2020구합72492 부가가치세경정거부처분취소

*

*

2021. 4. 1.

2021. 5. 11.

1. 피고가 2019. 6. 13. 원고에 대하여 한 2017년 1기분 부가가치세 신고불성실가산세 24,647,880원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고와 그 배우자 A(이하 ‘원고 등’이라 한다)는 2017. 6. 14. 주식회사 B(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 서울 □□구 △△동 ○-○ 대 380.7㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 매매대금을 102억 원으로 정하여 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고 2017. 6. 29. 이 사건 부동산을 취득하였으며, 2017. 6. 16. 이 사건 건물을 사업장(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)으로 하는 공동사업자등록(대표자: 원고)을 신청한 다음 위 취득일 무렵부터 이 사건 사업장에서 부동산 임대업을 영위하고 있다.

나. 원고 등은 2017. 6. 29. 소외 회사로부터 이 사건 건물의 매입에 관하여 공급가액 2,464,788,030원의 세금계산서를 발급받고 2017. 7. 17. 그 매입세액 246,478,803원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)의 환급을 구하는 2017년 1기분 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는 2017. 8. 9.부터 2017. 8. 14.까지 원고 등의 부가가치세 환급신고에 대한 현장 확인을 실시한 후 이 사건 건물의 매매와 관련된 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)가 부가가치세 비과세대상인 ‘사업의 양도’에 해당한다고 보아 수정신고를 권고하였다. 이에 소외 회사는 이 사건 거래가 사업의 포괄적 양도에 해당하여 수정세금계산서를 발급하였음을 이유로 2017. 8. 11. 위 246,478,803원을 환급받을 세액으로 하는 경정청구를 하면서 원고 등에게 해당 환급금에 대한 권리를 양도하였고, 원고 등은 2017. 8. 16. 이 사건 매입세액을 공제 대상 매입세액에서 제외하고 신고불성실가산세 24,647,880원(이하 ‘이 사건 가산세’라 한다)을 포함한 2017년 1기분 부가가치세 24,427,880원을 수정신고·납부하였다.

라. 원고는 2019. 4. 29. 피고에게 이 사건 가산세의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2019. 6. 13. 원고에 대하여 ‘이 사건 거래는 사업의 양도임에도 양도인이 세금계산서를 발급하고 신고·납부한 경우로서 원고는 초과환급 신고불성실가산세 부과대상에 해당한다.’는 이유로 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 7. 15. 이의신청을 거쳐 2019. 10. 29. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2020. 5. 13. 기각되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 소외 회사는 이 사건 사업장에서 부동산임대업과 출판인쇄업 등을 영위하던 겸업 사업자로서 부동산임대업의 목적물인 부동산만을 원고 등에게 양도하였고, 이 사건 매매계약서에 의하면 잔금 지급일 이전에 발생한 제세공과금, 과태료, 벌금 기타 부과금과 부동산임대업의 수입금액인 미수 임대료는 매도인에게 귀속한다고 되어 있으며, 원고는 소외 회사의 직원 1인에 대한 고용관계만을 승계하였으므로, 이 사건 거래는 이 사건 건물만을 특정하여 양도의 대상으로 삼은 것이고 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당하지 않는다.

2) 이 사건 거래가 사업의 양도에 해당하더라도, 부가가치세법 제52조 제4항에서 사업의 양도의 경우 부가가치세를 신고·납부할 수 있도록 한 취지는 사업의 양도 여부가 불분명한 경우에 납세자의 신고방법을 다양하게 인정해주기 위한 것이므로, 본래의 신고납부 규정에 따라 양도인이 부가가치세를 신고·납부하였더라도 적극적인 납세의무의 이행으로 보아 정당한 신고·납부로 보아야 하고, 설령 그렇게 보지 않더라도 소외 회사가 세무전문가의 자문에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부한 이상 원고가 이 사건 매입세액을 환급받더라도 어떠한 문제가 발생하지 않는 점, 이 사건 거래를 부가가치세법상 사업의 양도에 해당하지 않는다고 판단한 데에 상당한 이유가 있다고 보아야 하는 점 등에 비추어 볼 때, 원고에게 이 사건 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 매매계약서의 기재 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.

2) 원고 등은 이 사건 매매계약 체결일인 2017. 6. 14. 소외 회사와 사이에 직원 G의 고용을 승계하기로 하였고, G는 2017. 6. 28. 소외 회사에서 퇴사한 후 2017. 7. 1.부터 이 사건 사업장에서 근무하고 있다.

3) 소외 회사는 2017. 7. 25. 이 사건 건물의 양도에 따른 부가가치세 246,478,803원을 매출세액에 포함하여 2017년 제1기 부가가치세를 신고·납부하였다.

4) 이 사건 건물의 건축물대장에 기재된 층별 용도, 면적과 소외 회사가 제출한 2017년 1기(2017. 4. 1. ∼ 2017. 6. 30.) 부동산임대공급가액명세서에 기재된 임대 현황은 아래 표 기재와 같다.

5) 학교법인 D는 2015. 3. 31. 이 사건 건물의 6층, 지하1층, 지하2층 전부에 관한 전세금 1억 8,000만 원의 전세권 설정등기를 마쳤고, 2017. 2. 14. 위 전세권의 범위를 지하1층, 지하2층으로 하고 전세금을 1억 5,000만 원으로 하는 변경등기가 마쳐졌으며, 2017. 7. 19. 위 전세권 설정등기가 말소되었다. 한편 2017년 6월 당시 이 사건 건물 1층 점포 전부가 편의점 용도로 사용되고 있었다.

