불복절차진행중 부과제척기간을 경과한 이후에 판결에 의하지 않은 경정결정이 적법한지 여부

항고소송 등 불복절차가 계속 중일 경우, 과세제척기간이 만료된 이후에는 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐이고 그 외의 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없다

결정 내용은 붙임과 같습니다.

서울행정법원 1999. 9. 3. 선고 99구14118 판결

1. 피고의 항소를 기각한다.2. 항소비용은 피고의 부담으로 한다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑3호증, 갑5호증의 1˜2, 을1호증의 1˜8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 금융업을 영위하는 법인으로서 1993. 3.경 1992사업연도 법인세를 신고함에 있어서 원고의 미국ㆍ영국ㆍ일본 소재 국외지점이 지급받은, 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자 합계 금 381,107,081원에 대하여 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것. 이하 "조감법"이라 한다) 제69조 제2항 제1호 소정의 법인세 면제 규정을 적용하고, 위 이자수입금액 금 381,107,081원에 대한 외국납부세액 해당액 금 10,453,125원( = 위 금 381,107,081원 ÷ 지점수입금액 금 159,745,136,926 × 지점납부세액 금 4,649,703,489원 )을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하여 이에 따라 법인세를 계산한 다음 기납부세액을 공제한 금 695,029,965원을 신고ㆍ납부하였다{〈별지〉 (1)항 참조}.

나. 피고는, 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 국외지점 이자소득에 대한 외국납부세액은 조감법 제28조의2에 의하여 손금에 산입될 수 없음을 이유로, 위 금 10,453,125원에 대한 손금산입을 부인하여 이에 따라 과세표준과 총결정세액을 경정한 다음 1998. 3. 16. 원고의 1992사업연도 법인세로서 위 금 695,029,965원을 차감한 금 6,461,460원( = 손금불산입액 10,453,125원에 대한 법인세 한계세율인 34%를 적용한 법인세 본세 3,554,062원 + 이에 대한 20%의 과소신고가산세 710,812원 + 미납세액의 당초 자진신고납부기한인 1993. 3. 25.부터 고지일인 1998. 3. 16.까지의 미납부가산세 2,196,587원 )을 부과ㆍ고지하였다{〈별지〉 (2)항 참조. 피고는 이 사건 소송중인 2000. 4. 24.경 위 법인세를 금 2,844,810원으로 다시 감액경정하였으나, 아래에서 보는 바와 같이 위 감액경정결정은 1992사업연도 법인세 신고납부기한인 1993. 3. 25.로부터 5년이 경과한 이후에 한 것으로서 무효이므로, 위 금 6,461,460원의 부과처분을 이하 "이 사건 처분"이라 한다}.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

첫째, 구 조감법 제69조 제2항에 의한 법인세의 감면 규정은 조세정책상 외화자금 조달의 원활한 지원을 위한 것이고, 구 조감법 제28조의2 또는 구 법인세법 제24조의3 제1항(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)에 의한 외국납부세액 공제 규정은 국가간의 이중과세를 조정하기 위한 규정으로서 그 입법취지가 서로 다르고, 위 법인세 감면규정을 적용받는 경우 그 외국납부세액의 공제를 배제하는 규정이 없음에도 불구하고 위 법인세 감면규정이 적용되어 이중과세의 문제가 발생하지 아니한다는 이유만으로 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 위법하다.

둘째, 원고는 1998년까지 외화표시채권의 이자소득에 대하여 외국납부세액을 공제받아 왔는데, 피고가 1998년에서야 뒤늦게 그 동안의 비과세관행을 무시하고 소급하여 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 조세법률주의의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반된다.

(2) 피고의 주장

첫째, 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 감면을 받는 경우 그로 인하여 이중과세의 문제는 발생할 여지가 없으므로, 이중과세의 방지를 위한 외국납부세액 공제 규정을 적용하는 것은 동일한 소득에 대하여 중복된 공제를 허용하는 것으로서 불합리하고, 피고가 그 동안 위와 같은 경우에 관하여 공적인 견해를 표명한 적이 없어 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 그러한 경우의 세액산정에 관한 업무지침인 재정경제원 예규(재경원 국조46017-134, 1997. 7. 31.)에 의하여 이 사건 처분을 한 것이므로 이 사건 처분은 적법하다.

둘째, 설령 당초 손금산입을 부인한 외국납부세액 해당액 금 10,453,125원을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하더라도, 손금산입한 위 외국납부세액을 구 조감법 제69조 제2항에 의한 면제세액계산에 있어서 이를 면제소득의 개별손금에 산입하여 면제대상이자소득을 재계산하면 면제세액은 당초의 금 433,250,843원보다 적은 금 431,492,725원이 되고 공제감면세액이 금 1,425,809,359원으로 줄어들어{〈별지〉 (3)항 참조} 피고가 2000. 4. 24.경 법인세를 금 2,844,810원으로 감액경정하였으므로 이 사건 처분 중 금 2,844,810원 부분은 적법하다.

