1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 이사장인 B이 155여억 원을 출연하여 설립한 공익의료법인으로서, 2008. 8. 31. B 소유의 고양시 일산동구 C 대 1,876㎡ 중 1,391.62㎡와 그 토지 위에 있는 지하 1층 지상 4층 규모의 건물 7,165.93㎡ 중 5,315㎡(지하 장례식장을 제외한 부분이다. 이하 위 토지 및 건물 부분을 함께 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 임대차보증금 1억 원 및 월 임차료 5,000만 원에 임차하였다.

나. 피고는, 원고가 2010년과 2012년 및 2013년에 특수관계인인 B에게 지급한 이 사건 부동산의 임차료 합계 1,636,362,000원(이하 ‘이 사건 임차료’라고 한다)이 시가를 기준으로 한 적정 임차료 합계 572,841,000원에 비하여 과다하다고 보아, 적정 임차료를 초과하는 부분을 법인세법상 부당행위계산의 부인 규정에 따라 손금에 산입하지 않기로 하여 2015. 5. 4. 원고에게 별지 ‘부과처분 내역’ 기재와 같이 법인세를 증액경정하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2015. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 11. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 임차료는 적정한 것으로 주변 부동산의 임차료에 비추어 지나치게 많아 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 할 수 없다.

이 사건 부동산의 적정 임차료에 관한 아무런 조사 없이 한 이 사건 처분은 절차상 중대한 하자가 있어 위법하다.

나. 관계 법령 별지 기재와 같다.

다. 판단 1 관련 법리 관계 법령에 따르면, 유형자산의 임차에 있어서 그에 관한 가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 임차료를 평가하여야 하고,...