공장 및 본점을 수도권과밀억제권역 외 지역으로 이전하지 않은 것으로 보아 조특법 제63조 세액감면의 적용을 배제한 처분의 당부

가. 청구법인은OOO OOO OOO OO동 219 본점(이하 “OOO”이라 한다) 및 같은 동 220-6 공장(이하 “구공장”이라 한다) 등에서자동차제반탑 제조업, 특장차 및 통신기기 제조업을 영위하는법인으로, 2006.10.24. 구공장에서 영위해 온 자동차제반탑 제조업을OOO OOO OOO OOOO OOO-O OOOO주식회사 OOO(이하“신공장”이라 한다)으로 이전하고 「조세특례제한법」제63조에 의한 수도권과밀억제권역(이하 “수도권”이라 한다)외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하여 2007～2009사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2011년 4월 현지확인결과, 청구법인이 구공장을 이전하였으나, OOO을 수도권외 지역으로 이전하지 아니하여 「조세특례제한법」제63조에 의한 세액감면 요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 감면배제하여 2011.5.17. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원, 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2011.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「국세기본법」제14조(실질과세)에 의하면 형식과 명칭 여하에 불구하고 공장 및 본점의 사실상 이전일을 기준으로 세법을 적용하여야 하고, 본점 이전일이라 함은 공장 및 본점의 인적·물적 설비를 철수하여 실제 이전한 날을 의미하므로 수도권외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 요건의 충족 여부는 공장 및 본점의 사실상 이전일을 기준으로 판단하여야 하는 것인 바, 청구법인은 2006.12.12.수도권안에 소재한 구공장을 양도하고 2006.10.24.구공장에서 영위하던자동차제반탑 제조업을 수도권외의 신공장(사용승인일 : 2006.11.14.)으로 이전하였으며, 관련 본점 업무도 사실상 신공장에서 수행하고 있어 「조세특례제한법」제63조에 의한 세액감면요건을 충족하고 있음에도 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제63조 제1항의 감면요건을 보면, 수도권안에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이정하는 바에 따라 수도권 밖으로 그 공장시설을 이전하는 경우라고 되어있고, 본점이나 주사무소가 수도권안에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 2006년 10월에 구공장 및 관련 본점업무를 사실상신공장으로 이전한 것으로 주장하고 있으나, 구공장의 건물및 부수토지를 양수한OOOO(주)는 건물의 사용가치가 거의 없어 즉시 철거후 새로 건물을신축한 것으로 진술한 점으로 볼 때 구공장은 사업과 관련이 없었던 것으로 보이고, 2011년 4월 현지확인조사 당시 OOO에는 OOO 이라는 상호의 간판이 부착되어 있고 근로자가 작업중인 사실이 확인된 점, 청구법인이 2011.7.11. OOO과 지점의 사업장 소재지를 바꿔서 사업자등록 정정신고(2011.7.1. 법인등기이전)한점, 청구법인의 대표자의 명함에는 OOO과 신공장이 본사 및 공장으로 각각 기재되어 있는 점 등을 감안할 때, OOO이 OOO시에서 OOO시로 이전하였다고 볼 수 없으므로, 청구법인은 수도권 안에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하므로 수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용배제하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우로 보아 「조세특례제한법」제63조에 의한 수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용배제하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제63조 [수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면] ① 수도권 과밀억제권역안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때

3. 제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간중에 수도권 과밀억제권역안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제54조 [공장의 범위등] ① 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2에서 "공장"이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

② 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다.

제60조 [수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면] ① 법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」, 「수질환경보전법」 또는 「소음·진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제63조제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액"이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

③ 법 제63조제2항제2호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우"라 함은 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

④ 법 제63조제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 구공장에서 2년 이상 영위한 자동차제반탑 제조업을 2006.10.24. 신공장으로 이전하고 2007～2009사업연도 법인세 신고시OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO,OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 「조세특례제한법」제63조(수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면)에 의한 세액감면대상으로 신고하였다.

(2) 처분청은 2011년 4월 청구법인에 대한 현지확인을 실시하여, 청구법인이 2010.10.24. 구공장을 신공장으로 이전하였으나 OOO은 이전하지 아니하여 수도권안에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하므로 수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 요건을 충족하지아니한 것으로 보아 감면적용을 배제하여 이 건 법인세를 부과하였다.

(3) 청구법인은구공장을 신공장으로 이전하면서 2006년 10월부터 신공장 소재지에서 사실상 본점 업무를 수행하여 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 요건을 충족하는 것으로 주장하면서 구공장 등록 및 폐쇄확인증, 전력·유류 사용현황, 임대차계약서, 대표자의 출퇴근기록 등을 증빙자료로 제출하였는 바, 그 주요내용은 다음과 같다.

(가) 법인등기부등본, 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 1976.5.2. 설립되어 OOO 및 구공장에서자동차제반탑, 자동차번호판 제조업, 자동차정비업을, 1996.11.2.부터는OOO OOOOOO OOO OOO-O OO(OOOOOOO : OOO-OO-OOOOO,OO OOOOOO이라 한다)에서 특장차 및 통신기기 제조업 등을 영위하다가, 2006.10.24. 구공장을 폐쇄하고 자동차제반탑 제조업을 신공장OOO으로 이전하였으며, 2011.7.1. 신공장 소재지인 OOO리966-6로 본점 이전하고, OOO에는 지점을 설치한 것으로 나타난다.

