조심 2018부4062 (2019.06.26)

법인

기각

청구주장과 같이 설계부서에서 연구활동을 수행하였다고 볼만한 자료 및 청구법인이 수행하는 활동이 어떠한 과학적 또는 기술적 진전이 있었는지에 대한 구체적인 증빙이 제출되지 아니한 점,청구법인 스스로 법인세 신고 시 기술연구소 연구직원들의 활동을 위탁받아 수행하는 연구활동으로 하여 법인세를 신고하였는바,조특법령에서 위탁받아 수행하는 방산물자의 연구활동을 세액공제 대상에서 제외되지 않는 활동으로 규정하고 있지 않고방위산업의 특수성을 인정하더라도 청구법인이 생산하는 방산물자가 부득이하게 위탁받아 수행할 수밖에 없는 사정 등이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 조특법 제10조에 따른 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

조세특례제한법 제9조 / 조세특례제한법 제10조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1984.7.1. 설립되어 각종 선박의 건조 및 수리, 선박구성부분품의 제조 및 판매업을 영위하고 있고, 청구법인이 운영하고 있는 부설기술연구소(이하 “기술연구소”라 한다)는 1988.10.31. OOO로부터 기업부설연구소로 인정되었다.

나. 청구법인은 기술연구소가 방위사업의 신규국책사업 제안을 위한 연구활동 등을 수행하고 있으나, 「조세특례제한법 시행령」제8조 제2항 제7호의 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’에 해당하는 것으로 보아 관련 지출금액에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 2012～2016사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 청구법인은 방위산업물자의 특성상 위탁연구형태로 이루어질 수밖에 없는 것이어서 2012～2016사업연도에 연구와 관련되어 발생된 비용이 형식상 위탁연구형태 비용이라 하더라도 기술연구소 연구원들의 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구･인력개발비 세액공제 대상에 해당한다는 이유로 처분청에 아래와 같이 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하라는 취지의 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 부설기술연구소 연구요원들은 연구개발만을 전담하는 연구전담요원으로 볼 수 없고, 위탁받아 수행하는 연구활동은 연구개발활동에 해당하지 아니하므로 쟁점인건비에 대하여 조특법 제10조에 따른 세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2018.5.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 기술연구소는 조특법령상의 전담부서 등에 해당한다.

조특법 시행규칙 제7조 제1항 제1호에 따르면 연구소 또는 전담부서란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 “기초연구법”이라 한다) 제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제16조의2 제1항 및 제2항에서 원칙적으로 자연계분야의 학사 이상의 학위 등을 가진 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 과학기술정보통신부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있고, 기초연구법 시행규칙 제3조 제2항에서는 시행령 제16조의2 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 일정한 서식의 신고서에 연구사업개요서, 연구소의 조직 및 직원 현황, 연구시설명세서 등의 서류를 첨부하여 OOO장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

청구법인의 기술연구소는 독립된 연구시설을 갖추고 자연계분야 학사 이상의 학위 등을 가진 연구전담요원을 늘 확보하여 1988.10.31. OOO장으로부터 기업부설연구소로 인정받아 2016년 말까지 그 요건을 계속 유지하였으므로 기술연구소는 조특법령상의 전담부서 등에 해당하는 것으로 봄이 타당하다.

(2) 기술연구소의 연구원들은 연구개발활동을 수행하고 있으므로, 이들의 인건비는 OOO공제 대상에 해당한다.

조특법령에서 ‘전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자’라 함은 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 여기에서 전담부서란 앞에서 본 바와 같이 기업부설연구소로서의 요건을 갖춘 것을 말하는바, 청구법인의 기술연구소는 해당 요건을 만족하므로 연구원들의 전담 연구개발활동 수행 여부에 따라 인건비의 세액공제 여부가 결정되어야 할 것이다.

조특법 제9조 제5항에 따르면, 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동이라 정의하고 있고, 기초연구법 시행령 제2조 제5호에 따른 연구개발활동은 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정으로 정의하고 있으며, 청구법인의 기술연구소 설계부서 직원은 모두 연구소 연구원으로 등재되어 있고, 설계부서는 방산부문 소속으로, 방산부문 업무만을 수행하고 있다.

청구법인의 수리선 부문(수리선 사업부)과 조선사업 부문(OOO부서)에는 설계활동이 필요하지 않는데, 그 이유는 수리선 선주가 수리를 필요로 하는 선박에 대한 도면을 사전에 제공하고 그러한 도면에 따라 수리가 이루어지며, 조선사업부문에서도 수주시점 이전부터 선주가 필요로 하는 선박의 도면을 제공하기 때문이므로 설계부서 직원들은 모두 방산부문의 업무만을 수행하고 있다 할 것이다.

