1. 피고가 별지1 [표 1], [표 2] ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 위 각 표...

1. 처분의 경위

가. 원고는 지방공기업법, 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 및 서울특별시 농수산물공사 설립 및 운영에 관한 조례에서 정한 바에 따라 농수산물 유통의 원활을 기하고 적정한 가격을 유지 공급하게 함으로써 국민생활의 안정에 기여함을 목적으로 설립된 지방공기업이다.

나. 원고는 2015. 6. 30. 서울 송파구 A에 아래 표 기재와 같이 연면적 210,957.93㎡인 ‘B’ 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축취득하였다.

구분 면적 층수 용도 판매동 124,933.5㎡ B3 ~ 4층 관리업무시설 업무동 53,992.92㎡ B3 ~ 18층 도소매상인 입주시설 테마동(A동) 6,612.55㎡ B3 ~ 3층 테마동(B동) 7,253.28㎡ 테마동(C동) 6,071.61㎡ B3 ~ 4층 테마동(D동) 6,023.15㎡ 테마동(E동) 6,070.92㎡ 합 계 210,957.93㎡

다. 원고는 2015. 8. 18. 피고에게 이 사건 건물 전체 면적을 고유목적에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 이유로 지방세특례제한법 제15조 제2항 제1호에 따른 감면신청을 하여 위 건물의 취득과 관련한 취득세 7,586,068,000원, 농어촌특별세 541,862,000원, 교육세 433,489,600원 등 합계 8,561,419,600원을 감면받았다. 라.

피고는 2016. 7. 15. 원고가 이 사건 건물 중 별지2 목록 기재와 같이 식당은행병원약국 등의 용도로 임대한 79개 호실(이하 ‘이 사건 쟁점 시설’이라 한다) 부분 및 이 사건 건물 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 공실로 남아 있던 15,263.91㎡(이하 ‘이 사건 공실’이라 한다) 부분이 원고의 고유 업무에 직접 사용되지 않아 지방세특례제한법 제178조 제1호에 따른 취득세 등의 추징 대상에 해당한다는 내용의 세무조사결과를 통보하였다.

마. 이에 원고는 2016. 8. 12. 서울특별시장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 서울특별시장은 2016. 10. 4. 이...