1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1989. 10. 30. 소외 B로부터 서울 강남구 C 대 285.3㎡(이하, ‘이 사건 제1 대지’라 한다) 및 그 지상 건물 109.02㎡(이하, ‘이 사건 제1 구 건물’이라 하고, 이를 이 사건 제1 대지와 합쳐 ‘이 사건 제1 부동산’이라 한다)를, 같은 날 소외 D과 공동(각 1/2 지분)으로 소외 E로부터 서울 강남구 F 대 282.3㎡(이하, ‘이 사건 제2 대지’라 한다) 및 그 지상 건물 108.8㎡(이하, ‘이 사건 제2 구 건물’이라 하고, 이를 이 사건 제2 대지와 합쳐 ‘이 사건 제2 부동산’이라 한다)을 취득하였다.

나. 원고와 소외 D은 그 후 이 사건 제1, 2 구 건물을 각 철거하고, 공동으로 건축허가를 받아 1991. 8. 16. 이 사건 제1, 2 대지 지상에 지하 1층, 지상 6층 건물 2,005.5㎡(이하, ‘이 사건 건물’이라 하고, 이를 이 사건 제1, 2 대지와 합쳐서 이 사건 부동산이라 한다)를 신축하여 보유(원고 9/10 지분, D 1/10 지분)하다가 2006. 4. 28. 소외 주식회사 제이에스애드컴에게 4,500,000,000원에 양도하였다.

다. 원고는 그 후 2006. 6. 30. 이 사건 부동산의 양도에 관한 실지 거래가액에 의한 양도가액을 4,500,000,000원, 취득가액 및 기타 필요경비를 4,100,000,000원{이 사건 제1, 2 부동산 취득가액 합계 1,590,000,000원(이 사건 제1 부동산 815,000,000원, 이 사건 제2 부동산 775,000,000원), 이 사건 건물 신축비용 1,600,000,000원, 이 사건 건물 리모델링 공사비용 900,000,000원, 기타 필요경비 10,000,000원}으로 하고 1세대 1주택 비과세 부분을 양도가액에서 제외하여 안분계산 한 결과 양도차익이 부(-)가 되어 납부할 양도소득세가 없다는 취지의 양도소득세 예정신고를 하였다. 라.

피고는 그 후 서울지방국세청장의 세무조사결과 통지에 따라 이 사건 부동산의 양도가액은 4,500,000...