원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2006. 4. 21. 수원시 영통구 B 전 2,393㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 8억 7,000만 원에 매수하여 2006. 6. 14. 소유권이전등기를 마쳤다.

이후 원고는 2016. 10. 20. C 주식회사(변경 후 명칭: D 주식회사)와 E 주식회사에게 각 이 사건 토지의 공유지분 중 100분의 60과 100분의 40을 합계 72억 3,880만 원에 매도하였다.

원고는 2016. 12. 31. 이 사건 토지 매매와 관련하여 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 1,910,640,000원, 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면액 1억 원을 각 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 1,589,572,500원을 신고ㆍ납부하였다.

피고는 2018. 3. 20.부터 2018. 4. 8.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지에 구 소득세법 시행령(2016. 11. 29. 대통령령 제27617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6에서 정한 기간 및 구 조세특례제한법 제69조에서 정한 기간에 이 사건 토지 소재지에서 거주하지 않고 위 토지를 직접 경작하지 않았다고 판단하여 장기보유특별공제 및 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용을 배제하고 2018. 5. 21. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 2,245,783,050원을 경정ㆍ고지하였다.

원고는 위 다.

항 기재 처분에 불복하여 3018. 6. 5. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 2018. 6. 26. 중부지방국세청장은 원고에게 부당과소신고가산세를 적용한 것은 부당하다고 보아 원고의 청구를 일부 인용하였다.

이에 따라 피고는 위 양도소득세 2,245,783,056원 중 434,415,447원을 감액 경정하였다

이하 감액 경정된 후의 나머지 양도소득세 1,811,367...