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[청구번호]
[청구번호]조심 2017서2885 (2018. 3. 22.)
[세목]
[세목]법인[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]쟁점법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간 동안 연구개발ㆍ생산된 것임을 볼 때 그 활동이 나종자의 생산 및 상품종자의 생산ㆍ판매와 더불어 일련의 종자생산활동을 구성하고 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업에 해당한다 할 것인 점 등에 비추어 쟁점법인의 소득은 조특법 제68조에 의한 감면대상소득에 해당하고, 그에 따라 배당한 쟁점소득 또한 전액 감면대상 소득에 해당함
[관련법령]
[관련법령] 조세특례제한법 제68조
[주 문]
OOO세무서장이 2017.3.8. 청구법인에게 한 2012년 귀속 원천분 배당소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. OOO지방국세청장은 농업회사법인인 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대해 2016년 6월경 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 소득이 작물재배업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 당초 쟁점법인이 주주들에게 지급한 배당소득(이하 “쟁점소득”이라 한다)에 대해 원천징수의무자인 청구법인이 「조세특례제한법」제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) 제1항 및 제4항을 적용하여 배당소득세를 원천징수하지 아니한 사실을 처분청에 과세자료로 통보하였다.
나. 처분청은 이에 따라 2017.3.8. 청구법인에게 2012년 귀속 원천분 배당소득세 OOO을 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점법인은 종자를 연구·개발·생산하여 판매하는 업을 영위하는 농업회사법인으로, 그 주된 산업활동을 살펴보면, 상품종자의 조부모에 해당하는 원원종 및 보모에 해당하는 원종을 OOO 등지에 소재한 회사 소유 농장에서 개발·재배하여 이로써 원종단계의 종자를 생산한뒤 이를 국내·외 위탁 채종시켜 생산된 OOO를 쟁점법인에 반입하여 다시 가공함으로써 상품종자를 최종생산하여 판매하고 있다. 「조세특례제한법」제68조는 기업적 농업경영을 세제측면에서 지원하여 농업 분야의 경쟁력을 강화하기 위해, 농업회사법인의 농업소득에 대하여 법인세를 면제하도록 하고 있는바, 「조세특례제한법」제68조 제1항에 따라 법인세가 면제되는 영농회사법인의 농업소득은 작업재배업에서 발생하는 소득을 의미한다. 이때, 한국표준산업분류상의 작물재배업은 “노지 또는 특정 시설 내에서 작물 및 종자를 재배하여 생산하는 산업활동”을 의미하며, 위 작물재배업에 속하는 종자 및 묘목생산업은 “노지 및 시설에서 각종 농작물의 종자, 버섯종균, 묘목을 생산하는 산업활동”을 말한다. 따라서 쟁점법인은 종자생산 활동체계 중 최종 제품인 상품종자를 농민들에게 판매하여 얻은 소득이 작물재배업 중 종자 및 묘목생산업을 영위함에 따른 소득이므로 「조세특례제한법」제68조 제1항에 따라 법인세가 면제되는 것이며, 이와 함께 같은 조 제4항에 따라 농업회사법인에 출자한 거주자가 2015.12.31.까지 받는 배당소득 중 이러한 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세가 면제되는 것인바, 청구법인은 쟁점법인의 배당소득 지급시 배당소득세를 원천징수를 하지 아니한 것이다.
