원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유에 대하여 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 “법 제17조 제2항 제4호에서 ‘대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.”고 규정하면서, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있다.

한편 구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호는 ‘토지’를 면세재화의 하나로 정하고 있다.

이러한 관련 규정에 따르면, 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다.

원심판결

이유와 기록에 의하면, 원고가 아파트 신축분양사업을 위한 토지를 취득하면서 2006년 제2기부터 2008년...