대전고등법원2010누2935 (2011.10.06)

조심2009전2212 (2010.03.10)

철도시설공단이유지보수 과정에서 취득한 시설자산은 부가가치세가 면제되는 철도시설이 아님

철도시설공단이 철도시설관리권자로서 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 징수하는 사용료에 대한 반대급부로 철도시설에 대한 유지보수의무를 이행하는 과정에서 국가에 귀속시켰거나 귀속시킬 예정인 철도시설은 부가가치세가 면제되는 철도시설에 포함되지 않음

조세특례제한법 제106조 제1항 제7호

2011두27025 부가가치세등부과처분취소

XX공단

대전세무서장

대전고등법원 2011. 10. 6. 선고 2010누2935 판결

2012. 3. 15.

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

한편 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 본문과 제7호는, 원고가 '철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설을 국가에 귀속시키고 동법 제26조의 규정에 의하여 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설'의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 구 철도산업발전기본법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항은 "건설교통부장관은 철도시설을 관리하고 그 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리(이하 '철도시설관리권'이라 한다)를 설정할 수 있다"라고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호에 의하여 부가가치세가 면제되는 철도시설에는 원고가 철도시설관리권을 설정받기 위하여 국가에 이미 귀속시킨 철도시설뿐만 아니라 원고가 철도시설관리권이 설정된 철도시설에 대한 하자보수공사 또는 보완공사에 의하여 국가에 귀속시켰거나 귀속시킬 예정인 철도시설도 포함된다고 할 것이지만, 원고가 철도시설관리권자로서 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 징수하는 사용료에 대한 반대급부로 철도시설에 대한 유지보수의무를 이행하는 과정에서 국가에 귀속시켰거나 귀속시킬 예정인 철도시설은 포함되지 않는다고 할 것이고, 위와 같이 부가가치세가 면제되는 철도시설에 해당한다는 점은 이를 주장하는 자가 증명하여야 한다.

원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 원고가 2004. 4. 1. 이 사건 철도시설관리권을 설정받은 이상 그 당시에 이 사건 고속철도는 완성되었다고 보아야 하고, 따라서 그 이후인 2005년부터 2007년까지 증가된 이 사건 시설자산이 취득과 동시에 2004. 4. 1.자로 소급하여 철도시설관리권의 설정대상이 되었다고 보기는 어려운 점, ② 원고가 철도시설관리권에 터잡아 한국철도공사에 선로를 제공하고 그 사용료를 징수하는 사업은 부가가치세 과세사업임이 명백하므로 그 반대급부로 선로 등의 유지보수의무를 이행하는 과정에서 선로사용료를 지출하여 취득한 이 사건 시설자산은 피고의 주장처럼 철도산업발전기본법 제3조 제2호에 의한 철도시설로서 향후 국가에 귀속될 예정이라고 하더라도 과세사업과 관련하여 매입한 것으로 봄이 상당한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 시설자산은 원고가 철도시설관리권에 터잡아 한국철도공사로부터 선로사용료를 징수하는 과세사업을 영위하는 과정에서 취득한 것으로서 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호에서 정한 철도시설에 해당하지 아니하므로, 이와 달리 이 사건 시설자산이 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호에서 정한 면세사업과 관련하여 제공된 재화임을 전제로 원고의 매출세액에서 그 매입세액의 공제를 부인하여 세액을 산정한 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

나아가 기록에 의하여 보더라도 이 사건 시설자산이 원고가 철도시설관리권이 설정된 이 사건 고속철도시설에 대한 하자보수공사 또는 보완공사에 의하여 국가에 귀속시켰거나 귀속시킬 예정인 철도시설이라고 볼 뚜렷한 증거도 없다.

따라서 앞서 본 법리에 비추어, 원심이 이 사건 시설자산은 철도시설관리권이 설정된 이 사건 고속철도시설에 대한 하자보수공사 또는 보완공사에 의하여 국가에 귀속시켰거나 귀속시킬 예정인 철도시설로 볼 수 없다는 취지에서 이 사건 부가가치세 부과처분이 위법하다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있다. 원심판결에는 상고이유의 주장과 같이 부가가치세법상 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

이에 관여 대법관의 일치된 의견으로, 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하는 것으로 하여, 주문과 같이 판결한다.