이 사건 세금계산서는 그 본질적 기능을 해하지 않아 매입세액 공제를 허용하여 함.

실제 용역을 공급하지 않은 사업장을 기준으로 작성・교부한 세금계산서에 의한 매입세액 공제는 원칙적으로 부인되어야 하나, 이러한 세금계산서도 그 본질적 기능을 해하지 않는 한도 내 매입세액 공제를 허용하여 납세자 피해를 구제할 필요가 있고, 전단계세액공제법의 부가가치세제의 본질, 실질과세 원칙, 조세공평 원칙에도 부합함.

부가가치세법 제16조세금계산서

2017구합74511 부가가치세부과처분취소

주식회사 AAAAA 외1

○○세무서장 외1

2018. 5. 17.

2018. 6. 21.

1. 피고들이 별지 [표] 기재 각 일자에 원고들에 대하여 한 '세액'란 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 AAAAA(이하 '원고 AAAAA'라 한다)는 AAAAA 그룹의 지주회사이고,

원고 주식회사 AAAAA BBBBB(이하 '원고 BBBBB'이라 한다)은 연구 및 기술개발 서비스업을 영위할 목적으로 설립되어 2014. 11. 7. 청산된 법인이며, AAAAA CC 주식회사(이하 'AAAAA CC'이라 한다)는 CC 및 터빈 등을 제조하는 법인이다.

한편, AAAAA CC의 본점 소재지는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○이다.

나. AAAAA CC은 2010. 6. 22. ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 지상 21층 건물 AAAAA타워(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)를 신축하여 부동산임대업을 개시하였는데, 2011. 1. 1. 원고 AAAAA에 대하여 이 사건 부동산 중 20층 일부를 임대하였고, 2011. 1. 1. 원고 BBBBB에 대하여 이 사건 부동산 중 11층 일부를 임대하였다.

다. 원고 AAAAA는 AAAAA CC으로부터 2011년 1기 과세기간에 임대료 등에 관하여 공급가액 합계 ○○○○원의 세금계산서를, 원고 BBBBB은 AAAAA CC으로부터 2011년 1기와 2기 과세기간에 임대료 등에 관하여 공급가액 합계 ○○○○원의 세금계산서를 각 발급받은 후(이하 원고 AAAAA와 원고 BBBBB이 각 발급받은 위 세금계산서를 합하여 '이 사건 각 세금계산서'라 한다), 원고들은 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

라. ○○지방국세청장은 AAAAA CC에 대한 세무조사 중 AAAAA CC이 부동산 임대업에관하여 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 본점을 공급자로 하여 이 사건 각 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, 피고들에게 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 내용의 과세자료를 통보하였으며, 피고들은 위와 같은 이유로 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제17조 제2항 제2호 등을 근거로 관련 매입세액을 불공제하여 별지 [표]'처분일자'란 기재 각 일자에 원고들에 대하여 별지 [표] '세액'란 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함)를 경정・고지하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).

마. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 원고 AAAAA에 대하여는 2017. 7. 26., 원고 BBBBB에 대하여는 2017. 5. 19. 각 기각되었

다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

다음과 같은 이유에서 이 사건 각 처분은 위법하다.

1) 이 사건 각 세금계산서는 AAAAA CC이 이 사건 부동산 소재지에 사업자등록을 하지 않아 본점 사업자 등록번호로 발급된 것으로 AAAAA CC과 원고들 사이의 실제 거래관계를 반영하고 있으며, AAAAA CC과 원고들이 가공거래를 한 것이거나 다른 사업

자 명의를 위장하거나 중간자의 개입이 있었던 경우도 아니다. 더욱이 AAAAA CC의 매출과 원고들의 매입 사이의 상호검증에 아무런 문제도 없으므로 이 사건 각 세금계산서는 AAAAA CC의 착오에 의해 발급되었고 나머지 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당하므로 이 사건 각 세금계산서와 관련한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 단서, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호 등에 의하여 공제되어야 한다.

