조심2008서1466 (2008.11.20)

양도

취소

재건축주택조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간 내 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받아 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정의 적용대상에 해당한다 인정되는바 환급을 구하는 경정청구를 거부한 것은 부당함

조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 / 소득세법 제89조【비과세양도소득】

2007중5050 /

OO세무서장이 2007.11.7. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 과세특례적용에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.4.28. 사업승인된 서울특별시 OOO OOOOOOOOO 재건축조합의 조합원으로 참여하여 조합원으로서 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO(OO OOOOOOO, OO OOOO OOOOOOOO, OO OOOOOOOO OO)를 공급받고, 2005.1.28. 사용승인을 받은 쟁점주택에 대한 소유권 보존등기를 2005.3.2. 경료한 다음, 2005.4.4. 쟁점주택을 1,495,000천원에 서OO에게 양도하고, 2005.6.27. 납부할 세액을 116,875,040원으로 하여 2005년 귀속 양도소득세를 신고하였으며,

2007.8.13. 처분청에 쟁점주택 양도로 발생한 소득은 「조세특례제 한법」제99조의3의 규정에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상이라 하여기납부한 세액 116,875,040원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 주택조합의 조합원 자격으로 취득하는 신축주택의 경우 「조세특례제 한법」제99조의3 제1항 제2호에서 규정하고 있는 신축주택취득기간(2001.5.23. ～ 2003.6.30.)에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택에 한하여 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있으므로, 2005.1.28.에 사용승인을 받은 쟁점주택은 이를 양도소득세 과세특례적용대상이 아니라고 보아 2007.11.7. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2007.12.7. 이의신청을 거쳐 2008.4.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 「조세특례제한법」에서 정하는 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받았으나, 쟁점주택을 재건축한 주택조합이 신축주택취득기간 내에 잔여주택(조합원 공급분 외의 주택)을 타인에게 매매하는 계약을 체결한 사실이 있으므로,「조세특례제한법」의 개정 취지 및 재건축조합으로부터 잔여주택을 분양받은 일반분양자가 양도소득세 과세특례를 적용받고 있는 점을 고려하여 조합원인 청구인이 양도한 쟁점주택도 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제3항 제2호의 규정은 위임근거인 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제1호의 위임근거 내에서 해석하여야 하므로, 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제3항 제2호의 조합원이 취득하는 주택은 조합원이 일반분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것인바, 청구인은 쟁점주택을 조합원의 자격으로 취득하였으므로 신축주택취득기간 내에 사용승인을 받아야 양도소득세 과세특례가 적용되나, 그 기간이 경과한 후에 사용승인을 받았으므로 청구인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 신축주택의 취득에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(괄호 생략)를 받은 신축주택

부칙

제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제2조【일반적 적용례】② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 (2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(4)조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간” 이라 한다)이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(5) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(6)소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

제156조 【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도 당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점주택으로 재건축되기 전 주택인 서울특별시 OOO OOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOOOO를 1993.2.22. 취득하여, 2001.4.28. 사업승인된 서울특별시 OOO OOOOOOOOO OOOOO의 조합원으로 참여하여 조합원으로서 쟁점주택을 공급받고, 2005.1.28. 사용승인을 받은 쟁점주택에 대한 소유권 보존등기를 2005.3.2. 경료한 다음, 그 취득일로부터 5년 이내인 2005.4.4. 쟁점주택을 1,495,000천원에 서OO에게 양도한 것으로 나타난다.

(2) 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제1호에서 신축주택취득기간을 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간으로 규정하고 있는 바, 청구인이 제출한 분양계약서에 의하여 청구인이 신축주택취득기간인 2001.8.16. 조합원의 지위에서 쟁점주택을 분양받기로 재건축조합 및 시공사와 계약한 사실이 확인되고,

청구인이 제시한 증빙에 의하여 서울특별시 OOO OOOOOOOOO OOOOO은 재건축한 총 805세대 중 254세대를 신축주택취득기간 중인 2002.4.25. ～ 2002.4.27.에 조합원 공급분 이외의 잔여주택으로 일반에게 분양한 사실이 확인되나, 쟁점주택은 2005.1.28. 사용승인을 받아 신축주택취득기간내에 사용승인은 받지 못한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점주택은 그 전용면적이 121.74㎡인 아파트인 바, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 「조세특례제한법」 및 관련 「소득세법」 제89조 제3호 등의 관련법령에 의하면, 전용면적이 149㎡ 미만이므로 당해 쟁점주택은 사용승인을 받을 당시 종전의 기준에 의한 고급주택에 해당하지 아니한다.

(4) 청구인은 재건축주택조합의 조합원으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합과 분양계약을 체결하고 계약금을 납부하였고, 주택조합은 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있으므로, 쟁점주택이 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 되었다 하더라도 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례규정이 적용되어야 한다고 주장하고, 처분청은 청구인이 조합원의 지위에서 쟁점주택을 분양받은 것이므로 쟁점주택이 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의하여 신축주택취득기간 내에 사용승인 되었어야 그 양도소득세에 대한 과세특례 규정을 적용 받을 수 있으나 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 되었으므로 그 양도소득세 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(5) 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항은 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우’라는 제목으로, ‘2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ‘신축주택취득기간’이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서대통령령이 정하는 주택을 포함한다)’을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제3항은 위 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ‘주택조합 등’이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ‘잔여주택’이라 한다)으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택’을, 그 제2호에서 ‘조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다’라고 각 규정하고 있는 바,

위 법 제99조의3 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

(6) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인이 재건축주택조합의 조합원으로서 취득한 쟁점주택이 신축주택취득기간 이후인 2005.1.28. 사용승인 되었다 하더라도, 재건축주택조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간 내인 2002.4.25.부터 2002.4.27. 사이에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 쟁점주택은 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 소정의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OO OO).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.