OOO지방국세청장은 쟁점법인이 국내외 채종농가에 나종의 재배·채종을 위탁한 이상, 채종농가로부터 종자를 구매하여 이를 그대로 판매하는 종자 및 묘목 도매업을 영위한 것으로 보아 쟁점법인이 농민들에게 상품종자를 판매하여 얻은 소득이 「조세특례제한법」제68조에 따라 법인세가 면제되는 농업소득에 해당하지 아니한다는 의견이나, 농업소득에 대해 법인세의 면제를 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제68조는 같은 법 제66조 제1항의 작물재배업에서 발생하는 소득을 농업소득으로 정하고 있으나, 작물재배업이 무엇인지에 대하여 별도로 정하지 아니하여 이를 같은 법 제2조에 따라 한국표준산업분류에 따라 판단하여야 할 것인바, 한국표준산업분류에서 “노지 또는 시설에서 각종 농산물의 종자, 버섯종균, 묘목을 생산하는 것이 주된 산업활동”인 경우는 작물재배업의 일종인 “종자 및 묘목 생산업”으로, 종자를 도매하거나 단지 매입하여 판매하는 것이 주된 산업활동인 경우는 도매 및 상품중개업의 일종인 “종자 및 묘목 도매업”으로 분류하고 있어 쟁점법인의 주된 산업활동을 판단하는 것이 중요하다. 주된 산업활동의 판정에 관한 통계청 한국표준산업분류 실무적용을 위한 설명서에서 주된 산업활동이 산출물(재화 또는 서비스)에 대한 부가가치의 크기에 따라 결정되어야 하며, 이에 따라 결정되는 것이 적합하지 않을 경우에는 그 해당 활동의 종업원 수 및 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도에 의하여 결정하도록 하고 있다.
쟁점법인은 2015년 매출액 OOO 중 종자 매출이 OOO으로, 전체 매출액 중 91.09%에 달하고, 쟁점법인 임직원에 대한 급여나 육종농가에 지급하는 금액을 포함한 종자 매출원가는 OOO으로 매출원가율은 34.81%에 불과한바, 2014년 OOO 공시 기업경영분석에 따르면 도매 및 상품중개업의 경우 매출원가율이 84.29%로, 쟁점법인의 매출원가율은 도·소매업에서는 불가능한 수치로 이해되고, 쟁점법인은 약 27년간 꾸준히 수집한 약 5,000여종의 원원종을 보유하고 있는데, 자체보유 원원종이 없다면 로열티를 지급해야 하기 때문에 청구법인의 낮은 매출원가율은 이로써만 설명이 가능하다.
쟁점법인의 종업원 수, 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도를 살펴보더라도, 쟁점법인의 총 종업원수 279명 중 종묘연구개발 및 종자생산업무를 진행하고 있는 OOO의 종업원 수 합계가 229명이고, OOO의 건축물 연면적은 18,907.28㎡로, 쟁점법인 총 건축물 연면적 23,618.93㎡의 대부분(80.05%)을 차지하며, 각 지방자치단체별로 소재하는 사무소의 종업원 수와 건축물 연면적으로 안분하여 납부하도록 되어 있는 법인지방소득세의 2011년의 안분내역을 살펴보면, OOO의 안분비율이 59.5%, 8.4%, 2.1%, 0.2%, 합계 70.2%로 법인지방소득세를 안분하여 납부한 점을 감안하면 쟁점법인의 부가가치, 인원 및 시설현황 면에서 쟁점법인의 주된 산업활동은 작물재배업에 해당하는 것이다.
아울러 1993년 12월 소위 OOO의 타결로 국내 농업의 경영혁신과 규모의 확대 및 농업의 국제경쟁력 확보를 위해 시장경쟁원리에 입각해 생산, 가공, 유통체계를 갖출 수 있는 농업회사법인제도를 도입하게 되었고, 이와 더불어 농업회사법인의 활성화를 위해 농업회사법인의 농업소득에 대해 법인세를 감면하고, 농민이 농지를 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제하도록 구 「조세감면규제법」제53조를 개정하여 농업회사법인에 대한 세제지원을 시작한 후, 동 법령은 1998년 「조세특례제한법」제68조로 이관되었으며, 그 후에도 농업 경쟁력 강화 및 기업농 육성 등을 위하여 4차례에 걸쳐 일몰기한을 연장한 그동안의 경위와 당초 입법취지를 종합하면, 세계14위 규모의 종자회사인 쟁점법인이 직접적인 연구, 재배 및 필요시 국내·외 위탁채종을 통한 기업적 농업경영을 통해 수행하는 농업활동에서 발생한 농업소득은 「조세특례제한법」제68조의 법인세 감면대상에 가장 부합하는 것이며, 이를 원천으로 하는 배당소득을 수취한 거주자에 대한 배당소득세 면제 역시 우리 농업의 국제경쟁력 강화를 위한 입법취지에 따른 것으로 이에 대한 과세처분은 부당하다.