나. 관련법령

구 조감법 제69조 제2항은 "다음 각호의 소득을 지급받는 자에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다"고 규정하면서, 그 제1호에서 "국가ㆍ지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료"를 들고 있고, 구 조감법 제28조의2는 "내국인은 소득세법 제48조 제1호 또는 법인세법 제16조 제3호의 규정에 불구하고 소득세법 제76조 제1항의 규정에 의한 외국소득세액 전액 또는 법인세법 제24조의3 제1항의 규정에 의한 외국법인세액 전액을 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 소득세법 제76조 또는 법인세법 제24조의3의 규정에 의한 세액공제는 적용하지 아니한다"(손금산입방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법 제24조의3 제1항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 "내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제한다"(세액공제방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다(위 조감법상의 '손금산입방식의 외국납부세액 공제 규정'은 1994. 12. 22. 법인세법 및 조세감면규제법의 개정으로 인하여 기존 법인세법상의 '세액공제방식의 외국납부세액 공제 규정'과 함께 법인세법 제24조의3 제1항에서 규정하게 되었다).

다. 판단

구 조감법 제69조 제2항에서 규정하고 있는 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 감면규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것임에 비하여 법인세법상의 외국납부세액공제규정은 내국법인이 국외원천소득으로서 이미 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 손금산입 또는 세액공제의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것이다.

이와 같은 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정과 외국납부세액 공제 규정은 그 각각의 입법취지와 내용이 서로 다른 것으로서 외국납부세액 공제 규정은 국외원천소득이 있어 외국에서 세액을 납부하였거나 납부할 모든 내국법인에 적용되는 규정이고, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정은 내국법인 중 외자를 조달하는 법인에게만 그 자금조달 촉진을 위한 정책적 필요에서 마련된 규정인 점, 만일 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면규정을 받는 경우에 외국납부세액의 공제를 인정하지 아니한다면 구 조감법 제88조 제1항의 규정에 의하여 계산된 세액(과세표준의 12/100)과 중복되는 범위 내에서는 국가간의 이중과세의 결과로 되어 외국납부세액의 공제를 규정한 취지에 반하는 점 등에 비추어 보면, 법률에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우에는 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면되는 경우에 그 이자에 대한 외국납부세액 공제 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없고, 위 각 규정의 입법취지가 위와 같이 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생긴 이후 다시 외국납부세액을 공제받아 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 원고가 외화표시채권의 이자수입에 대하여 구 조감법상 법인세의 감면을 받았음을 이유로 외국납부세액의 손금산입을 부인하여 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여는 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

라. 피고의 법인세 면제세액경정에 관한 주장에 대한 판단

피고는, 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금에 산입하더라도 이는 감면소득과 과세소득의 공통손금(공통대응비용)이 아니라 감면소득의 개별손금(개별대응비용)인데, 원고가 이를 공통손금으로 보아 외화대부이자소득에 대한 법인세 공제면제세액을 금 1,427,567,477원으로 신고하였으나 이를 감면소득의 개별손금으로 보고 외화대부이자소득에 대한 법인세 면제세액을 재계산(경정)하면 금 1,425,809,359원이 되므로, 이에 따른 정당한 세액은 금 2,844,810원이 된다고 주장한다.

그러나, 설령 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 피고 주장과 같이 감면소득의 개별손금에 산입하여야 한다고 하더라도, 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 의하면, 법인세의 경우 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간의 제척기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없고, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자로서는 같은 조 제2항에 의하여 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐이고 그 외의 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 된다고 할 것인데, 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금산입하는 방식으로 산출세액을 계산하면 〈별지〉 (1)(3)항의 "117"란 기재와 같이 원고가 신고한 금 55,241,280,627원과 동일한데다가 피고가 이 사건 처분시에는 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금에만 불산입하면서 과세소득의 합계에서 손금 불산입하고 당시 원고가 신고한 공제감면세액 금 1,427,567,477원을 인정하여 이를 경정하지 아니함으로써 위 공제감면세액이 이 사건 처분에 의하여 그대로 확정된 이 사건에 있어서, 더 나아가 원고가 신고한 과세표준과 산출세액은 동일하게 둔 채 1992사업연도 법인세 신고납부기한인 1993. 3. 25.로부터 5년이 경과하여 부과권의 제척기간이 경과하였음이 분명한 이 사건 소송에 이르러 비로소 공제감면세액의 신고내용에 오류가 있다고 하면서 이를 경정하여 감면공제세액을 다시 계산하여 정당한 세액을 다시 계산하거나 〈별지〉 (3)항과 같이 재경정처분을 하는 것은 허용될 수 없다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.