장기임대주택사업자 등록을 구청에 하고 세무서에 하지 않는 경우 중과세율 판단

거주자의 주택이 장기임대주택에 해당되기 위해서는 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록과 함께 적어도 2004.6.30.까지는 소득세법 제168조에 의한 사업자등록의 요건을 갖추어야 하는것임

소득세법 제89조 (비과세양도소득)

소득세법 제104조 (양도소득세의 세율)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006.9.11. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 35,661,380원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005.8.19.서울 ○○구 ○○동 956 ○○○○빌아파트 ○○○호(이하'이 사건 주택'이라 한다)를 양도하고, 2006.5.31. 1세대 1주택 비과세를 전제로 하는 1세대 1주택 특례적용신고서를 제출하였다.

나. 피고는 원고를 1세대 4주택 보유자로 보아 중과세율(양도소득세 과세표준의 60%)을 적용하여 2006.9.15. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 35,661,380원을 경정고지 하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006.12.7. 이의신청을 하였다가 같은 달 29일 기각결정을 받고, 다시 2007.3.28. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 2007.9.13.기각결정을 하였다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑1, 을1-1·2, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 이 사건 주택의 양도 당시인 2005.8.19. 4개의 주택을 보유하고 있었던 것은 사실이나, 그 전에 ○○시 ○○동 612-1 ○○아파트 107동 1801호 및 1906호, 서울 ○○구 ○○동 965 ○○○○빌 아파트 ○○○호(이하'이 사건 임대주택'이라 한다)를 각 취득하여 임대사업자등록을 한 후 임대주택으로 등록하여 임대하여 오다가 2005.10.11. 소득세법상의 사업자등록도 하였고, 이 사건 주택은1999.3.16. 취득하여 계속 거주해 왔다. 따라서 이 사건 임대주택은 '1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'에서 제외되는 장기임대주택이고, 원고는 이 사건 임대주택 외에는 이 사건 주택만을 소유하고 있으므로 이 사건 주택의 양도소득세는 1세대 1주택으로서 비과세대상이다. 따라서 이 사건 주택의 양도를 '1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'의 양도로 보고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 조세법률주의에 위배된다.

(2) 원고는 소득세법 시행령 제167조의2 제1항 제2호 소정의 기존사업자기준일인 2003.12.29.보다 훨씬 이전에 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 하고 그에 따라 임대사업을 해왔으므로 이 사건 임대주택이 장기임대주택에 해당함은 명백하다. 따라서 주택의 미분양 방지와 주택가격 안정화를 위하여 장기임대주택을 '1세대 3주택 이상에 해당되는 주택'에서 제외하고 있는 소득세법 시행령의 취지상 소득세법 시행령 제167조의2 제1항 제2호 소정의 유예기간 내인 2004.6.30.까지 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 못하였다는 형식적인 사유를 들어 중과세율은 적용하는 것은 다음과 같은 점에서 위법하다.

(가) 소득세법 시행령 규정의 목점범위를 벗어나 근거 없이 과세를 하는 것이다.

(나)'임대사업자'라는 본질이 동일한 것임에도 자의적으로 구별하여 과세하는 것으로 실질과세의 원칙, 조세평등 내지 조세형평의 원칙에도 반한다.

(다) 원고는 월차임이 없이 임대보증금만을 받고 임대를 놓아서 그 이자수입으로 생계를 유지해 나가고 있어 부가가치세나 임대소득세의 납부의무가 없어 사업자등록을 할 필요가 없음에도 이를 하지 아니하였다는 이유로 사업자등록제도의 취지와 무관한 양도소득세에 대한 중과세율은 적용함은 부당결부금지의 원칙에도 반한다.

(3) 원고가 관할 관청에 임대주택법상 임대사업자등록을 하여, 피고도 당연히 원고가 임대사업자임을 알고 있었다고 보이는바, 소득세법 개정으로 종래의 임대사업자에게도 중과세율을 적용하기 위해서는 최소한도로 소득세법의 개정취지, 사업자등록유예기간, 개정법 적용 후 처분 유예기간 등을 고지하여 소급입법으로 인해 원고가 불측의 손해를 입지 않도록 방지해야 할 의무가 있음에도, 이에 대한 아무런 언급이나 안내 조치를 받지 못한 원고가 사업자등록 유예기간, 개정법 적용 후 처분 유예기간 등을 고지하여 소급입법으로 인해 원고가 불측의 손해를 입지 않도록 방지해야 할 의무가 있음에도, 이에 대한 아무런 언급이나 안내 조치를 받지 못한 원고가 불측의 손해를 입지 않도록 방지해야 할 의무가 있음에도, 이에 대한 아무런 언급이나 안내 조치를 받지 못한 원고가 사업자등록 유예기간 및 처분 유예기간을 경과한 이후 이 사건 주택을 양도하게 되자, 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과함은 소급입법 금지의 원칙, 신의성실의 원칙, 신뢰보호의 원칙에도 반한다.