(2) 가사, 쟁점법인의 소득이 농업소득이 아닌 도·소매업을 영위함에 따른 소득을 배당한 것이라 하더라도, 이는 쟁점소득의 원천을 「조세특례제한법」상 농업소득으로 볼 수 있는지에 대하여 세법해석의 의의)가 있는 경우에 해당하는바, 적어도 이 건 가산세는 취소되어야 한다.
「국세기본법」제48조 제1항은 가산세 부과의 원인에 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 법원은 대체로 '정당한 사유'에 대해 법령의 부지, 착오에 의한 세법 상의 의무 위반에 대하여는 엄격한 태도를 취하고 있으나, 이 건과 같이 법령의 부지·착오를 넘어 세법해석에 의의가 있는 경우 정당한 사유를 인정하고 있다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 대법원 1992.10.2. 선고 92누2936 판결, 참조). 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점법인의 배당금 지급의 원천이 되는 주된 영업활동이 작업재배업에 해당하는지, 그에 따른 소득이 「조세특례제한법」제68조의 농업소득에 해당하는지에 대하여는 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 것으로 보아야 하는바, 적어도 이 건 과세처분의 가산세는 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점법인의 소득이 「조세특례제한법」제68조에 따른 법인세 감면대상인 농업소득(작물재배업 소득)에 해당한다고 주장하나, 한국표준산업분류는 원칙적으로 국내산업의 구조분석에 필요한 통계를 작성하기 위해 설정된 통계목적 분류로서 그 대상이 되는 산업활동이 국내에서 수행되는 산업활동에 국한되는 것인바(서울고등법원 2008.10.9. 선고 2008누11602 판결, 참조), 쟁점법인은 OOO 생산의 대부분을 해외농가에 위탁채종하고 있어 이를 한국표준산업분류인 "종묘재배업"으로 보기 어렵고, 통계청장은 쟁점법인의 산업활동에 대한 OOO지방국세청장의 질의에 대해 "국외종자생생산업체 등과의 계약을 통해 종자를 생산하고 이를 수매하여 국내에 판매하는 것이 주된 산업활동인 경우를 '종자의 묘목판매업'으로 분류함"이라고 회신(통계청 통계기준과-2618. 2016.10.11.)한 바 있고, 국세청은 OOO지방국세청장의 과세기준자문 신청에 대해 "「농어업 경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인이 국내 농가 등과 계약을 통해 원종을 무상제공하고 생산된 종자를 매입하기로 한 경우로서 해당 농업회사법인이 자기의 계산과 책임으로 생산된 종자를 도매상 등에게 판매하는 경우 해당 종자의 판매소득은 농업소득에 해당하는 것이나, 국내 농가의 계산과 책임으로 생산된 종자를 매입하여 판매하는 경우 해당 종자의 판매소득은 농업소득에 해당하지 아니하는 것이며, 특히, 국외 현지법인 및 국외 종자생산업체에게 원종을 무상제공하고, 생산된 종자를 매입하여 도매상 등에게 판매하는 경우 해당 종자판매소득은 구 「조세특례제한법」제68조에 따른 농업소득에 해당하지 않는 것"이라고 회신하였다. 또한, 한국표준산업분류에서는 작물재배업을 "노지 또는 특정시설에서 작물 및 종자를 재배·생산하는 산업활동을 말한다"라고 정의하고 있는바, 이는 작물의 일종인 종자를 직접 재배하는 경우 작물재배업으로 분류함이 타당한데, 쟁점법인은 종자재배를 위해 농지를 소유하거나 임차한 사실이 없으며, 농자재, 비료, 농약, 품삯 등 위탁재배와 관련된 비용을 부담한 사실이 없어 자기의 계산과 책임으로 OOO를 재배하고 있다고 보기 어렵다.
