원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 화물자동차운송업을 영위하는 회사이다.

원고는 2011. 2. 21. 법인세법상 원고의 특수관계자인 B 주식회사(변경 전 상호 : C 주식회사, 이하 상호 변경 전후를 불문하고 ‘B’라 한다. 원고의 사내이사 D이 B의 대표이사로, 2011. 2. 21. 당시 B의 발행총주식 중 69%의 지분을 소유하고 있었다)의 유상증자에 참여하여 액면가액 10,000원의 주식 20,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 200,000,000원에 취득하였다.

나. 원고는 2013. 4. 19. 및 2014. 2. 27. 2011 사업연도 법인세 수정신고를 거쳐 이 사건 주식의 저가 취득에 따른 자본거래수증이익 7,197,540,000원을 익금에 산입하여 법인세 2,023,660,750원을 신고납부하였다.

다. 원고는 2014. 6. 3. 피고에게 이 사건 주식 취득으로 인한 자본거래수증이익이 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제12589호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제9호에 따라 익금에 산입해야 할 수익에 해당하지 아니한다고 주장하면서 나항과 같이 수정신고납부한 법인세 2,023,660,750원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 7. 22. 원고에 대하여 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나 위 청구는 2014. 12. 19. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6, 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 1 피고는 원고가 이 사건 주식을 취득한 것이 구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호 나목 또는 제8호의2에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

그런데 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목은 기존...