연구원들이 수행하는 연구개발 활동은 크게 두 가지로 ① 신규 방산물자(함정)에 대한 연구개발 활동, ② 기존 함정의 성능 개량 및 설계 변경활동에 해당하며, 연구소 직원들은 모두 방산부문의 설계부서 인원들로 후속함 성능개량과 개선된 무기체계로 변경을 위한 활동을 수행하고 있는바, 청구법인에 지정된 방산물자는 청구법인에서만 생산 가능한 것이고, OOO으로부터 개선 요구사항 등을 통보 받아 이를 적용하기 위해 수행하는 일련의 활동들은 방산물자의 기술적 진전을 위한 것이므로, 조특법 제9조 제5항에서 정의하는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 설계부서의 직원들이 모두 연구소 연구원으로 등재되어 있고, 설계부서가 방산부분 설계부서 인원들로 후속함 성능개량, 개선된 무기체계로의 변경 등 방산부문 업무만을 수행하고 있다는 주장이나,

청구법인이 심판청구 시 제출한 수주실적 명세서나 연도별 납품실적을 보면 발주처가 OOO･OOO･OOO･OOO･OOO･OOO 등인 것으로 보아 청구법인의 기술연구소는 OOO 등의 연구소로부터 방위산업과 관련한 특정부문을 위탁받아 연구개발활동을 한 것이 아니라, OOO 및 OOO 등을 수주받아 양산․납품하거나, 민간기업인 OOO으로부터 재위탁을 받아 플랫폼 등을 개발한 것을 알 수 있으므로, 설계부서 직원들이 방산부문 업무만을 전담하였다는 주장은 사실과 다르다.

(2) 청구법인은 지정받은 방산물자가 청구법인에서만 생산 가능한 것으로 OOO의 개선요구를 통보받아 방산물자의 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당된다는 주장이나,

조특법 제9조 제5항에서 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있고, 기초연구법 시행령 제2조 제5호에서는 ‘연구개발활동’이란 과학기술 분야 또는 별표1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축척된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계․제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다고 규정하고 있으며, 법원에서도 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 한다고 판시OOO하고 있으므로 기존의 상용화·사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 연구개발활동이라 볼 수 없다.

청구법인의 이 건 청구서에 기재한 2016년 말 기준 기술연구소 업무내역을 보면 기술관리팀과 기술개발팀 이외 팀들의 업무는 일반 선박의 설계 업무와 차별화되지 않은 것으로 보이고, 이미 상용화되고 사업화하여 구축된 기술력으로 가능한 업무로, 과학적·기술적 진전을 이루는 업무에만 전념하고 있는 것으로 보이지 않는다.

또한, 대부분의 직원들이 개발팀이 아닌 설계부서에 발령되어 있는 것과 관련하여 청구법인은 직원들의 설계 활동이 전혀 필요없다고 주장하면서도 이와 관련된 계약서 등의 서류가 제출되지 않았다.

(3) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석이나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다OOO.

조특법 시행령 제8조 제2항에서 연구개발에 포함하지 아니하는 활동으로 제7호에 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’을 규정하고 있으므로, 청구법인이 OOO 또는 OOO에서 수주받은 함정이나 OOO의 설계활동이 방위산업의 특수성 등을 고려하여 연구․인력개발비 세액공제가 가능한 위탁연구활동으로 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 기술연구소 관련 인건비가 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 선박의 건조 및 수리 및 선박구성부분품 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 1975.10.31. 산업통상자원부장관으로부터 「방위사업법」제35조 제1항 및 같은 법 시행령 제41조 제3항에 따라 청구법인이 생산하는 방산물자에 대한 방산업체로 지정되었고, 1988.10.31. OOO로부터 청구법인의 기술연구소가 기업부설연구소로 인정OOO되었는바, 이에 등록된 연구분야 및 연구소의 직원 현황(변경내역 포함)은 아래와 같다.

(나) 청구법인의 2016년 12월말 현재 기구조직도에 의하면, 기술 및 생산본부장 아래 기술연구소장을, 그 아래 설계1부, 설계2부, 설계운영부 및 OOO부(2015.2.1. 새로이 설치)를 두고 있고, 설계1부, 설계2부 및 설계운영부에는 기본･선각･기장･전장･의장설계(관리)팀들로, OOO부에는 기술개발팀으로 구성되어 있는 것으로 나타나는데, 2015.2.1. 이전에는 기술연구소장 아래 설계1부, 설계2부, 설계관리팀 및 사업관리부로 설치되어 있었고, 개발 관련 부서는 개발팀의 형태로 설계1부에 소속되어 운영된 것으로 확인된다.

