원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호 등은 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액을 산정함에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 그 환산가액을 양도당시의 실지거래가액에 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가의 비율을 곱하여 계산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

한편 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목은 토지의 기준시가를 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 ‘개별공시지가’라고 한다). 다만 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다’고 규정하고 있는데, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제164조 제1항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)은 “법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법 제4조 제1항 단서에 따라 시장군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.”고...