1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 매년 12. 31.을 기준으로 결산하는 제조업종의 주식회사로서 2009. 3. 26. 총 수입금액 35,391,447,026원, 과세표준 4,346,447,640원, 산출세액 1,058,611,910원, 공제감면세액 342,470,159원(= 연구인력개발비 세액공제 180,620,761원 중소기업 특별세액감면 120,523,754원 기업어음제도개선 세액공제 41,325,644원), 총 부담세액 716,141,751원으로 2008년 귀속 법인세를 신고하였다.

그런데 감사원은 원고의 발행주식(상법 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다, 이하 같다)을 30% 이상 보유하고 있는 일본국 법인인 하리손 도시바(HARISON TOSHIBA, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 2008년도 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다, 이하 같다)이 5천억 원 이상이이서 원고가 중소기업에 해당하지 않음에도 중소기업에 대한 세액감면 등을 부당하게 적용받은 것으로 판단하고, 피고에게 시정을 요구하였다.

이에 따라 피고는 2011. 8. 12. 원고에 대하여 위 공제감면세액 342,470,159원 중 원고가 중소기업에 해당함을 전제로 하는 196,267,355원을 부인하고, 여기에 가산세 50,872,498원을 더하여 합계 247,139,853원을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2011. 12. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지 처분의 적법 여부 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

이 사건 처분의 근거가 된 중소기업기본법시행령 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 개정 시행령’이라...