1. 제1심판결 중 아래에서 지급을 명하는 금액에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고는...

1. 기초 사실

가. 원고는 2006. 3. 21. 피고의 청주지점에 증권용 계좌를 개설하여, 2006. 5. 25.경 코스닥 종목인 C 주식 9,527주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 위 계좌에 예치하였고, 2015. 5.경 위 청주지점장 D을 위 계좌의 관리자로 지정하였다.

나. 기획재정부는 2015. 8. 6. 코스닥 주식의 양도차익 과세대상 대주주의 범위를 종전 기준인 ‘주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 기준 해당 법인 소유 주식의 시가총액이 40억 원 이상이거나 그 지분율이 4% 이상인 경우’에서 ‘직전 사업연도 종료일 기준 해당 법인 소유 주식의 시가총액이 20억 원 이상이거나 그 지분율이 2% 이상인 경우’로 확대하기로 하되, 그 적용시기를 2016. 4. 1.부터 한다는 내용의 세법개정안을 발표하였고, 그 세법개정안의 내용대로 관련 법령인 소득세법 시행령 제157조 제4, 5항이 2016. 2. 17. 개정되어, 2016. 4. 1.부터 시행되었다.

구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의...