1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 12. 29.부터 2012. 12. 27.까지 여주시, 이천시 등 도시 주변 농지 20필지 22,048㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후 100~165㎡의 단독주택 부지로 분할하여 양도하는 사업을 하였다.

원고는 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)(이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제64조의 부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례 규정에 따라 산출세액을 계산하면서 이 사건 토지의 양도가액에서 취득가액, 판매관리비 등의 필요경비를 차감한 금액을 과세표준으로 하여 2010년, 2011년, 2012년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 2013. 8. 23.부터 2013. 10. 19.까지 원고에 대한 개인통합조사를 실시하였고, 피고에게 이 사건 토지의 양도가액에서 취득가액만을 필요경비로 차감한 금액에 양도소득세 중과세율 50%를 적용한 세액을 산출세액으로 과세할 것을 통보하였다.

이에 따라 피고는 2013. 12. 1. 원고에게 2010년 귀속 545,421,208원, 2011년 귀속 1,011,956,718원, 2012년 귀속 496,468,200원의 종합소득세를 경정고지하였다.

다. 원고는 2014. 2. 13. 위 처분에 이의신청을 하였고, 피고는 2014. 7. 31. 원고가 납부한 취득세, 등록세 등 73,389,680원을 취득가액에 가산하여 2010년 귀속 11,440,210원, 2011년 귀속 27,678,290원, 2012년 귀속 8,921,080원의 종합소득세 감액 경정을 하였다.

이에 원고는 2014. 9. 17. 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 8. 25. 토지분할비용 등을 필요경비에 산입하고 판매원 지급수당에 대한 재조사 결정을 하였다.

피고는 2015. 9. 30.부터 2015. 10. 19.까지 원고에 대한 재조사를 실시하였고, 토지분할비용 6,602,920원과 판매원 지급수당 2,239,220,680원을 필요경비로 공제하여 2015. 11. 3. 2010년 귀속 542,798...