1. 피고가 2013. 9. 2. 원고에 대하여 한 2011년 제2기 부가가치세 51,081,380원(가산세 포함), 2011...

1. 처분의 경위 작성일자 품목 단가(원/g) 수량(g) 공급가액(원) 2011.10.21. 지은 1,124 100,000 112,400,000 2011.11.11. 지은 1,169 150,000 175,350,000 합 계 250,000 287,750,000

가. 원고는 기계공구 도매업, 비철금속 도소매업 및 무역업을 영위하는 법인으로, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)와 지은(불순물이 섞여 있지 않은 순도 99.98% 이상의 은) 거래를 하였다며 다음과 같이 공급가액 합계 287,750,000원의 세금계산서 2매(이하 포괄하여 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 해당 거래를 포괄하여 ‘이 사건 거래’라 한다)를 발급받아 해당 금액을 매입세액으로 공제하고 손금에도 산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 마쳤다.

나. 피고는 2012. 9. 20.부터 같은 해 10. 24.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다) 이 사건 세금계산서에 관한 원고와 ㈜B(이하 ‘B’라 한다) 사이의 거래를 정상거래로 판단하였다.

다. 그러나 서울지방국세청장은 2012. 8. 24.부터 같은 해 12. 10.까지 B에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 B가 2011년 2기 및 2012년 1기 과세기간 중 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 자료상에 해당한다고 보아 B와 그 대표이사인 C을 수사기관에 고발하는 한편, 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 판단하고 2012. 12. 28. 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다. 라.

이에 피고는 2013. 5. 30.부터 같은 해

8. 8.까지 원고에 대하여 다시 세무조사를 실시하였고(거래질서 관련 부분조사, 이하 ‘제2차 세무조사’라 한다), 그 결과 원고가 성명불상의 무자료 공급업체로부터 지은을 공급받았음에도 실제 공급자가 아닌 B로부터 이 사건 세금계산서를 발급받은 것으로 보아 관련 매입세액을...