1. 피고가 2013. 1. 25. 원고에 대하여 한,

가. 2009 사업연도에 대하여 남아있는 2004 사업연도...

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 원고는 1997. 7. 22. 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(1994. 8. 3. 법률 제4773호로 제정된 것, 이하 ‘민간투자법’이라 한다)에 따라 ‘천안-논산간 고속도로 민간투자사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)‘의 건설과 운영을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고의 후순위채무 부담 원고는 2005. 5. 20. 당시 자본금 4,500억 원 중 3,037.5억 원을 유상으로 감자하고, 같은 날 주주이던 맥쿼리한국인프라투융자회사(이하 ‘맥쿼리’라 한다)로부터 1,822.5억 원을, 같은 사립학교 교직원 연금관리공단으로부터 47,081,250,000원을, 같은 주식회사 국민은행으로부터 45,562,500,000원을 각 후순위로 차입하고, 2005. 9. 20. 유상감자로 대우건설 주식회사에게 지급할 환급금 28,856,250,000원을 후순위차입금으로 전환함으로써 총 3,037.5억 원을 후순위로 차입하였다

(이하 ‘이 사건 후순위차입금’이라 한다). 원고는 고정금리로 이 사건 후순위차입금에 대한 이자를 지급하기로 약정하였는데, 그 이자율은 차입일 또는 전환일로부터 2007년 말까지는 연 6%, 그 다음날부터 2008년 말까지는 연 8%, 그 다음날부터 2012년 말까지는 연 16%, 그 다음날부터 최종상환일까지는 연 20%이었다.

다. 피고의 2009, 2010 사업연도의 법인세 부과 등과 그 취소 1) 감사원은 국세청에 2010. 9.경부터 같은 해 11.경까지 최소운영수입보장 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리 실태를 감시하고, 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였다. 2) 피고는 2011. 7.경 원고의 2009, 2010 사업연도의 각 후순위차입금 이자율을 조사하고, 원고가 이 사건 후순위차입금을 주주들로부터 16%의 이자율 2009년부터 2012년까지의...