1. 피고가 2011. 11. 23. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 557,798,539원(가산세 포함), 2010 사업연도...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 9. 9. 우면산터널 민간투자사업의 건설과 운영을 목적으로 ‘사회간접자본시설에 대한 민간투자법’(이하 ‘민간투자법’이라 한다)에 따라 설립된 법인이다.

나. 감사원은 2010. 9. 15.부터 2010. 11. 5.까지 최소운영수입보장 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부 조사를 요구하였다.

다. 이에 따라 피고는 2011. 7.경 원고에 대하여 2009 사업연도 및 2010 사업연도 후순위차입금 이자산정의 적정 여부를 조사하고, “원고가 2009. 1. 16. 주주들로부터 266억 원을 차용하면서 약정이자 20%를 지급한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수거래자간 거래이다.”고 판단하였다.

피고는 2011. 11. 23. 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조를 적용하여 2009 사업연도 및 2010 사업연도의 후순위차입금 이자비용 중 당좌대출이자율 8.5% 초과 금액(2009 사업연도: 2,933,287,671원, 2010 사업연도: 3,059,000,000원)을 각 손금부인하고, 원고에게 2009 사업연도 법인세 761,786,630원(가산세 포함), 2010 사업연도 법인세 812,755,450원(가산세 포함)을 부과하였다

(피고는 당초 2009 사업연도 법인세 774,669,050원, 2010 사업연도 법인세 816,319,560원을 각 부과하였으나, 가산세 부분이 재산정됨에 따라 위와 같이 법인세를 재부과하였다). 라.

이에 불복하여 원고는 2012. 2. 17. 심판청구를 하였는데, 2012. 8. 16. 조세심판원으로부터 “후순위차입금 약정이자 20%가 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산부인 대상인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 경정하라.”는 결정을 받았다.

마. 원고는 재조사 과정에서 기준이자율 7.65% 내지 8.5%,...