6) 이 사건 부동산에는 2014. 1. 7. 근저당권자 주식회사 C은행, 채권최고액 11,800,800,000원인 근저당권이 설정되어 있었는데, 이 사건 매매계약에 따른 잔금일인 2017. 6. 29. 일부 포기를 원인으로 위 근저당권설정등기가 말소되었다.

라. 판단

1) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15523호로 개정되기 전의 것) 제10조 제8항 제2호 본문 및 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제23조에서 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002두8800 판결 등 참조).

2) 살피건대, 소외 회사가 이 사건 건물에서 부동산 임대업을 영위하였고, 이 사건 거래 당시 주차장 기타 관리시설을 제외한 이 사건 건물의 점포·사무소에 관하여 전세권을 설정하거나 임대하였던 사실, 원고가 소외 회사의 직원 G의 고용을 승계한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 위 인정사실만으로는 원고 등이 소외 회사로부터 이 사건 사업장의 부동산 임대업 등 사업을 그대로 양도받은 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 원고 등은 소외 회사의 부동산 임대업에 제공되던 이 사건 부동산을 특정하여 매매의 대상으로 삼았다고 보는 것이 타당하다.

가) 원고 등은 이 사건 부동산의 매매대금과 별도로 시가표준액의 비율에 따른 건물분 부가가치세를 지급하기로 하였고, 소외 회사는 원고 등에게 이 사건 건물의 공급에 관한 세금계산서를 발급한 후 그 매출세액 상당의 부가가치세를 신고·납부하였으므로, 이 사건 매매계약 체결 당시 소외 회사와 원고 등은 부동산 임대업 등 사업의 양도가 아니라 그에 제공되었던 이 사건 부동산을 특정하여 매매하려는 의사에서 이 사건 거래를 하였다고 볼 수 있다.

나) 이 사건 매매계약서에 따르면, 소외 회사는 이 사건 부동산에 설정된 저당권, 지상권이나 제세공과금 등, 과태료, 벌금, 기타 부담금 등의 미납금을 제거하여 그 소유권을 이전하기로 하였고(제2조), 이 사건 부동산에 관하여 발생한 수익과 각종 제세 공과금 등 부담금 또한 잔금지급일을 기준으로 잔금 지급 전에는 소외 회사에게, 잔금지급 후에는 원고 등에게 귀속하는 것으로 정하였으며(제3조), 특약사항으로 ‘현 시설물(토지 및 건물) 상태에서의 매매계약임’이라고 정하는 등 이 사건 매매계약은 일반적인 부동산 매매계약과 그 내용이 크게 다르지 않다.

다) 원고 등은 소외 회사로부터 이 사건 건물에 관하여 학교법인 D의 전세권을 제외한 나머지 전세권의 전세권설정자 지위나 임대차계약의 임대인 지위를 승계하기로 하면서 그 전세금 및 임대보증금 상당액을 잔금에서 공제하기로 약정하였는데, 이러한 약정 또한 부동산 매매계약에서 일반적으로 이루어지는 것일 뿐만 아니라, 부동산 양도인과 양수인 사이의 합의가 없더라도 전세목적물의 소유권이 이전된 경우 전세권은 전세권자와 목적물의 소유권을 취득한 신 소유자 사이에서 계속 동일한 내용으로 존속하게 되고(대법원 2000. 6. 9. 선고 99다15122 판결 등 참조), 상가건물의 대항력 있는 임대차는 그 등기가 없는 경우에도 임차건물의 양수인이 임대인의 지위를 승계한 것으로 보게 되므로(상가건물 임대차보호법 제3조 제2항), 위와 같은 약정의 존재만으로는 앞서 살펴 본 당사자들의 의사와 달리 이 사건 거래가 사업상의 권리의무 등을 포괄적으로 양도하는 사업의 양도에 해당한다고 단정하기 어려워 보인다.

라) 사업양도의 경우에는 일반적으로 자산·부채의 평가와 영업권(대고객관계, 사업상의 비밀, 경영조직 등)의 평가 등이 매우 중요한 요소로 작용하는데(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조), 이 사건 매매계약의 경우 소외 회사가 영위하던 부동산 임대업과 관련된 자산·부채의 평가나 영업권의 평가가 있었다거나 그에 기초하여 매매대금이 정하여졌다고 볼 만한 자료가 없고, 오히려 소외 회사는 이 사건 매매계약 체결 이후 이 사건 사업장에서 영위하던 부동산 임대업과 관련한 기존 채무 중 원고 등이 승계하기로 한 임대차보증금 반환채무를 제외한 나머지 채무를 청산하고, 2017. 6. 29. 주식회사 C은행의 근저당권설정등기를, 2017. 7. 19. 학교법인 D의 전세권설정등기를 각 말소하여 주었다.

마) 원고 등은 소외 회사로부터 G에 대한 고용관계를 승계하였으나, 이 사건 거래 이후에도 이 사건 건물이 종전과 같이 임대 목적으로 사용되었던 점을 고려할 때 건물을 관리하던 직원 1명의 고용 승계가 이루어졌다는 사정만으로는 이 사건 거래를 부동산 매매로 보는 데에 장애가 되지 않는다.

3) 따라서 이 사건 거래가 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당한다는 전제에서 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.