1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2006. 10. 24. 전자상거래 등을 영위할 목적으로 설립되어 자본금 5억 5,000만 원, 총 발행주식 1,100,000주 규모의 비상장 회사이다.

나. 원고는 2010. 4. 2. 주식회사 케이제이지엘에스(이하 ‘케이제이지엘에스’라고 한다)로부터, 비상장 회사인 주식회사 아이앤에스(이하 ‘아이앤에스’라고 한다)가 발행한 총 발행주식 250,000주(액면금 1주당 10,000원) 중 50,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 12,000원, 대금 6억 원에 취득하였다.

다. 이후 원고는 2011. 10. 27. A에게 이 사건 주식을 1주당 10,000원, 대금 5억 원(이하 ‘이 사건 양도가액’이라 한다)에 양도하는 주식양도계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)에 체결하면서, 그 대금은 A이 2011. 4. 27.자로 원고의 은행계좌에 입금한 5억 원으로 갈음하기로 하였다. 라.

피고는 원고가 이 사건 계약에 따라 이 사건 주식을 특수관계가 없는 A에게 저가로 양도하였다고 보아, [별지] 표 기재와 같이 구 상속세 및 증여세법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, ‘구 상증세법’이라 한다)에서 규정한 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식의 시가 3,006,550,000원(1주당 60,131원)에서 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2호 제2문에 따라 30%를 차감한 2,104,585,000원(1주당 42,091.7원)을 이 사건 주식의 정상가액으로 산정하여 그 정상가액과 이 사건 양도가액의 차액(1,604,585,000원)만큼이 원고의 비지정기부금에 해당한다는 이유로 위 차액을 익금산입하였고, 이에 따라 2012. 12. 14. 원고에 대하여 2011 사업연도 법인세 413,192,070원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마.

한편 원고는 이 사건 처분...