(2) 청구법인은 대법원 판례(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결)를 근거로 처분청이 청구법인에게 부과한 배당소득세 중 가산세는 세법해석의 의의가 있는 경우에 해당하고 이는 가산세 면제 대상인 정당한 사유에 해당하므로 이를 취소되어야 한다고 주장하나, 해당 대법원 판례는 「법인세법」상 감면규정은 삭제되었으나, 부칙의 경과규정이 삭제되지 아니하여 납세자가 세법해석을 달리 이해할 여지가 있고, 전문가로부터 자문을 받았으며, 과세관청 역시 관계규정의 해석에 있어 확실한 견해가 없었던 점을 고려하여 세법규정의 해석상 의의에 해당한다고 판결한 사례이며, 특히 대법원은 과세관청의 세무지도, 질의회신 또는 공적인 언동에 의해 납세의무자가 자신에게 어떤 의무가 없다고 믿는 경우에는 정당한 사유가 있다고 보고 있어(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결, 참조) 이 건의 경우에는 과세관청이 세법규정에 대한 해석상 의의가 있는 경우에 해당하지 아니하므로 「국세기본법」제48조 제1항의 가산세 감면대상에 해당하지 아니한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점법인의 소득이 작물재배업에서 발생한 소득인지 여부
② 가산세가 감면되는 정당한 사유가 있는 때에 해당하는지 여부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 우리원에 제출한 심리자료를 보면, 청구법인이 2012년 원천징수이행상황신고를 할 때 쟁점법인이 계약에 따라 채종농가 등으로 하여금 원종(쟁점법인이 제공한 것)을 대량 생산하도록 하고 수확된 OOO를 매입한 후 가공·판매함에 따라 발생한 소득을 원천으로 한 배당소득을 「조세특례제한법」제68조에 의해 소득세가 면제되는 배당소득으로 보아 배당소득세를 원천징수를 하지 아니하였으나, 조사청이 조사한 결과 쟁점법인의 소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당되지 아니한다는 이유로 위 감면대상소득이 아닌 것으로 하여 과세자료를 통보하자, 처분청이 쟁점소득에 대한 배당소득세의 면제를 부인하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.
(2) OOO지방국세청장 및 처분청이 조사한 내용에 의하면, 쟁점법인은 주로 국내연구소에서 연구개발생산(일부 국외 소재의 현지법인으로부터 매입)한 원종의 대부분을 채종농가 등에게 무상으로 제공하고, 나머지를 다른 업체에게 유상으로 판매한 소득을 사용료소득으로 인식하면서 부가가치세를 납부하고 있으며, 2015사업연도(2014.10.1.～2015.9.30.)의 경우 전체 매출액 중 종자(고추, 무, 배추 등)의 매출액 비중이 대부분(95%, 나머지는 상토사업과 관련된 것)이었고, 2014사업연도(2013.10.1.～2014.9.30.)의 종자 거래흐름 및 매입·매출액 내역을 보면, 아래 <그림>과 같이 계약에 따른 채종으로 국내OOO 및 국외OOO 또는 종자생산업체 등OOO으로부터 수입한 금액 OOO에서 매입한 OOO를 가공·포장하여 국내OOO 및 국외OOO에 매출OOO하였으며, 관련된 소득에 대하여 2010년 농업회사법인으로 전환한 후인 2011사업연도부터 2015사업연도까지의 법인세가 면제되는 것으로 하여 법인세 신고를 하였다.
<그림> 쟁점법인의 종자거래 흐름 및 매입·매출 내역
(3) 쟁점법인의 2014사업연도 사업보고서에 의하면 아래 <표>의 기재와 같이 상품종자의 원재료인 OOO가 유일한 원재료인 것으로 나타난다.
<표> 상품종자의 원재료 내역(2014사업연도)
(4) 쟁점법인이 채종농가 등과 체결한 채종 등의 계약서를 보면,
(가) 국내 농가와 체결(2014년 1월)한 것에는 채종농가가 쟁점법인으로부터 제공받은 원종을 위탁채종 이외의 목적으로 사용할 경우 원종의 육성·생산에 소요된 연구비 등의 10배를 배상하고, 쟁점법인으로부터 위탁채종과 관련한 지도를 따라야 하며(그러하지 아니할 경우 계약해지 가능), 쟁점법인이 아닌 다른 사람으로부터 위탁채종을 받거나 자기채종을 할 수 없고, 교잡의 우려가 있는 잡종을 책임지고 제거하여야 하며(환경관리), 생산된 종자를 지정된 일시 및 장소(쟁점법인 지정)에 전량 운반·납품하고(쟁점법인은 전량 수거할 의무가 있으나 생산된 종자에 교잡·혼종의 우려가 우려되거나 변색·변질 또는 불충분한 종자에 대해서는 수거 거부 가능), 생산비 보상금(쟁점법인이 사정하는 등급에 따라 1등급은 100%, 2등급은 90%, 3등급은 50%)은 수거 후 10일 이내에 50%, 순도검정 후 나머지(잔금)를 각각 지급하며(이형율 2% 이상, 발아율 90% 미만일 경우 잔금지급 거절), 생산된 종자의 소유권이 쟁점법인에게 귀속되므로 그 전부 또는 일부를 타인에게 임의로 처분하는 것이 금지(위반시 처분량의 배량에 해당하는 금액 배상)되는 것으로 약정하였다.
