1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 원고를 비롯한 주식회사 B(이하 ‘주식회사’ 부분은 생략한다)의 주주 C, D, E 및 F은 2009. 1. 15. G(이하 ‘G’라고 한다)와 사이에 주식 및 경영권 양수도 계약을 체결했다

(이하 ‘이 사건 주식 양수도 계약’이라 한다). 그 내용은, B의 총 발행주식 310,000주 중 양도인 측이 소유한 B 주식 226,500주(= 원고 145,700주 C, D, E 합계 80,800주)를 총 150억 원(주당 66,225원)에 G에 양도하고, F이 소유한 나머지 B 주식 83,500주 및 추후 F이 인수할 B 발행의 30억 원 상당 신주에 대해 G에 주식매도청구권을 부여하기로 한 것이다.

이에 따라 F은 2009. 3. 28. B에 대한 30억 원의 대여금 채권을 출자 전환하여 B의 신주 45,300주를 인수했고, G는 2009. 4. 9. B의 유상증자에 참여하여 40억 원 상당의 B 신주 60,400주를 인수했다.

그 후 원고는 2009. 5. 6. G에 H(B의 상호가 2009. 4. 22. “H”로 변경되었다) 주식 145,700주를 9,648,982,000원에 매도한 후, 2010. 5. 24. 피고에게 원고 소유 주식의 양도에 대해 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목 비상장 중소기업 주식의 양도소득세율 10%를 적용하여 양도소득세 657,639,000원을 신고납부했다.

한편, H는 2011. 6. 13. 유상감자의 방식으로 자본금 8억 3,500만 원을 감소시키기로 하여 2011. 7. 15. F 소유의 H 주식 128,800주 중 83,500주를 24억 원(주당 28,800원)에 유상감자했고, F은 G에 나머지 H 주식 45,300주 중 2011. 6. 7. 4,530주를, 2011. 7. 15. 40,770주를 합계 30억 원에 매도했으며, G는 2011. 10. 20. H의 신주 71,000주를 주당 28,800원에 인수했다.

이에 피고는 F 소유의 H 주식 중 83,500주가 실제로는 원고 소유 주식의 양도 시점에 양도된 것으로 파악하고, 원고 소유 주식의 양도가 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 특정주식의 양도에 해당함을 이유로 2012. 12. 1. 원고...