토지관련매입세액 공제여부

토지는 부가가치세가 면제되는 재화이고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것으로 자본적 지출에 관련된 매입세액은 마땅히 이를 공제하여서는 아니 됨.

부가가치세법제17조납부세액

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

청 구 취 지

피고가 2006.2.20. 원고에게 한 부가가치세경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가. 원고는 ○○시 ○○군 ○○면 ○○리 산○○○-○에서 골프장업을 영위하는 사업자로서 2003년 1기 예정부터 2004년 2기 확정까지 법정기한 내에 부가가치세를 신고하였다

나. 원고는 2006.2.9. 위 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 불공제한 토지관련매입세액을 공제하여 줄 것을 주장하면서 3,321,297,324원을 환급하는 내용으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나 피고는 2006.2.20.이를 거부하는 경정청구거부통지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

피고는 구 국세기본법(2005.1.5. 법률 제7329호로 개정되고 2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제 45조의2에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이 사건 2003년 1기 예정분은 경정청구기간의 도과로 부적법하다는 취지의 주장을 하나, 경정청구기간의 도과는 피고가 원고의 경정청구를 거부할 사유에 해당할 뿐 원고가 피고의 처분의 취소를 구하는 이 사건 소의 적법요건이 되는 것은 아니라고 할 것이므로 이 부분 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

나. 본안에 대한 판단

(1) 원고의 주장

이 사건 처분의 근거가 된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 '대통령령이 정하는 토지관련매입세액'및 같은 법 시행령 제60조 제6항은 평등의 원칙, 재산권 보장, 조세법률주의에 관한 헌법의 정신에 반하는 위헌.무효의 규정이므로, 이를 기초로 한 이 사건 처분에는 무효 내지 취소사유가 존재한다.

(2) 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제60조(매입세액의 법위)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

3. 판단

대통령령이 정하는 토지 관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항이 헌법상 평등의 원칙, 재산권보장, 조세법률주의에 위반되는지 여부에 대하여 본다.

현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하지 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 전단계세액공제법을 기본적 구조로 채택하고 있다.

부가가치세법 제17조 제1항에서는 공제되는 매입세액으로서, ① 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 ② 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하고 있는데, 매출세액에서 공제 부인되는 것으로 열거되어 있는 매입세액은, ① 의무를 태만하였거나 불이행함으로 인하여 공제하지 아니하는 매입세액 {제1호. 제1호의2(세금계산서 미제출 등의 매입세액)}, ② 거래의 성질에 따라 공제하지 아니하는 매입세액{제2호(사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액), 제3호(비영업용 소형승용차의 구입과 유지에 관한 매입세액), 제3호의 2(접대비 등의 지출에 관련된 매입세액), 제4호(면세사업에 관련된 매입세액 및 토지관련매입세액)}으로 구분할 수 있으며, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 불공제하는 매입세액 중 위 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 문제되는 토지관련 매입세액, 즉 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 있는 입법취지는, 토지는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 의하여 부가기치세가 면제되는 재화이고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것으로 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되고 있으므로, 토지에 대한 면세제도의 기본원리상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 마땅히 이를 공제하여서는 아니된다는 취지이다.

원고는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 것으로 규정한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항이 현행 부가가치세법이 채택하고 있는 전단계세액공제법 등 부가가치세법의 기본원리상 용인할 수 있는 한계를 넘어선 위헌규정이라고 주장하나, 골프장 부지인 토지조성공사의 용역의 공급에 대한 부가가치세는 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기게 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액이기는 하나 토지조성공사의 용역은 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되어 토지 자체의 가치를 증가시키는 것으로 이를 골프장 영업상의 매출세액으로 보기는 어려운 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하는 때에는 물론 과세사업을 영위하다가 공급하는 때에도 면세되도록 규정하고 있어 공제되는 매입세액의 전제가 되는 매출세액이 존재하지 않는 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수할 수 있는 점(소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제163조 제3항 등 참조), 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제을 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과면에서 영세율을 적용한것과 마찬가지가 되는데 이는 법률의 규정 없이 영세율을 적용하는 것이 되어 조세법률주의에 어긋나게 되고 토지공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도을 악용할 소지가 있는 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 토지를 조성하여 공급하는 사업을 하는 자로부터 매수하여 사업을 하는 사업자와 토지를 구입하여 사업목적에 맞게 직접 조성하여 사업을 하는 사업자 사이에 형평의 문제가 발생할 수 있는 점, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호, 제3호, 제3호의2, 제5호가 사업과 관련이 있는 매입세액이라 하더라도 일정한 범위 내에서 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는 점에 비추어 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항 제3호가 대통령령이 정하는 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다고 하여 위 법령이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 평등의 원칙, 재산권 보장의 원칙, 조세법률주의원칙에 반하는 위헌규정이라고 할 수는 없다.

따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 무효 내지 취소 주장은 모두 이유 없고, 이사건 처분은 관계법령에 따른 것으로 정당하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.