1. 피고가 2013. 12. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 5,397,309,000원의 징수처분 및 가산세...

1. 처분의 경위

가. B(이하 ‘B’라 한다)는 2010. 5. 21. 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다) 델라웨어주에서 설립된 유한책임회사이고, C(이하 ‘C’이라 한다)은 2010. 6. 21. 아일랜드 공화국(이하 ‘아일랜드’라 한다)에서 설립된 무한책임회사인바, B는 유럽연합 회원국인 키프로스 공화국에 있는 D(이하 ‘D’라 한다)의 지분을 100% 소유하고 있고, D는 C의 지분을 99.9% 소유하고 있다.

나. B는 2010. 9. 21. 휴대폰 등 첨단기술 관련 특허권을 보유하고 있는 미국 합자회사인

E. 및 미국 유한책임회사인 F.로부터 위 특허권 관련 권한을 부여받아 2010. 11. 8. C과 사이에 위 특허권에 대한 재사용 계약을 체결하였다.

다. 원고는 2011. 11. 3. C과 사이에 위 특허권에 대한 사용계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 2011. 12. 2. 및 2012. 11. 3. C에 특허사용료 50,724,000,000원(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급하였는데, 당시「대한민국과 아일랜드 공화국간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한ㆍ아일랜드 조세협약’이라 한다) 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료에 대한 법인세를 원천징수하지 않았다. 라.

피고는 이 사건 사용료의 수익적 소유자를 C이 아닌 B 또는 특허권을 보유하고 있는 미국 법인 또는 그에 대한 미국 거주 투자자들로 보아야 한다며 한ㆍ아일랜드 조세협약 제12조 제1항의 적용을 부인하고, 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항,「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한ㆍ미 조세협약’이라 한다) 제14조 제1항을 적용하여 원고에게는 이 사건 사용료에...