원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 신축주택에 대한 과세특례를 정한 구 조세특례제한법 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전

것. 이하 ‘구 조특법’이라고 한다

) 제99조의3은 제2항에서, 같은 조 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 양도하는 경우 그 신축주택은 1세대 1주택의 양도소득세 비과세에 관한 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용할 때 당해 거주자의 소유 주택으로 보지 아니하도록 하고 있는데, 같은 조 제1항은 과세특례 대상인 신축주택의 하나로 제2호에서 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 기간(이하 ‘신축주택 취득기간’이라고 한다

) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 ‘자기가 건설한 신축주택’을 드는 한편, 거주자의 범위에서 ‘주택건설사업자’를 제외하여 과세특례의 적용을 배제하고 있다. 2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 ① 원고가 1989. 11. 9. 서울 강서구 E빌라 A동 303호를 취득한 사실, ② 그 후 원고를 비롯한 E빌라 A동 12세대의 소유자들은 그들 소유의 주택을 각 현물출자한 다음, 그곳에 D 제4동 아파트 19채를 건축하여 2001. 11. 13. 사용승인을 받은 사실, ③ 원고를 포함한 E빌라 A동 12세대의 소유자들은 신축된 19채 중 12채에 대하여는 각자의 명의로 소유권보존등기를 마친 반면, 나머지 7채에 대하여는 공동명의로 소유권보존등기를 마친 다음 이를 판매하였는데, 그 과정에서 2000. 11. 16. ‘E빌라A동’이라는 상호로 부동산신축판매업 등록을 한 사실, ④ 한편 원고는 2006. 12. 15. 그 소유의 또 다른 주택인 서울 마포구 C 아파트 201동 803호(이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다

를 양도하였는데, 당시 위와 같은 경위로 취득한 서울 강서구 D 제4동...