1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산 임대 및 분양 매매업 등을 사업목적으로 하는 회사로서 2011.경부터 전남 무안군 B 지상에 주택 160세대 및 상가 48호의 주상복합건물인 C를 신축분양하였다.

나. 원고는 위 주택 및 상가를 분양하면서 수분양자들에게 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 속한 잔금 지급시기를 주택 및 상가의 공급시기로 하고, 분양대금 총액을 공급가액으로 한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고납부하였다.

다. 피고는 2014. 1. 6.경부터 2014. 1. 25.경까지 원고에 대하여 상가분양 관련 부가가치세 조사를 실시하였고, 조사 결과 분양이 완료된 상가 20개호 중 14개호(이하 ‘이 사건 쟁점상가’라 한다)에 대한 상가공급계약(이하 ‘이 사건 각 공급계약’이라 한다) 거래 형태가 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 제3호, 부가가치세법 시행규칙 제18조 제1호의 중간지급조건부 재화의 공급에 해당되는 것으로 판단하고, 원고가 이 사건 쟁점상가의 수분양자들별로 잔금 지급시점에 분양대금 전체 금액에 대하여 세금계산서 1매로 발행한 금액 중 계약금과 중도금(계약금 10%, 중도금 30%)에 해당하는 부분은 공급시기가 사실과 다르게 발행된 것으로 보고, 이 사건 쟁점상가에 관한 거래가 중간지급조건부 거래에 해당되어 대가의 각 부분을 지급받기로 한 때가 재화의 공급시기임을 전제로 2013년 제2기 부가가치세 신고 당시 신고된 상가 분양대금을 중간지급조건부 거래에 따른 공급시기별로 구분하고 이를 반영하여, 2014. 3. 3. 원고에게 2011년 제2기분 부가가치세 54,631,250원, 2012년 제1기분 부가가치세 72,209,870원, 2012년 제2기분 부가가치세 22,652,120원, 2013년 제1기분 부가가치세 19,596,540원을 각 경정ㆍ고지 이하 '이 사건...