1. 피고가 2015. 11. 11. 원고에 대하여 한 1,951,673,834원의 증여세경정거부처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 B(상호가 C 주식회사에서 2013. 3. 22. 현재의 상호로 변경되었다. 이하 변경 전후를 구분하지 않고 ‘B’이라 한다)의 주주이자 대표이사인 D의 배우자이고, B은 E 주식회사(이후 상호가 F 주식회사로 변경되었다. 이하 변경 전후를 구분하지 않고 ‘E’이라 한다)가 2002. 9. 25. 의약품 개발 및 판매 등을 목적으로 설립한 회사이다.

나. 원고는 2007. 10. 10. D으로부터 B 주식 30,000주(1주당 액면금액은 500원, 이하 ‘이 사건 제1주식’이라 한다)를 증여받고, 2007. 12. 4. 강남세무서장에게 증여세액은 없는 것으로 증여세 신고를 하였다.

다. B은 설립 이후 발기부전치료에 쓰이는 물질인 유데나필(Udenafil)을 이용한 신약개발 사업을 주로 진행해 왔는데, E은 2008. 11. D과 2008. 12. 1.부터 2009. 12. 31.까지 사이에 B이 300만 주의 신주를 1주당 500원에 발행하고, 이를 D 또는 D이 지정하는 자가 인수하도록 하는 내용이 포함된 주주간 계약(이하 ‘이 사건 주주간 계약’이라 한다)을 체결하였다. 라.

B은 2009. 2. 10. 이 사건 주주간 계약에 따라 총 300만 주의 신주를 발행하는 유상증자(이하 ‘이 사건 유상증자’라 한다)를 실시하였는데, 원고는 기존에 보유한 이 사건 제1주식에 대해 29,499주의 신주를 배정받았고, B의 최대주주였던 E도 2,055,556주의 신주를 배정받았으나, 이 사건 주주간 계약에 따라 배정받은 신주의 인수를 포기하였으며, 기존 주주들 중 G(이하 ‘G’라 한다)와 Gracetree Investment LLC(이하 ‘Gracetree’라 한다)가 각각 본인들이 배정받은 9,833주 및 22,124주의 신주 인수를 포기함에 따라 총 2,087,512주의 실권주가 발생하였고, 원고가 위 실권주 중 일부인 370,501주를 추가로 재배정받아 이를 취득함으로써 합계 400,000주 = 29...