(나) 국외의 현지법인과 체결(2014년 4월)한 것에는 쟁점법인이 관리, 감독, 기술지도 등이 가능한 인원을 파견하여 채종·시험사업에 필요한 기술지도·감독을 하고, 현지법인은 이에 필요한 노동력, 토지·부대시설 등을 제공하면서 쟁점법인의 감독에 따라야 하며, 채종과 관련된 제반 정보·변동상황을 쟁점법인에게 통보하여야 하며, 이를 위반하거나 고의·과실로 계약품종 이외의 다른 품종을 혼합·출하할 경우 원종에 대한 배상과 더불어 생산된 종자를 매입·재배한 농가에 대한 손해를 배상하여야 하고, 계약이 완료[채종비·로열티(시험·신품종 생산비용)의 지급 이후]되면 모든 품종(수매품종, 시험사업·연구결과로 생산된 신품종)의 소유권과 원종 개발로 취득한 무체재산권이 쟁점법인에게 귀속되므로 쟁점법인 이외의 누구에게도 해당 품종의 재배기술·연구 결과를 임의로 유출, 매매, 교환, 증여할 수 없는 것으로 약정하였다
(다) 국외의 생산업체OOO와 체결(2014년)한 것에는 쟁점법인은 생산업체에게 파종기의 한 달 전에 무상으로 원종을 제공하고, 작물재배기간 중 자신의 비용으로 OOO에 소속 직원을 파견하여 종자생산의 점검 및 기술적인 의견을 교환하며, 생산업체는 제공받은 원종을 OOO 생산 이외의 목적으로 사용할 수 없고, 일반적·정상적인 상황에서 계약수량을 생산하도록 노력하되 환경적 이유때문에 부분적 또는 전체적으로 작물생산에 실패할 경우 쟁점법인에게 수확된 수량을 발송해야 하고, 종자생산 중에 쟁점법인으로부터 제공받은 품종정보로 원종 또는 양친의 균일성을 확인하되 생산포장에서 이형의 구분이 가능할 경우 가능한 빨리 제거하며 원종의 이형률이 20% 이상일 경우 쟁점법인으로부터 이형도태비용 및 재배비용을 보상받으며, 작물재배 중 쟁점법인에게 부분적 또는 전체적인 종자생산의 중지를 요구하여 경제적 손실에 대한 보상을 받고, 수확 후 최종 수량을 쟁점법인에게 고지하며 쟁점법인의 발아검정을 위한 모든 Lot(단위 또는 품종으로 보임)의 종자를 발송하되 종자 Lot들이 품질기준을 충족하지 아니할 경우 쟁점법인으로부터 인수 거부되어 생산업체의 처분을 받는 것으로 약정하였다.
(5) 한국표준산업분류의 총설 중 ‘산업분류의 적용원칙’에는 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위의 경우 자기의 계정 및 책임 하에서 생산하는 단위와 동일한 항목에 분류되어야 하고, 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 아니하고 다른 계약업자에게 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하도록 하여 이를 자기의 명의 및 책임 하에서 판매하는 단위의 경우 해당 재화 또는 서비스를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류(제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 함)하는 것으로 규정되어 있다.
(6) 한편 농림식품축산부장관은 2016.12.5. 기획재정부장관에게 이 건 과세처분이 종자업체 전체로 확대될 경우 종자산업의 육성을 통한 종자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반이 흔들릴 우려가 있다 하여 ‘농업회사법인인 종자업체의 종자생산활동이 「조세특례제한법」제68조 제1항에 따른 작물재배업에 해당되는지 여부’를 질의하였고, 기획재정부장관은 2017.8.25. 시행한 회신(법인세과-1014)에서 ‘농업회사법인이 원원종을 개발·재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내·외에 위탁하여 채종한 OOO를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 「조세특례제한법」제68조에 따른 농업소득에 해당하는 것’으로 해석하였다.
