1. 피고가 원고에 대하여 2011. 1. 12. 한 2005 사업년도 법인세 1,844,779,500원, 2011. 7. 12. 한 2006...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 12. 6. 수도권 신공항고속도로(이하 ‘이 사건 도로’라 한다)의 건설관리 및 운영(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 ‘사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’이라 한다)’에 따라 설립된 법인이다

(원고의 상호는 2000. 6. 16. 신공항고속도로 주식회사에서 신공항하이웨이 주식회사로 변경되었다). 나.

원고는 2003. 12. 24. 사업자금 조달을 위하여 주주인 교원공제회 등 7개사와 선순위대출약정을 체결하고 8,400억 원을 9%의 고정금리로, 같은 날 한국산업은행으로부터 1,700억 원을 7.39%의 변동금리로 각 차입하였으며, 2013. 1. 30 유상감자대금 2,144억 원을 조달하기 위해 대한교원공제회, 삼성생명보험, 삼성화재해상보험, 교보생명보험, 대한생명보험, 우리은행, 한국도로인프라투융자회사(이하 ‘이 사건 후순위대주’라 한다)와 사이에 후순위대출약정을 체결하고 13.9%의 고정금리로 차입하였다

(이하 ‘이 사건 후순위차입금’이라 한다). 다.

감사원은 2011. 5. 국세청에 2010. 9.경부터 2010. 11.경까지 최소운영수입보장 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리 실태를 감사하고, 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였으며, 이에 중부지방국세청은 감사를 통하여 원고의 선순위차입이자율 9%를 기준으로 만기프리미엄 0.65%, 후순위프리미엄 시가반영 1.62%를 반영하여 후순위차입이자율의 시가를 11.27%(= 9% 0.65% 1.62%)로 산정하였고, 원고가 이 사건 후순위차입금을 주주들로부터 13.9%로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위계산에 해당한다고 판단하였다. 라.

이에 피고는 원고와 특수관계자와의 후순위약정...