2) 이 사건 각 세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 원고들은 AAAAA CC에 대하여 임대료와 부가가치세액을 함께 지급한 점, 원고들이 부가가치세의 이중과세 위험을 감수할 이유가 없는 점, 원고들 외에 다른 임차인에 대해서도 동일한 형태의 세금계산서가 발급되었다는 점 등에 비추어 보면, 원고들은 이 사건 각 세금계산서가 사실과 달리 기재되었다는 점을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 관하여 과실도 없으므로 이 사건 각 세금계산서와 관련한 매입세액은 공제되어야 한다.

3) 한 사업자의 사업장이 여럿인 경우, 공급하는 자의 범위를 넓게 해석하더라도 세금계산서의 기능을 해하는 바가 전혀 없을 뿐만 아니라 매입세액을 공제하더라도 세금계산서의 기능을 본질적으로 해하지 않고 시장 참여자들의 도덕적 해이를 불러 일으키지 않는 경우에는 그 매입세액 공제를 허용하는 것이 부가가치세의 원리와 조화를 이루는 해석이다. 따라서 원고들이 AAAAA CC의 지점이 아닌 본점이 공급자로 기재된 이 사건 각 세금계산서를 발급받았다고 하더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고들과 AAAAA CC의 임대차계약

AAAAA와 AAAAA CC이 2011. 1. 1.1) 체결한 임대차계약의 주요 내용은 다음과

같다.

한편, 원고 BBBBB과 AAAAA CC이 2011. 1. 26. 체결한 임대차계약의 주요 내용은 다음과 같다.

2) AAAAA CC의 이 사건 각 세금계산서 발급

가) 원고 AAAAA가 2011년 1기에 AAAAA CC으로부터 발급받은 세금계산서 내용은 다음과 같다(나머지 세금계산서의 내용도 공급가액이나 세액 등을 제외하면 동일하다).

나) 원고 BBBBB이 2011년도 1기와 2기에 AAAAA CC으로부터 발급받은 세금계산서의 내용은 다음과 같다(나머지 세금계산서의 내용도 공급가액이나 세액 등을 제외하면 동일하다)

3) AAAAA CC의 사업자등록 등

AAAAA CC은 2004. 4. 1. 사업장 소재지 및 본점 소재지를 ○○시 ○○구 ○○동

○○(도로명 주소: ○○시 ○○구 ○○로○○번길 ○○)으로 하여 사업자등록(등록번호:○○○-○○-○○○○○)을 하였다가 이 사건 부동산 소재지에 사업자등록을 하지 않았음을 이유로 가산세를 부과・고지받은 후, 2016. 7. 22. 사업장 소재지를 ○○시 ○○구 ○○동 ○○(도로명 주소: ○○시 ○○구 ○○대로 ○○, 이 사건 부동산 소재지)으로 하여 사업자등록을 하였다.

4) AAAAA CC 직원으로 회계업무를 담당하고 있는 DDD은 이 법정에 출석하여 다음과 같은 취지로 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 8호증, 을 제2호증의 각 기재, 증인 DDD

의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법 제4조 제1항은 '부가가치세는 사업장마다 신고・납부하여야 한다'고 규정하고 있고, 제5조 제1항은 '사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다'고 규정하고 있으며, 제2항은 '제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다'고 규정하고 있다.

한편, 부가가치세법 제17조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 제한함으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 제재장치를 마련하고 있다. 그러나 한편 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합하는 점을 고려하여, 이에 해당하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가 가치세법 시행령'이라 한다) 제60조 제2항 제2호는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로 '법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오

로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우'를 규정하고 있다.

2) 살피건대, AAAAA CC은 부가가치세법 제5조 제2항에 따라 사업자 단위로 해당 사업자의 본점에서 사업자등록을 하는 사업자가 아닌데 이 사건 각 세금계산서를 발급할 당시 이 사건 부동산의 임대용역이 공급되는 사업장 소재지에서 사업자등록을 하지 않았으므로 이 사건 각 세금계산서는 공급하는 자의 등록번호가 사실과 다른 세금계산서에 해당하기는 한다. 그러나 위와 같은 규정에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 더하여 보면, AAAAA CC의 이 사건 각 세금계산서의 발급은 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우로서 부가가치세법 시행령 제60조제2항 제2호의 '법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우'에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 각 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하여 원고들에 대한 부가가치세를 경정한 이 사건 각 처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하고,