(7) 처분청이 제출한 원천세 경정결의서에 의하면, 처분청의 경정내역은 다음과 같다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점법인이 국외 현지법인 및 국외 종자생산업체에게 원종을 무상제공하여 대량생산된 OOO를 매입한 후 이를 가공판매하여 발생한 소득은 쟁점법인이 자신의 계산과 책임하에 OOO를 생산한 것으로 볼 수 없어 작물재배업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하므로 이를 원천으로 한 쟁점소득이 「조세특례제한법」제68조에 의해 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하지 아니한다는 의견이나,
쟁점법인과 채종농가 등 간에 체결된 계약서 등의 증빙자료에 의하면, 채종농가 등이 하는 OOO의 생산활동이 쟁점법인의 지도·감독에 의하여 이루어지고 쟁점법인이 채종농가 등에게 OOO의 생산비용과 더불어 원종(OOO 생산의 원재료에 해당)의 불량 등으로 생산중단시 발생한 비용, 채종농가 등의 귀책이 없이 발생(검역에 따른 발병 등)한 하자있는 OOO의 수매대가 등을 부담한 것 등을 볼 때 쟁점법인의 책임과 계산으로 OOO를 생산한 것이 아니라고 단정할 수 없는 점, 쟁점법인이 국외에 소재한 농가, 현지법인, 종자생산업체 등으로 하여금 생산하도록 한 OOO를 수입한 것은 OOO의 재배에 필요한 농지 입지의 특성(넓은 면적, 다른 품종과의 교잡방지를 위한 2km 이상의 격리, 원종의 유출방지, 장마의 회피 등 기후, 다량의 수확 등)상 국내에서 수급에 필요한 OOO를 확보할 만큼의 해당 농지가 부족하여 불가피한 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간(유전자원의 수집·개발에 2～7년, 원원종·원종의 생산에 3년) 동안 연구개발·생산된 것(OOO의 생산기간은 6개월)임을 볼 때 그 활동이 OOO의 생산 및 상품종자의 생산·판매와 더불어 일련의 종자생산활동을 구성하고 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업(종자를 재배·생산하는 산업활동, 분류기호 : 0112)에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 농업회사법인인 쟁점법인이 원원종을 연구개발·재배하여 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내·외의 채종농가 등에게 제공하여 생산하도록 한 OOO를 매입·가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 「조세특례제한법」제68조에 의해 작물재배업에서 발생한 농업소득에 해당하는 것으로 보이고, 그에 따라 이를 원천으로 지급한 배당금인 쟁점소득은 소득세가 면제되는 배당소득에 해당한다고 보인다.
따라서 쟁점소득을 「조세특례제한법」제68조에 의해 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(9) 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지>
<별지> : 관련 법령
제2조(정의) ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.
제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2012년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대해서는 지방소득세 소득분을 부과하지 아니하며, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.
⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항에 따라 면제받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.
제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.
② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.
③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.
④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
⑤ 제1항·제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조 제1항 및 제4항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "농업소득외 소득"이라 한다)을 말한다.
1.「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득
2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득
3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득
② 법 제68조 제4항 후단에 따라 농업소득에서 발생한 배당소득 및 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수인 경우 영으로 본다.
1. 농업소득에서 발생한 배당소득: 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득금액 / [농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 농업소득외 소득을 제외한 그 밖의 농업소득외 소득금액(이하 이 조에서 "기타농업소득외 소득금액"이라 한다]
2. 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득: 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득외 소득금액 / (농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 기타농업소득외 소득금액)
③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
④ 법 제68조 제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
제2조(농업의 범위) 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제1호 가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1. 농작물재배업 : 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)
2. 축산업 : 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업·증식업·부화업 및 종축업
3. 임업 : 육림업(자연휴양림·자연수목원의 조성·관리·운영업을 포함한다), 임산물 생산·채취업 및 임업용 종자·묘목 재배업
제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.