1. 피고들이 원고에게 한 별지 부과처분 내역 기재 부가가치세 합계 2,158,858,090원의...

1. 처분의 경위

가. 원고는 가스로 인한 위해를 방지하고 가스안전 기술개발과 가스안전 관리사업을 체계적으로 추진하여 국민의 생명과 재산을 보호하기 위한 목적으로 설립된 비영리 법인이다.

나. 원고는 고압가스안전관리법 제29조 제2항에 의하여 정부로부터 사업비와 운영비 보전 목적으로 수입예산을 초과하는 지출예산에 대하여 매년 출연금을 교부받고 있다.

원고의 2006년부터 2011년 1기까지의 과세ㆍ면세 수입금액 및 출연금(이하 ‘이 사건 출연금’이라 한다) 내역은 아래 표와 같다

(단위: 천원). 과세기간 합계 사업수입금액 출연금 과세 면세 2006년 97,147,716 50,010,370 9,749,346 37,388,000 2007년 103,145,232 55,310,677 11,164,555 36,670,000 2008년 107,746,095 63,371,046 10,808,049 33,567,000 2009년 100,159,944 64,478,773 10,998,171 24,683,000 2010년 103,913,443 72,407,639 10,885,804 20,620,000 2011년 1기 59,298,511 38,809,724 5,398,787 15,090,000 합계 571,410,941 344,388,229 59,004,712 168,018,000

다. 원고는 이 사건 출연금을 부가가치세 과세표준에서 제외하고, 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)을 과세사업과 면세사업의 공급가액에 의하여 안분하는 방식으로 매입세액 불공제액을 산정하여 부가가치세를 신고해왔는바, 원고의 2006년 2기부터 2011년 1기까지 매입세액 신고 내역은 아래 표와 같다

(단위: 천원). 매입세액 합계 공제 매입세액 불공제 매입세액 과세사업 관련 공통매입세액 (과세분) 공통매입세액 (면세분) 면세사업 관련 10,084,737 2,250,745 5,314,889 338,793 2,180,310

라. 중부지방국세청장은 2011. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 출연금에 상당하는 공통매입세액을 불공제하지 아니하는 등으로 2006년 2기부터 2011년 1기까지...