1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상이 되는 등 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간(이하 ‘중소기업 유예기간’이라 한다)에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.

한편 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)은 제2조 제1항 제3호 후단에 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 다.

목의 ‘관계회사(이후 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정된 중소기업기본법 시행령부터 제3조 제2항 제2호 다.목으로 조문이 변경되면서 ’관계기업‘으로 명칭이 변경됨, 이하 ’관계기업‘이라 한다)에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 경우에는 위 구 중소기업기본법 시행령 제7조의2 이후 2011. 12. 28. 대통령령...