(다) 기술연구소의 업무를 분장한 각 부서별 업무내역에 의하면, OOO부의 기술개발팀(1팀)은 ‘연구개발 사업 등에 참여하며 설계부서와 외부기관과의 소통창구 및 각종연구개발사업의 관리’ 업무를 담당하고 나머지 부서는 선형설계, 배의 구조물 설계, 배의 추진체계･전력공급을 위한 발전기 등의 배치 및 설계관리 등 주로 설계와 관련된 업무를 담당하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 인사기록카드에 의하면, 기술연구소 직원들은 기업부설연구소 신고현황과 달리 대부분 설계1․2부 및 설계운영부에 발령되어 있고, OOO부서이거나 담당업무가OOO로 되어 있는 직원은 3명에 불과한 것으로 확인된다.

(마) 2011년～2016년 기간 동안의 수주실적 명세서에 의한 년도별수주실적은 아래와 같다.

(바) 청구법인은 2012∼2016사업연도 연구･인력개발비로 지출한 내역은 아래와 같고, 법인세 신고 시 제출한 2014～2016사업연도 결산서상의 첨부된 제품매출액 명세서 및 외상매출금 계정 등에 의하면 방산매출로 항만OOO 성능개량 후속사업, 차기OOO선행연구, OOO 후속함 건조, 항만 OOO, OOO지원정, 근무주정, 경비함 건조 등과 관련된 해당 거래처와의 사업내용이 나타난다.

(사) 한편, 청구법인은 당사가 생산하는 방산물자가 위탁연구 형태로 이루어질 수밖에 없다는 주장과 관련된 계약내용, 대부분의 연구원들이 개발팀이 아닌 설계부서에 근무할 수 밖에 없고 사실상 설계부서의 설계활동이 필요하지 않다고 볼만한 구체적인 업무 내역 및 해당 연구개발에 어떠한 과학적 또는 기술적 진전이 있었는지에 대한 구체적인 증빙 등을 제시하지는 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 연구･인력개발비가 세액공제를 받기 위해서는 조특법 제9조･제10조, 같은 법 시행령 제8조 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 등의 전담부서등에 근무하면서 연구개발과제를 직접 수행하는 연구요원이거나 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비여야 하고, 그 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동이어야 하며, 그 활동이 위탁받아 수행하는 경우에는 세액공제 대상에서 제외된다 할 것이다.

(나) 청구법인의 기술연구소는 기업부설연구소로 인정받아 전담부서등에는 해당되는 것으로 보인다.

그러나, 조직도, 인사기록카드 및 부서별 업무내역 등에 의하면 기업부설연구소에 신고된 인원은 46여명이지만, 8개팀 중 연구개발 관련 팀은 한 팀(기술개발팀)에 불과하여 그 인원 전부가 기술개발업무를 전담하였다고 보기 어렵고 사실상 대부분 직원들의 발령부서가 연구개발팀이 아닌 설계부서로 확인되는 점, 그 설계부서의 업무내역이 연구개발사업과 관련된 것이 아닌 배 등의 설계, 배치 및 설계관리 등에 해당하고 수주실적상으로도 업무범위가 주로 OOO, OOO 등의 건조, 실시설계 및 시운전 등의 중심으로 발주되어 연구개발 위주의 업무가 이루어진 것으로 보이지 않는 점, 청구주장과 같이 설계부서에서 연구활동을 수행하였다고 볼만한 자료 및 청구법인이 수행하는 활동이 어떠한 과학적 또는 기술적 진전이 있었는지에 대한 구체적인 증빙이 제출되지 아니한 점, 청구법인 스스로 법인세 신고 시 기술연구소 연구직원들의 활동을 위탁받아 수행하는 연구활동으로 하여 법인세를 신고하였는바, 조특법령에서 위탁받아 수행하는 방산물자의 연구활동을 세액공제 대상에서 제외되지 않는 활동으로 규정하고 있지 않고 방위산업의 특수성을 인정하더라도 청구법인이 생산하는 방산물자가 부득이하게 위탁받아 수행할 수 밖에 없는 사정 등이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점인건비가 기술연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하는 연구요원들에 대한 인건비에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점인건비를 조특법 제10조에 따른 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.(단서 생략)

가. (생 략)

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 생략)

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[조세특례제한법 시행령 별표6]