의사 갑이 을 의료법인을 설립하고 개인병원 운영과 관련하여 보유하던 부동산 등 자산과 부채를 을 법인에 포괄적으로 양도한 후 위 부동산에 대해 구 조세특례제한법 제32조 에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였으나 과세관청이 갑에게 양도소득세를 부과한 사안에서, 재단법인 설립을 위한 ‘출연’은 위 법조항이 정한 ‘출자’와 다르다는 이유로 위 부동산의 양도는 이월과세의 적용을 받을 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례

의사 갑이 재산을 출연하여 을 의료법인을 설립하고 갑의 개인병원 운영과 관련하여 보유하던 부동산 등 자산과 부채를 을 법인에 포괄적으로 양도한 후 위 부동산에 대해 구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제32조 에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였으나 과세관청이 갑에게 양도소득세를 부과한 사안에서, 구 조특법 제32조 , 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것) 제29조 에서 말하는 ‘출자’는 법인에 대하여 그 구성원이 자본적 가치가 있는 지출을 하고 그에 따라 법인의 이익을 분배받을 권리 등을 가지는 경우로서, 재단법인의 설립자가 재산상 손실로 재단법인의 재산을 구성하되 그로부터 어떠한 이득을 취하지 않는 ‘출연’과는 본질적으로 다른 개념이라는 전제에서 위 부동산의 양도는 구 조특법 제32조 에 의한 이월과세의 적용을 받을 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례.

구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것) 제32조 제1항 , 제2항 , 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것) 제29조 제2항 , 제4항 (현행 제29조 제5항 참조)

원고 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)

안산세무서장

서울고법 2012. 5. 2. 선고 2011누21302 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제32조 제1항 은 ‘거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 따라 2009. 12. 31.까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제2항 은 ‘ 제1항 의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다’고 규정하고 있으며, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제29조 제2항 은 구 조특법 제32조 제1항 에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 사업양수도 방법’에 관하여 ‘당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항 의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인 설립일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다’고 규정하고, 같은 조 제4항 은 구 조특법 제32조 제2항 에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 금액’에 관하여 ‘사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있다.

2. 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 조특법 제32조 , 구 조특법 시행령 제29조 에서 말하는 ‘출자’는 법인에 대하여 그 구성원이 자본적 가치가 있는 지출을 하는 것으로서 그에 따라 법인의 이익을 분배받을 권리 등을 가지는 경우를 뜻하므로, 재단법인의 설립자가 재산상 손실로 재단법인의 재산을 구성하되 그로부터 어떠한 이득을 취하지 않는 ‘출연’과는 본질적으로 다른 개념이라고 전제한 후, 원고가 재산을 출연하여 재단법인에 관한 규정이 준용되는 이 사건 의료법인을 설립하고 개인 사업체인 ○○○○병원의 운영과 관련하여 보유하던 이 사건 부동산 등 자산과 부채를 이 사건 의료법인에게 포괄적으로 양도하였다고 하더라도 이 사건 부동산의 양도는 구 조특법 제32조 에 의한 이월과세의 적용을 받을 수 없다고 판단하고, 나아가 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다거나 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 원고의 주장에 대하여는, 안산세무서의 세무공무원이 자신의 담당업무가 아님에도 원고 측에게 이 사건 부동산의 양도가 이월과세의 적용을 받을 수 있다는 답변을 한 것은 피고의 공적 견해표명으로 볼 수 없고, 구 조특법 제32조 의 해석·적용에 관한 원고의 오인은 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하지 않는다는 등의 이유로 이를 모두 배척하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 이월과세, 신뢰보호의 원칙, 가산세 면제사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.