1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2011. 8. 12. 원고에 대하여 한 2008년도 수시분 법인세 247,139...

1. 처분의 경위

가. 원고는 매년 12. 31.을 기준으로 결산하는 제조업종의 주식회사로서 2009. 3. 26. 총 수입금액 35,391,447,026원, 과세표준 4,346,447,640원, 산출세액 1,058,611,910원, 공제감면세액 342,470,159원(= 연구인력개발비 세액공제 180,620,761원 중소기업 특별세액감면 120,523,754원 기업어음제도개선 세액공제 41,325,644원), 총 부담세액 716,141,751원으로 2008년 귀속 법인세를 신고하였다.

나. 한편, 감사원은 2011. 7. 1. 원고의 발행주식(상법 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다)의 30% 이상을 보유하고 있는 일본국 법인인 하리손 도시바(HARISON TOSHIBA, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 2008년도 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상이므로, 원고가 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않음에도 불구하고, 피고가 원고의 중소기업 특별세액감면신청을 부당하게 받아들였다며 피고에게 감면된 세액의 추가징수를 요구하였다.

다. 이에 따라 피고는, 원고의 발행주식 중 49%를 보유하고 있는 소외 회사가 2008. 3. 31. 현재 자산총액이 539,504,446,032원(= 자산총액 일본국 법화 54,173,640,000엔 × 2008. 3. 31. 종가 환율 995.88원/100엔)에 해당하므로 원고가 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 아니한다는 이유로, 2011. 8. 12. 원고에 대하여 위 공제감면세액 342,470,159원 중 원고가 중소기업에 해당함을 전제로 하는 중소기업 특별세액감면액 196,267,355원의 공제를 부인하고, 여기에 가산세 50,872,498원을 더한 247,139,853원을 원고에 대한 2008년분 수시분 법인세로 추가 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,...