나. 관계법령

소득세법 제89조 (비과세양도소득)

소득세법 제104조 (양도소득세의 세율)

소득세법 제168조\u3000(사업자등록 및 고유번호 부여)

다. 인정사실

(1) 원고는 1996.10.7. 서울 ○○구 ○○동 965 ○○○○○아파트 406호(철근콘크리트 및 벽식구조 28.95㎡)를 매수하여 1997.6.12. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마치고, 1997.5.10. ○○시 ○○동 612-○ ○○아파트 107동 1906호 및 1801호(각 철근 콘크리트조 59.72㎡)를 각 매수하여 1999.12.13. 원고 앞으로 각 소유권이전등기를 마쳤다.

(2) 그 후 원고는 1999.11.30. 강남구청에 임대주택법에 따라 이들 동보아파트 2세대를 임대주택으로 하여 임대사업자등록을 하고 그 무렵부터 임대를 하여 오다가, 이 사건 주택을 매수한 후인 2001.6.21. 위 ○○○○○아파트 406호도 임대주택으로 추가하는 임대사업자변경등록을 한 후, 그 무렵부터 위 ○○○○○아파트 406호도 임대하여 왔다.

(3) 한편, 원고는 1999.3.2. 이 사건 주택을 매수하여 1999.3.16. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 후, 그때까지 거주하여 오던 위 ○○○○○아파트 406호에서 이 사건 주택으로 이주하여 거주해 오다가 2005.8.19.박○훈에게 위 주택을 매도하고, 같은 달 19일 그의 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

[인정근거] 갑2, 갑3-1·2, 갑 4, 갑5-1·2, 갑7-1~3, 갑8-1· 2, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 조세법률주의 위반 내지 근거 없는 과세인지 여부

소득세법 시행령 제1672조의3에서'장기임대주택'을'대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택'에서 제외하면서 그'장기임대주택'의 범위를 일정한 요건 외에 소득세법 제168조에 의한 사업자등록과 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록을 한 거주자의 주택으로 규정하면서, '다만 2003.10.29.(기존사업자기준일) 현재 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 소득세법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30.까지 위 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 소득세법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다'고 규정하고 있다.

위 규정에 의하면 거주자의 주택이 장기임대주택에 해당되기 위해서는 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록과 함께 적어도 2004.6.30.까지는 소득세법 제168조에 의한 사업자등록의 요건을 갖추어야 하는바, 앞서 본 바와 같이 원고가 임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록만을 한 채 소득세법에 의한 사업자등록을 그 유예기간인 2004.6.30.까지 이행하지 못하다가 2005.10.11.에 이르러서야 하였으므로 이 사건 임대주택은 소득세법 시행령 소정의'장기임대주택'에 해당하지 아니하고, '1세대 3주택이상에 해당하는 주택'에서 제외되지 아니한다. 결국 원고는 이 사건 주택을 양도 당시 1세대 4주택을 소유한 것이므로 그에 따른 중과세율 적용한 것이 조세법률주의에 위반된다거나 근거 없이 과세한 것이라고 할 수 없다.

(2) 실질과세원칙, 조세형평의 원칙 등의 위반 여부

소득세법 제168조는 제1항에서"새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에서 등록하여야 한다"고 규정하고, 제3항에서"부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항에서 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다"고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제5조 제1항에서"신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다"고 규정하고 있다.

위 각 규정에 의하면, 새로운 사업을 개시하는 사업자는 관할세무서장에게 소득세법 또는 부가가치세법에 의한 사업자등록을 하여야 하고, 이는 과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용의 파악을 용이하게 하여 근거과세와 세수확보 등 과세행정의 편의를 도모하고 나아가 공평과세를 구현하려는 데에 목적이 있으므로 임대사업자 라는 실체가 동일하다고 하더라도 이와 같이 소득세법에서 정한 사업자등록의 요건을 갖추었는지 여부에 따라 과세내용을 다르게 하는 것이 실질과세의 원칙 또는 조세형평의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

또한, 이와 같은 소득세법상의 사업자등록의무는 소득의 다과에 따른 실제 소득세의 납부가능성 여부에 따라 달라지는 것이 아닐 뿐만 아니라, 그 고유의 목적이 있는 것이어서 이를 이행하지 아니한 자에게 양도소득세의 증과세율을 적용하는 것이 사업자등록제도의 취지와 무관하다고 할 수 없으므로 부당결부금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다.

(3) 소급입법금지의 원칙 및 신뢰보호의 원칙 등의 위반 여부

소득세법의 개정으로 인해 종래의 임대사업자인 원고에게 중과세율을 적용하기 위한 전제 조건으로서, 피고가 원고에게 개별적으로 소득세법의 개정취지, 사업자등록유예기간, 개정법 적용 후 처분 유예기간 등을 고지할 의무가 있다고 인정되지 않으므로 피고에게 이와 같은 의무가 있다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.