 정한 '대주주'로서, 같은 호 다.목에 따라 양도소득세율 20%의 적용을 받는다고 봄이 타당하다.

1) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 주권상장법인의 주식등으로서 일정기준을 충족하는 대통령령으로 정하는 '대주주'가 양도하는 것과 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것의 양도로 발생하는 소득을 양도소득 과세대상으로 규정하고 있다.

2) 종래 소득세법은, ① 비상장주식 양도의 경우 원칙적으로 과세대상에 포함하고 있었던 반면, ② 상장주식 양도의 경우에는 주식시장의 활성화를 촉진하기 위하여 양도차익이 발생하더라도 이를 소득세법상의 과세소득으로 취급하지 아니하다가, 자본이득에 대한 과세형평 등을 고려하여 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법 제94조 제3호에서 처음으로 '한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득'을 양도소득으로 규정한 이래, 현재까지 주주 및 그와 특수관계에 있는 자가 일정규모 이상의 주식을 소유하거나 소유주식의 시가총액이 일정규모 이상인 경우의 양도를 대상으로 그 양도차익에 대해 과세하는 방식을 취하고 있다.

즉, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을 대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여, 일정규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 '과세범위'에 관한 규정이다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32, 2005헌바63ㆍ02ㆍ04ㆍ05(병합) 결정 등 참조], 위와 같은 입법 취지를 고려하여 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은, 일정한 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 모두 양도소득세 과세대상이 되는 비상장주식의 양도와 달리, 상장주식 양도의 경우에는 ① '소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것'과 ② '증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것'에 한하여 그 양도차익이 과세대상이 된다는 의미로 해석될 뿐이고, 이를 넘어 주권상장법인의 경우에만 대주주의 개념을 인정하기 위한 규정이라고는 해석되지 않는다. 따라서 주권상장법인인지 여부를 불문하고 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등 대주주의 요건에 관하여 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 기준을 충족하면 '대주주'에 해당한다고 보아야 하고, 구 소득세법 제94조와 같은 장에 규정1)된 제104조 제1항 제11호 나.목의 '대주주'도 동일한 의미로 새김이 타당하다.

3) 또한 ① 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 '대주주'에 해당하기 위한 요건을 '코스닥상장법인의 주식', '코넥스상장법인의 주식', '벤처기업의 주식' 및 '기타 법인의 주식' 별로 달리 정하고 있고, ② 같은 조 제6항은 같은 조 제4항 제2호에 의해 대주주에 해당하기 위한 시가총액의 산정기준을 주권상장법인의 주식인 경우와 그 외의 경우로 나누어 규정하고 있는바, 이는 비상장법인의 주식의 경우에도 '대주주'의 개념이 적용됨을 전제로 한 것으로 볼 수밖에 없다.

4) 한편 원고는, "그 이전에는 소득세법령상 주권의 비상장주식에는 '대주주'라는 개념 자체가 존재하지 않다가 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 가.목이 종전과 달리 '대주주'의 개념에 관하여 별도로 정의하는 규정을 두고, 이에 따라 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의8 제1항에서 대주주를 '주권상장법인의 대주주'와 '주권 비상장법인의 대주주'로 구분하여 규정하게 된 것은, 위와 같은 법령의 개정을 통해 비로소 '대주주'의 범위에 비상장법인의 주주까지 포함한 것"이라고 주장한다.

그러나 ① 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항, 제5항에서는 '유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(주권상장법인)의 주식'과 '한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식'의 양도를 구분하여 규정하면서, 주권상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령에 의하더라도 주권상장법인의 대주주의 개념을 주권 비상장법인의 대주주에도 동일하게 적용하여야 하는 것으로 해석(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조)하였다는 점, ② 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 것)에서 구 소득세법 시행령에 이르기까지 '대주주'에 해당하기 위한 요건을

'코스닥시장상장법인의 주식', '코넥스시장상장법인의 주식', '벤처기업의 주식' 및 '기타 법인의 주식'을 구분하여 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 주권 비상장법인의 주식의 경우에도 '대주주'가 존재함을 전제로 한 규정이라고 보아야 하는 점, ③ 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법의 개정법률안 의안이나 개정이유에서 '비상장주식에 대해서도 대주주 기준을 새로이 도입한다'는 취지의 내용은 전혀 찾아볼 수 없는 점, ④ 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의8 제1항의 개정이유에서는 '비상장주식 양도 시 중소기업 소액주주 우대세율이 적용되지 아니하는 대주주의 지분율 기준을 100분의 1에서 100분의 4로 상향 조정하고, 시가총액 기준은 상장주식 대주주와 동일하게 현행 25억 원에서 2018년 4월 1일 이후부터는 15억 원으로, 2020년 4월 1일 이후부터는 10억 원으로 각각 하향 조정하기 위한 것'이라고 명시하고 있는 점 등의 사정들에 비추어 보면 위 각 개정 규정이 원고가 주장하는 바와 같은 의미를 가진다고 볼 수는 없고, 오히려 대주주의 기준에 관하여 상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 일괄하여 규정하고 있던 구 소득세법령이 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 일부 달리하는 내용으로 개정된 것이 라고 봄이 타당하다.

5) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 "대통령령으로 정하는 대주주" 바로 뒤에 "(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)"라는 규정을 덧붙임으로써 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하였고 구 소득세법 제94조 및 제104조는 모두 제3장에 속하는 규정이다.