OOOOOOOO OO O OOOOO OO OOOOOO

(나) 구공장의 폐쇄확인증, 화물운송계약서에 의하면, 청구법인은1994.6.29.구공장을 사업장으로 하여 차량용제반탑(전력사용량 225㎾/1일) 제조업으로 공장 등록(사업시작일 : 1976.7.10.)하였다가 2006.10.4. 폐쇄(2006.10.10. 고객이사를 사유로 전력사용을 해지)하였고, 2006년 8월 (주)OOO와 구공장 및 안산지점의 화물을 신공장으로 운송하기로 약정한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOO(OOO, OOOO)OOOO

(OO : O)

(다) OOO 입주계약서에 의하면, 청구법인은 2006년 4월OOO OOOO과 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제38조에 따라 입주업종을 제조업(자동차제반탑, 특장차 및 통신기기 제조업 등)으로 하여 입주계약을 체결한 것으로 나타나고, 건축물대장, 도면등에 의하면 신공장의 건축물현황은 아래와 같다.

OOOOOOOO OOOOOOOOO

(OO : O)

(라) 임대차계약서, 부가가치세 신고내역에 의하면, 청구법인은 구공장 이전후 현재까지 OOO의기존 건물과 청구법인의자동차번호판제조업(사용면적 : 84.02㎡)을 제외한 공장부지 전체를 임대하고 있는 것으로 나타난다.

OOOOOOOO(OOOO) OOOOOOOO

(OO : OO)

(마)카드사용내역(hi-pass, 2007.7월～2007.12월)에 의하면, 청구법인의 대표이사 이OOO은 신공장으로 출퇴근[출근시 : OOOOO OOO OOO O OO OO OOOOOO O OOOO(OOOOO), OOOO(OOOOO)]한 것으로 나타나고, 신공장(주유소 소재지 : OOO) 및 OOO의 유류 사용현황은 아래와 같다.

OOOOOOOO OO OOOOOOOO

(OO : O)

(바) 청구법인은 신공장 소재지인 OOO에는 제조업만 입주대상이고,자동차번호판 제작업은 관내인 OOOOOOO에 자동차번호판 교부장소를 두어야하므로 청구법인이구공장 및 본점업무를 사실상 이전한 후에도서비스업인 자동차정비업(2008.6.2. 사업부진으로 폐업) 및자동차번호판 제작업을 OOO에 계속 존치할 수 밖에 없었던 것으로 주장하고 있으며,청구법인의 대표이사인 이OOO은2011.11.17. 조세심판관회의에 참석하여 1976년창업이후 약 35년 넘게OOO에서 사업을 해 온 바, 법인등기부상 본점이전등기를 하지 아니하여도 공장과 본점을 실제로 이전하면 세액감면요건을 충족하는 것으로 알고 있었고, 그 후 처분청에서 법인등기부상이전등기를 하지 아니하여세액감면을 배제한다고 하여 2011.7.1. 본점을신공장으로 등기이전 하였다 고 진술하였다.

(4) 위 사실관계 및 관련 법령을 바탕으로 하여 처분청에서 청구법인이 수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 법인세를 부과한 처분이 타당한지에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제63조 제1항은 수도권안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제1항은 대통령령이 정하는 수도권외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전한 경우라 함은 당해 공장을 수도권외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 경우 또는 수도권안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시하되 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시한 경우로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인의 구공장은 사업과 관련이 없고 청구법인이 OOO을 이전하지 아니하여 수도권 안에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인이 1994.6.29. 구공장을 사업장으로 하여 차량용제반탑 제조업으로 등록하고 부가가치세를 신고한 점, 청구법인이 2006.10.4. 구공장을 폐쇄·양도하고 2007.2.12. 자동차제반탑 제조업을 신공장에서 영위하는 것으로 하여 사업자등록한 점, 청구법인이 2006년 8월 (주)OOO와 구공장의 화물을 신공장으로 운송하기로 약정한 점, 구공장 폐쇄전까지 전력사용(2006.10.10.해지) 실적이 있는 점, 청구법인이 구공장 이전후 현재까지 OOO의 기존 건물과 대부분의 공장부지를 임대하고 있는 반면, 청구법인의 본점업무가 신공장에서 이루어지고 있는 사실이 대표자의 출퇴근 기록, 유류사용내역 등에 의하여 나타나는 점 등을 감안하면, 청구법인이 구공장에서 영위하던 차량용제반탑 제조업을 신공장으로 이전하면서 실제 본점업무도 함께 이전한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(다) 「조세특례제한법」제63조 제1항에서 규정하는공장시설의 전부이전이라 함은 서로 다른 여러 종류의 제품 중 한 제품만을 생산하는 독립된 공장시설을 완전히 이전하고 당해 공장건물을 사무실이나 창고 등으로 사용하는 경우에는 동 부분에 한하여 공장시설을 전부 이전한 것으로 보아 세액감면을 적용하는 것이고, 본점 이전일의 판단은 법인등기부 및 사업자등록변경일 등을 기준으로 하는 것이 원칙이나 법인등기부와 달리 본점을 실제로 이전한 사실이 확인된다면 실질과세원칙을 적용하여 등기이전일과 관계없이 실제 이전일로 적용하여야 할 것이다(국심 2007전5018, 2008.4.25. 같은 뜻).

따라서, 처분청에서 청구법인이 「조세특례제한법」제63조 제1항의 수도권외의 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조

유사 판례