원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 부가가치세법은 사업을 새로 개시하는 자로 하여금 사업장마다 일정한 기한 내에 사업자의 인적 사항, 사업장 현황, 사업내용의 주요사항 등 사업에 관련된 사항을 관할 세무서장에게 등록하도록 하고 있는데, 이를 사업자등록이라고 한다. 실무에서 사업자등록은 사업자가 사업장 관할세무서장에게 사업자등록신청서를 제출한 때를 기준으로 보고 있고, 사업자등록은 과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용 및 과세자료의 파악을 용이하게 하여 근거과세와 세수확보 등 과세행정의 편의를 도모하며,

나아가 공평과세를 구현하려는 데에 그 목적이 있고 세금계산서의 수수와 함께 부가가

치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 특히 부가가치세는 재화 등의 공급자가 거래시마다 거래상대방으로부터 세액을 거래징수하여 이를 정부에 납부

하고, 사업자 자신은 재화를 공급받을 때 거래상대방에게 징수당한 매입세액을 공제받는 구조이기 때문에, 다른 세목에 비해 과세관청이 사업자에 대해 정확히 파악하는 것이 매우 중요하다(헌법재판소 2013. 11. 28. 선고 2011헌바168 결정).

그런데 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 사업장을 기준으로 발행・교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것일 뿐만 아니라, 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있다. 따라서 실제 재화나 용역을 공급하지 않은 사업장을 기준으로 작성・교부한 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 원칙적으로 부인되어야 하나, 이러한 세금계산서라 하더라도 위와 같은 세금계산서의 본질적 기능을 해하지 않는 한도 내에서는 매입세액 공제를 허용하여 납세의무자의 피해를 구제해 줄 필요가 있고, 그렇게 하는 것이 전단계세액공제법에 의하여 세액이 산출되는 현행 부가가치세제도의 본질 및 실질과세의 원칙, 조세공평의 원칙에도 부합한다.

② 이 사건 각 세금계산서의 발급은 AAAAA CC이 이 사건 부동산을 신축하면서 이 사건 부동산의 소재지인 사업장 소재지에 사업자등록을 하지 않고 본점 소재지인 사업

장의 사업자 명의로 발급한 것인바, AAAAA CC은 원고들 등 계열사에 대한 이 사건 부동산의 임대료 적정 여부에 대하여 중점적으로 검토하였을 뿐, 법인등기부상 목적에

부동산 임대업이 있는 관계로 이 사건 부동산 신축에 따른 임대업을 함에 있어서 별도

의 사업자등록을 하여야 한다는 사실을 알지 못한 것으로 보이고, 따라서 AAAAA CC이 이 사건 부동산 신축에 따른 임대용역의 제공에 관하여 사업자등록이 필요하다는 점에 관하여 착오를 일으켜 공급자의 사업자 등록번호를 사실과 다르게 기재한 것으로 보인다.

③ 이 사건 각 세금계산서에 공급자의 사업자 등록번호가 본점의 등록번호인 '○○○-○○-○○○○○'로 기재되어 있기는 하나, 공급자의 상호가 'AAAAA CC', 대표자가 'EEE'으로 각 기재되어 있을 뿐만 아니라 이 사건 각 세금계산서의 비고란에 '임대료' 또는 '관리비'라는 내용이 기재되어 있어 공급자가 AAAAA CC이라는 점과 이 사건 각 세금계산서의 발급이 AAAAA CC이 원고들에게 부동산 임대용역을 제공함에 따른 것이라는 점이 쉽게 확인되는 경우에 해당한다.

④ 이 사건 각 세금계산서의 공급가액과 세액의 기재는 모두 사실과 일치하고, 이 사건 각 세금계산서의 발급에 의하여 AAAAA CC이나 원고들이 부당하게 세액 환급 등의 이익을 누리거나 탈루한 세액도 없는 것으로 보이며, 원고들에 대한 국가의 과세권

행사에 제한이 발생하였다고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 각 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.